明末，天下大乱，崇祯皇帝朱由检(公元1627—1644年在位)还找道士来设道场，希望天神保佑明朝世世代代传下去。这位道士装神弄鬼，最后告诉他，上帝已经派“北极佑圣真君”把妖魔收拾干净了，大明帝国国运长久。崇祯十分高兴，信以为真。谁知不久农民起义军就打进北京，他只有上吊的一条路。
皇帝没有节制地崇奉道教，使明朝的政治变得更加黑暗和荒唐。历史上所谓“青词宰相”，就出在嘉靖时代。青词本来是道士做斋醮法事时奉献给神的词章，没有任何治国安民的实际内容。由于嘉靖皇帝沉迷于斋醮法事，撰写青词就成了礼部官员的日常事务，青词写得好与坏，竟成了能否升官的标准。当时有不少人因为会写青词而当上了宰相。像大奸臣严嵩，就是靠青词起家的。他勾结道士陶仲文，与另一位“青词宰相”夏言争权。皇帝夜里派人窥探他们两个在家中的动静，那夏言全然不知道，在床上呼呼大睡；严嵩早有人通风报信，就坐在灯下假装修改青词稿子。靠这些手段，严嵩一步一步排挤掉政敌，爬上了一人之下万人之上的高位。嘉靖一朝还有一位叫严讷的宰相，因为老担心青词写不好，呕心沥血成了病，老也治不好。这些重臣成天操心的不是政务，国家能好到哪里去！
明初的这些作法，对整个明代都有一定影响。后来的明朝皇帝都喜欢搞斋醮法事活动，国家节庆日子、皇帝和皇后的生日、忌日、旱灾水涝，大事小事都要叫道士做法事。
元代中叶以后，道教各派渐渐合归于正一和全真两大派。到了明代，正一道比较活跃，全真道则受朝廷冷落。明末清初，全真道兴旺过一阵子。清统治者对道教不怎么重视。
但朱元璋对道教特别是正一道那套祈神降福、驱邪除妖的斋醮活动还是很欣赏的，认为它能“益人伦，厚风俗”，也就是能够起到神化明王朝的作用。对于全真道，朱元璋以为它不过是“修身养性独为自己而已”，不能满足他巩固封建统治的需要。朱元璋让龙虎山第42代天师张正常掌管全国道教，对全真道不重视。洪武七年(公元1374年)，朱元璋亲自制订道教斋醮仪轨，颁布全国实行。有时他自己也亲自斋戒祈祷。
据说，朱元璋之所以采取这些政策和措施，主要是害怕宗教同农民起义搅在一起，不利于他的统治。朱元璋自己当年参加农民起义，从普通老百姓变成一国的皇帝，就利用过宗教。他上台后，便处处小心提防。另外，他觉得治理国家，还是得靠儒教。儒教讲忠孝伦理，对他当皇帝有利。
明代皇帝的崇道同历史上其他朝代皇帝一样，目的一是为王朝统治祈神赐福，二是为了自己长生不死，在内容上也与过去没有不同。
总的说来，在明清两朝的500多年间，中国封建社会逐渐走向衰落，以致解体，这一时期的道教在各方面都没有多少新的发展，也处于停滞状况以致逐渐衰落。
明朝皇帝中有不少吃丹药丢了命。
明初，对佛道二教都采取严格控制的政策。明太祖朱元璋多次下令在全国范围内整顿宗教，禁止和尚、道士随便举行斋醮法事活动，让各府、州、县只留一所较大的佛寺和一所较大的道观，把所有的和尚、道士合到一起集中管理。严禁他们“杂处于外，与民相混”(《太祖实录》卷一八四)，也就是不许这些和尚、道士与老百姓混杂着居住。还规定，各处留下的大道观要把合并居住的道士编成班，每班让一名年纪大的道士负责。除了负责的道士外，其余的不许随便出观或跟政府部门打交道。和尚和道士都有人数限制。府一级40人，州一级30人，县一级20人。喜欢在深山老林中修炼的全真道士，也只限于一二人，三人以上一律不准。普通老百姓男的年纪在40岁以下，女的50岁以下，都不准出家。明太祖洪武二十八年(公元1395年)，命令全国的和尚、道士到京城参加职业考试，不合格的不发给度牒，即官府承认的身分证书。通过这个办法，取消了一大批和尚、道士的资格。
有些头脑清醒的大臣觉得不能这样下去，就给嘉靖上书提意见，结果不是丢掉了官职就是丢掉了脑袋。当时有名的清官海瑞，自己先买了棺材，跟家里的人告了别，抱着一死的决心，向皇帝上书反对崇奉道教。皇帝看他上这种奏章，十分震怒，下令叫人快抓他，别让跑了。身边的宦官说，这人是个呆子，上书时知道自己会死，已经买好了棺材，不会跑的。嘉靖听了一楞，这才拾起奏章看了下去。到后来还是把海瑞关了起来。要不是嘉靖很快就死了，不知道海瑞还能不能活着从死囚牢中出来。
明成祖朱棣(公元1402-1424年在位)自命为真武神转世。真武神就是道教敬奉的“玄天真武大帝”，据说湖北武当山是这位天神的居住地。所以，明成祖在位期间曾经动用大批人力物力，大修武当山道观。
明世宗也就是嘉靖皇帝(公元1521-1566年在位)，对道教的崇奉在明代皇帝中是最突出的，可以说是第二个宋徽宗。他当上皇帝后，不论什么事，都要请神赐福。有时举行一次觉得不够灵验，就举行两三次。如果觉得灵验，还要举行盛大的斋醮活动感谢神的保佑。他自己身穿道袍，戴道士的帽子，还教后妃宫女都这样穿戴，一齐唱念经文咒语，搞得一片乌烟瘴气。他当皇帝几十年，斋醮法事常年不断。 另外，他相信仙方丹药，一些道士如邵元节、陶仲文等人都来给他献秘方，以求得宠信。
