这所大光明殿，原来是明成祖的秘密居所，清代成了祈祷雨雪的场所。进行斋醮的道士来自龙虎山天师府。到了后来，连这种应景的道士朝廷也不肯养了，遇上要做斋醮的时候，临时到各个道观去找。道教在清代，正如这段文字记载的一样，皇帝偶尔加以利用，大多也不过是点缀而已。
清末震钧写的《天咫偶闻》中有一段记载：
到了清末，各地全真道士很多都搞符箓斋醮这一套，靠香火收入谋生，与正一道渐渐没有多大区别。
明太祖朱元璋把道教分为正一、全真两大派，他设置道录司这个部门总管道教，把道士分为正一、全真两个等级。正一代表符箓派道教，全真代表丹鼎修炼派道教。这种划分，反映了当时社会上对道教的一般看法。实际上，两大派名下汇集的各个小派，很多都一直按自己的系统传授。直到近代，还有几十个小派存在。
整个明代，从第42代张正常到52代张应京，除了第50代张国祥一度丢掉了大真人的封号，官品也降了级以外，代代天师都被封为大真人。这10代天师中，张正常的儿子张宇初要算是有些才干的。明成祖在公元1406年曾经让他主持编修《道藏》。张宇初曾以全国道教首领的身分，写下《道门十规》一卷，其中从道教源流到宫观修整共叙述了10个方面的问题。此外，他还有几部道教著作和一部诗文集传世。
明清统治者对民间宗教都十分害怕，称它们为“邪教”或“匪类”，一经发现，即予以严厉镇压。特别是在清代，所谓“邪教案”不断发生，使清统治者十分头痛。
明清时期，中国社会产生了各种民间秘密宗教，这些民间宗教与道教的关系大多十分密切，有的直接就是道教的变种。
道教对民间宗教的影响也表现在斋醮仪轨等方面。如黄天教做道场要念咒净口、净心，还要请包括玉皇大帝、太上老君在内的神灵赐福等等。
明代武当道教的兴旺，除了跟这里的真武大帝信仰有关外，也跟全真道有关。明成祖永乐年间，全真道士张三丰受到成祖的敬仰。传说张三丰在武当山修炼多年。成祖于永乐五年(公元1407年)特地派人到武当山找张三丰，结果没有找到。成祖不死心，连续10年派人四处寻找，始终不见踪影。成祖曾经自称是真武神转世，加上对张三丰的敬仰，所以大修武当道观。从永乐十年(公元1412年)到二十二年这12年间，每天派军民工匠30万人劳作，还选派得力的大臣督促工程。
全真道在明代总的说来是很冷清的，但也有例外的情况，这就是武当山道教的兴旺。
正一天师成了全国道教首领，高高在上，加上又是他们一家世代相传，所以很容易腐化堕落。有的天师无法无天，什么事都敢做。如第46代天师张元吉，在龙虎山天师府中设私牢，逼迫老百姓交钱交粮，还抢夺妇女。前后杀了40多人，有的一家三口都被他害死。
明世宗相信内丹修炼，他宠信过属于全真道龙门派的崂山道士孙玄清。
民间宗教的经典，一般叫宝卷。宝卷本来是一种民间文学形式，以韵文为主，其中也有散文。明清民间宗教的宝卷中，很多内容都是讲内丹修炼的。如黄天教的《普天如来无为了义宝卷》中说：“炼金丹九转以后，……金书诏身入紫府，赴蟠桃永续长生。”意思是，修炼内丹达到第九转最后阶段，就有神仙捧着玉皇大帝的诏书降临，召你到有瑶池和蟠桃大会的上天神仙世界，你就长生不死了。《西游记》中，孙悟空大闹天宫时偷吃王母娘娘的蟠桃，搅了娘娘的大会。蟠桃、紫府，在这里指天上的神仙世界。
一般的正一道士中，也有一些人如刘渊然、邵以正、陶仲文、邵元节等，得到明朝皇帝的尊宠，谋到了荣华富贵。明世宗宠信龙虎山上清宫正一道士邵元节，让他做大官，甚至他的孙子和曾孙都跟着沾光。
历史上，符箓派道教最先在北宋进入武当山，南宋时期这里成了上清派(茅山宗)的天下。到了元代，南北方道教交流汇合，全真、清微等派都传入武当山。至元十二年(公元1275年)，道号寂然子的全真道士汪真常带了六名徒弟来到武当山开山传宗，使武当山道教重新兴旺起来。明初，全真道龙门派传人丘元清来到武当住持玉龙宫。到了清代中叶，它成了武当道教的主体。据说，明清时期全真道在这里有四五个小派。
到了明末清初之际，因满清铁骑入关，民族矛盾十分尖锐。很多人不愿意做清朝的官，于是都跑到全真道中来了。丘处机传下的全真道龙门派第七代宗师王常月，在清人入关的最初，从嵩山北上京城，取得清朝皇帝的支持，改了以前丘处机订下的单传秘授的老办法，公开发放度牒，发展信徒。他在白云观内主讲道法，有1000多人入道。后来又带领徒弟南下，在南京、杭州、湖州、武当山等地传教，当时声势很大，被称作全真道的“中兴”。
清代统治者对道教不怎么相信，也不怎么利用。清朝让道士做斋醮法事的次数很少，还立下法律条文严禁巫师道士搞跳神驱鬼这一套，正一道的市场不大。但清统治者为了笼络人心，缓和民族矛盾，对道教也大体上照明代的办法加以保护。
除黄天教外，三一教、红阳教、混元教、圆顿教、八卦教、一炷香教和金丹教等民间宗教的宗教活动，都以修炼内丹为重要内容。
道教受民间宗教的影响，突出表现在内丹修炼的理论与实践方面。明清时期，以全真道为代表的道教内丹修炼派别得不到朝廷重视，于是逐步走向民间，以求发展，这也为某些民间宗教流派的兴起播下了种子。
以江西贵溪龙虎山为大本营的正一道，教首即天师，一直是张姓一家世代相传的。元代张天师只让管江南各地的道教。明代，它的权力变大了。
明代正一道在道教思想教义等方面，也几乎没有拿出什么新鲜东西来。张宇初写了不少诗和文章，内容上只是炒炒宋元以来的冷饭。如提倡三教合一，宣扬做斋醮法事必须修炼内丹才有效验等等。他还提倡全真道的一些思想，反映了两大派合流的趋势。
民间宗教的蓬勃兴起，跟宋元以后中国封建社会的衰落以及佛教道教这些正统宗教的衰落有关。明中叶到明末，不到200年的时间，仅大的民间宗教就出现了几十种。像罗祖教、黄天教、三一教、红阳教、混元教、闻香教、西大乘教、龙天门教、圆顿教、收元教等等，都是其中比较有名的。而清代出现的民间宗教和秘密结社竟有200种以上，其中比较有名的有八卦教、一炷香教、青莲教、金丹教、黄崖教、刘门教和真空教等。
大光明殿，本明万寿宫，成祖潜邸也。嘉靖后改此殿，今为设醮祈雨雪之所。道士例取于江西龙虎山，箓坛陈设法器、幡幢、帷幔、冠帔、绅笏，皆康熙内府旧制。星羽辉煌，锦绮焜〔hun昏〕耀，睹之者如入八景宫中，观法驾导引也。例月给内仓米三十石，仍有香镫银两，今皆停给，道士遂稀有存者。每临事，取足于各观而已。
明朝皇帝重视正一不重视全真，原因之一是全真跟元统治者一直很亲近，二是觉得它只管个人修炼，对国家和社会用处不大。所以，全真道士在明代很少有人被皇帝封号，不像正一天师那样大富大贵。
第42代天师张正常很早就跟朱元璋拉上了关系。朱元璋当上皇帝的头一年，张正常就去祝贺。封建社会的皇帝又称天子，即天帝的儿子。所以，朱元璋觉得我还只称天子，你们道士怎么能称天师呢！他不大舒服，问张正常，难道天有老师吗？于是下令以后不准称天师，改叫“真人”，但授予张正常的官品仍然很高。不久，他又下令，让正一天师世代掌管全国道教。
清代个别皇帝对道教表现出特别的兴趣，如雍正，曾宠信过龙虎山道士娄近垣，封他为“四品龙虎山提点，司钦安殿住持”，并给了他一个“妙正真人”的封号，还让几名道士到西苑为他炼丹。
