除了这些较大的符箓派系以外，宋元时期还有不少符箓小派。各派之间相互融合吸收，区别越来越小，到后来终于全部汇入正一道。
宋徽宗时，第30代天师张继先极得宠信。朝廷为他在京城附近修建了“崇道观”，龙虎山本营的上清观也升格为“上清正一宫”，有国家拨钱扩建，另外皇帝还给了巨额庙产。
进入元代以后，上清派很少有著名宗师出现。
宋元时期兴起的符箓新派，大都是受唐宋流行的道教内丹术的影响而产生的。其中比较重要的有神霄、清微和净明道等派别。
元代，龙虎山天师府权力很大：可以建议任免江南各地道教事务管理官员和道观管理人员，向皇帝提出新建道教宫观的经费供给和人员编制，它还可以直接发放“度牒”，即道士身份证，批准人们当道士。元统治者采取这些措施，一方面是想利用天师道在汉民族中的深广影响来笼络人心，以缓解民族矛盾；另一方面是借助正一天师对江南道教的统领加强对道教的管理。所以，元代对正一派的尊宠实际上超过了两宋。
自从张可大被宋理宗授予总管符箓各派的大权，正一派就取得了符箓派道教的统领地位。
注重道教修炼及其理论一向是上清派的传统。像吴筠、司马承祯等人，都在修炼理论上有贡献，并不以符箓法术出名。但既然它也是朝廷的御用工具，自然也要承担为帝王祈福禳灾的任务，发展它的符箓法术。在北宋中后期，它终于成为“经箓三山”之一。上清派第23代宗师朱自英，曾经为真宗祈神赐子，因为后来生了仁宗，被封为“国师”。第35代宗师任元阜，曾受南宋宁宗诏令，做大道场禳除水灾。第44代宗师王道孟，为元统治者祈雨驱蝗，得“真人”封号。
正一道历来重视符箓咒语等道教法术。但第30代天师张继先吸收当时佛教禅宗和道教内丹派的学说，也提倡修炼内丹。他还向时兴的神霄派学习新符箓“神霄雷法”。南宋正一道士留用光因为传行新出的“五雷法”而出名。
宋元时期，正一道还出现了几个新支派。如传行新出“天心正法”符箓的天心派，传行“太一三元法箓”的太一道等。天心派在元初曾兴盛一时，太一道得到过金、元统治者的扶植，在华北地区广为传播。
道教符箓派别中历史最久长的是正一派，它也叫正一道。正一道的前身是五斗米道，也就是天师道。据说张道陵四世子孙张盛从川陕一带迁到江西贵溪龙虎山，后来这里就成了正一派的中心。陆修静编写《三洞经书》目录时，四辅中正一部中所收的主要是六朝时流行的天师道经典，它的位置排在最后。隋唐时期，修习正一经法规定为入道者的入门课程，级别最低。到了北宋真宗时期，正一派得到朝廷重视，真宗下令改龙虎山真仙观为上清观，又召见第24代正一天师张正随，赐给他当时道士中级别最高的称号“先生”，这是正一天师首次得到朝廷赐号。从张正随开始，直到南宋末的第35代天师张可大，几乎代代正一天师都得到赵宋王朝的赐号。
清微派的创始人是唐末广西零陵人祖舒。经五代北宋，至南宋晚期，其影响渐大。南宋理宗时，第10代宗师黄舜申以擅长清微雷法闻名京城，连皇兄赵孟端也拜它为师，跟他学习雷法。清微派创立人自称得到了上清、灵宝、楼观、正一四派真传，但该派实际上与上清派关系较为密切，上清派开山祖魏华存被该派排在祖舒前面。清微派的理论、教法跟神霄派相当接近，区别仅在于所用符箓不同，所以也有人把它们看作一回事。
宋代帝王崇道，看中的主要是道教那套所谓能够为人祈福禳灾、除妖驱邪的东西。所以，注重符箓咒语、斋醮法事的符箓派得以兴盛 一时。它促使一些历史传统本不注重符箓法术的派别也朝这个方向发展。宋哲宗绍圣四年(公元1097年)，分别以龙虎山、茅山、阁皂山为本山的正一、上清、灵宝三大派被封为“经箓三山”，于是三派鼎立，都在江南地区传播发展。这些旧道派顺应历史潮流，改革教义教法，派生出了一些新的支派。同时，一些新符箓道派，如神霄、清微、净明等派，也应运而生。
上清派尊奉东晋魏华存为开山祖，自陶弘景建华阳馆于茅山，这里就成了该派的中心。唐代，茅山宗在道教各派中最为兴盛，出了像王远知、吴筠、潘师正和司马承祯等著名人物。北宋中期以后，这一派渐渐衰落。但是，自南北朝隋唐以来，上清派地位一直很高，修习上清经法是品级最高的道士课程，所以，赵宋王朝对它相当重视。上清派历代宗师都得到过朝廷封号。
神霄派创始人是北宋末江西南丰道士王文卿。徽宗时，林灵素借助皇帝的力量推广神霄雷法，使它风行一时。此后它传承不绝，支派繁生。神霄雷法是一种据说能够召雷唤雨的符箓法术。该派认为道士作法必须以内丹修炼作为根基，“内炼成丹，外用成法”，主张融合内丹与符箓。
灵宝派传统即长于斋醮法术。据陶弘景《真诰》记载，当时灵宝派占据茅山，举行诵经、斋戒等法事活动，每年“三月十八日，公私云集，车有数百乘，人将四五千，道俗男女，状如都市之众。看人惟共登山作《灵宝》唱赞，事讫便散”。历史上灵宝派不曾有过上清、正一两派的显贵，很少得到朝廷征召赐封。灵宝派道士主要活动于民间，在社会下层影响较大。元统治者对它较为重视，曾经封阁皂山万寿崇真宫第46代宗师杨伯为“太玄崇德翊教真人”。
道教符箓派不仅接收了内丹术的影响，同时它也影响内丹派的发展。江南地区的一些内丹派别，如全真道、金丹派南宗，都有不少道士也兼习符箓派的神霄雷法。到了元末，这一地区的道教各派已经趋于一致。
正一道在元代也被尊宠。元世祖忽必烈于至元十三年(公元1276年)召见第36代天师张宗演，请他吃饭，赐给他玉芙蓉冠，组金无缝服和银印，让他主领江南道教。第二年又封他为“宣道灵应神和真人”。此后，历代正一天师都被元统治者封为真人。第39代天师张嗣成，在泰定二年(公元1325年)被封为“翊元崇德正一教主”，并被授权掌管全国道教事务。
净明道与灵宝派有很深的渊源关系。南宋建国之初，一位叫周真公的道士，利用江南地区对晋代许逊的信仰，称许逊等六位真仙降临，传所谓净明灵宝秘法，而兴起净明道。该派传行一种叫作“净明法”的新符箓，其实不过是灵宝旧符箓的翻新。周真公的净明道也重视内丹修炼，强调符箓与内丹的结合。但与神霄、清微二派不同的是，它十分重视忠孝伦理，形成该派特色。
元初，江西隐士刘玉以南昌为活动中心，再开净明道宗。刘玉的新净明道不承认与周真公的旧净明道有瓜葛，但实际上是旧净明道的发展。新净明道自称“净明忠孝道”，它进一步向当时的儒教靠拢，竭力调和佛道二教与儒教的关系，宣扬三教归一的宗教学说。
灵宝派的分支“东华派”，由两宋之际道士宁全真(公元1101—1181年)开创。该支派讲究斋醮和内丹相结合，具有时代特点。
