元代政府对有些不愿在朝做官，退而讲学，特别是捐私田建书院者，加以鼓励，倍加褒奖。如：千奴，乞致仕，退居濮〔pu仆〕上，于历山之下，聚书万卷，延名师教其乡里子弟，出私田百亩以给养之，地方官奏明圣上，朝廷御赐历山书院额，以示褒赏；段直，割田千亩，置书万卷，聘名师，招四方来学者，朝廷特命嘉奖；田希吕在天门山麓建讲堂，成礼殿，备庖库，购经书，添祭器，捐田200亩，作为书院膏火之用，朝廷赐名为天门书院。
当然元代各级官府更加强由官方拨资兴建或修复书院。元代以前的书院几乎全由私人或民间创办，朝廷或官府只是予以承认，支持或部分资助，元代则由官府直接创办或修复书院，据统计，元代官办书院占书院总数的52.49%，超过了半数以上，其中有7.8%的书院是由朝廷直接主办的，民办书院只占总数的47.51%。实际上，即使是私人或民办的书院，朝廷和各级官府也逐步加强了控制。从而造成了元代书院发展的一个最显著的特点，就是书院逐步官学化。
清代学者朱彝尊的《日下旧闻》称：“书院之设莫盛于元，设山长以主之，给廪饩〔xi戏〕以养之，几遍天下。”据《文献通考·学校考》记载，太极书院为元建书院之始，其后，兴建书院蔚然成风。据曹松叶《元代书院概况》统计，元代新建书院143所，兴复原有书院65所，改建书院19所，合计227所。今人丁益吾先生查阅大量文献资料，整理成《历代书院名录》，其中载元代计有书院296所，均注明为元代所建。这项统计是比较齐全的，但仍有遗漏。如：王旭为之作记的长芦中和书院，为元初高伯川所建，即未收录。考虑到宋代已有书院600余所，在元代大部分得以保存和复修，估计元代书院约近千所，真可谓“几遍天下”了。
元代提倡私人出钱资、捐田亩建书院。元代不少书院是私人捐资献田修建的。如：江西吉水张文先捐田兴建白沙书院；新乐县赵氏兄弟捐家资修建壁里书院；建宁路浦城县甄西山之孙联合族人捐私田建西山书院等。
元代书院官学化的另一项重大措施，是由各级官府为书院委派山长，选任主讲。有不少书院的山长、教授直接由各级官府官员兼任。即使是私人延聘的山长或教授，也要由官府认可后才能授以学官之职，也同官学同等对待。这一措施，同样表明了官府对书院的重视，有利于稳定书院的管理和教学质量，也有助于提高书院管理人员和教学人员的社会地位。这一措施的初期，确实对书院的发展起到某种积极作用。但是，它对书院发展也有消极作用，特别是到后期，其弊端更充分暴露，导致书院管理混乱，师资猥杂。元代学者虞集曾批评说：“今天下学官猥以资格授，强加之诸生之上”，“选用多不精，而称职者寡”。元代学者程钜夫也指出：“近年书院之设日加多，其弊日加甚，何也？徒知假宠于有司，不知为教之大，徒徇其名不求其实然耳。”吴澄更明确指出：“今日所在书院，鳞比栉密，然教之之师，官实置之，而未尝甚精于选择”，其根本原因在于书院过多地“受官府之拘牵”，丧失了独立自主的特点。
元代书院不仅数量大增，而且书院的地域分布与宋代相比，也有很大变化。元代书院仍以江南为最多，大部分集中在长江流域。按曹松叶《元代书院概况》统计，在总数227所书院中，152所在长江流域，占66.96%，仍居第一位；32所在珠江流域，占14.10%； 43所在黄河流域，占18.94%。和宋代相比，珠江流域由第二位降为第三位，而黄河流域则由第三位升为第二位。特别是黄河以北地区的书院都是元代以后才兴建的。这对于由元代开始的“南学北移”起了巨大的推动作用。王旭在《中和书院记》中称：“草创以来，国家以伐宋为事，未暇文治，今圣人在上，天下一家，书籍盛于中国，学校遍于四方，斯文其将复兴乎！且书院一事，盛于南国，而北方未之有，今高君(伯川)营此，盖将以为北方倡，而因以上迎乎天意，安知不有好事者随而和之哉！他日择形胜之地，尽规模之大，有如白鹿，如石鼓，如岳麓，称于天下，名于后世，以惠学者于无穷。”充分肯定了元代书院改变了“盛于南国而北方未之有”的状况，意义十分重大。
元代书院官学化的重要体现或主要措施之一，就是官方加强对书院经费的管理和控制。元代各级官府增加经费直接兴办书院，为书院专拨学田，享受与各级官学同样的官费待遇；对经费困难的民间或私办书院，也尽量给予经费上的资助；同时，对书院自筹经费和自营田产也加强管理和控制，明确规定：“路、府、州书院，设直学以掌钱谷。”这一措施，表明了官府对书院的重视，并且为书院的迅速发展提供了基本的物质条件。当然，这一措施也导致了书院在经营管理上独立自主地位的削弱，书院教育的特色日益淡薄。书院与官学相差无几，仅有书院之名，而乏书院之实了。而且随着书院数量大增，官府经费有限，时常出现书院经费难以为继的困境。正如吴澄所言，许多书院“养之之费，官虽总之，而不能尽塞其罅〔xia下〕漏，用匮则止矣。”官方经费不足，又无自筹经费的途径和能力，不少书院名存实亡。
