纵观明代书院的发展，明初百余年，“国学网络人才，士之散处书院者，皆聚之于两雍，虽有书院，其风不盛”。正德之后，“国学之制渐堕，科举之弊孔炽，士大夫复倡讲学之法，而书院又因之以兴。”(《江苏书院志初稿》)王阳明等人聚徒讲学，倾动朝野，东南景附，远近相望，流风所被，书院顿盛。至东林书院兴，其讲学力主“讽议朝政，裁量人物”。朝廷又采取了粗暴地禁毁措施，然而又禁而不能止。
在这期间，有不少书院被并入地方官学或社学，连著名的白鹿洞书院，自元末毁于兵火，一直无人问津，竟然“昔日规制不可见，惟闻山鸟相呼，山鸣谷应，余音悠扬，恍类弦歌声”(《白鹿洞志》卷十二，《游鹿洞记》)。著名的岳麓书院在明初也处于荒废状态：“破屋断垣，隐然荒榛野莽间。”当时有人留下一首《书院废迹》诗：“峨峨岳麓山，前贤读书处。世远人亦亡，遗基尽荒秽。犹存北海碑，尚有南轩记。公暇一来过，徘徊发长喟！”(《岳麓志》)少数书院虽得以保留，主要是用作祭祀之所，如：洙泗、尼山书院只为祭祀孔子及其弟子，不复有讲学之举了。
正是在明代朝廷全力发展官学，强化科举考试的文教政策导引下，造成了明初近百年书院备受冷落，陷入沉寂状态。近代学者、书院史研究专家柳诒征先生在《江苏书院志初稿》一书中指出：“明初教士，一归学校”，而“讲学书院之风一变，其存者徒以崇祀先儒耳”。清代学者黄以周也曾说过：“学校兴，书院自无异教；学校衰，书院所以扶其弊也。”
自明宪宗成化年间至孝宗弘治年间(公元1465—1505年)，由于宦官势力膨胀，政治日渐腐败，社会矛盾加剧。官学教育和科举考试弊端丛生。官学学生“但取食廪年深者”，“只有资格”、“不讲学力”，“士风浇漓”、“不胜其滥”。在这种情况下，一部分朝臣和读书士子担心文教事业每况愈下，强烈要求朝廷采取措施，“颁布明诏，广开言路，以振作鼓舞天下士气”(《明通鉴》卷三十三)。同时着手恢复书院讲学，以弥补或纠正官学和科举之弊。如：成化元年(公元1465年)南康太守李龄在白鹿洞书院旧址增建房舍，招郡人子弟相约其中，聘著名理学家胡居仁掌教事，“名士弦诵其间，而风教始著”，并立规约六条，“正趋向以立其志，主诚敬以存其心，博穷事理以尽致知之方，审查几微以为应事之要，克治力行以尽成己之道，推己及物以广成物之功”。吸引“四方英明豪杰之士，相与讲论，切磋于其间”(《胡敬斋集》)。又如：成化五年(公元1469年)长沙知府钱澍修复岳麓书院，使“百数十年丘墟之地，顿觏大观”，弘治七年(公元1494年)陈钢、杨茂元继续修复，至弘治九年(公元1496年)再次“辟道路，广舍宇，备器用，增公田，储经书”，以便“振文教于湖南，流声光于天下”(《岳麓志》卷七)。
中央官学规模扩大，设施充备，制度完善，待遇优厚。有人称：明代中央官学“规制之备，人文之盛，自有成钧，未之尝闻也”。地方各级官学也普遍设立，并采取一系列措施，调动入官学读书的积极性，一度形成“家有弦诵之声，人有青云之志”的社会风气。
白鹿洞、岳麓两座著名书院的相继修复，确实起到了“流声光于天下”的作用。朝廷也一改长期对书院冷漠的态度，主动提倡建书院，如：宪宗成化二十年(公元1484年)“命江西贵溪县重建象山书院”，孝宗弘治二年(公元1489年)“以吏部郎中周木言修江南常熟县学道书院”。这都标志着明代书院全面兴盛时期即将来临。
明代初年，在结束了元末以来社会动荡不安的混乱局面，经过近百年的努力，经济得以复苏和发展，政治和社会相对稳定，出现了所谓“洪永”盛世。在此期间，朝廷坚持“世治宜用文”的文教政策，集中精力发展官学和强化科举考试，并且取得明显的成效，官学教育得到空前的发展。据《明史·选举志》称：
正德、嘉靖两朝对书院发展采取支持、鼓励的方针，促使书院蓬勃发展，结果发展规模扩大，书院数量猛增，书院讲学的宗旨和内容也出现不合官方意图的趋势。朝廷感到有失控的危险。尤其是不少书院被卷入朝野政治斗争的风浪中，引起朝廷的警觉，在某些政治势力的操纵下，自嘉靖后期起，多次出现禁毁书院的事件。但是，书院具有强大的社会影响力和生命力，事实上是禁而不止，毁而难废的。
明代是中国封建社会发展的成熟阶阶段。明代中期出现了资本主义生产关系的萌芽。商品经济的繁荣和市民阶层的初步觉醒又从封建社会内部撼动着封建统治的社会基础。这样，强化中央集权统治和加强思想控制，同要求冲破中央集权统治和解除思想控制的斗争进行着反复的较量。明代书院作为与民间，特别是知识阶层有著血肉联系的文化教育机构，对此有最敏锐的反应。明代书院正是在错综复杂的政治思想、文化教育的激烈斗争中，获得新的发展。
明，天下府州县卫所皆建儒学，教官四千二百余员，弟子无算，教养之法备矣……盖无地而不设之学，无人而不纳之教，庠声序音，重规叠矩，无问于下邑荒徼、山陬〔zou邹〕海涯。此明代学校之盛，唐宋以来所不及也。
有人统计，明代共建书院近1600所，其中正德年之前所建约500所，正德年之后所建约1100所。就是说，从朱元璋建明至正德元年(公元1368—1506年)近140年，所建书院，仅占明代书院总数的30%，正德之后同样不足140年(公元1506—1644年)，所建书院占明代书院总数的70%。而正德、嘉靖两朝(公元1506—1566年)共60年，却建书院达634所，占总数近40%，超过正德前140年所建书院的总和。在王阳明、湛若水等人及其弟子门人讲学活动的主要地区，书院增设更盛，如：江西书院达265所，浙江也达173所，广东(含海南)149所。三省之和近600所，占全国书院1/3以上。连西北、西南等边远地区，如甘肃、宁夏、贵州、云南等省区，也创建了不少书院，而且绝大部分为正德年之后所建。
明代正德年间(公元1506—1521年)，书院进入极盛时期。“缙绅之士，遗佚之老，联讲会，立书院，相望于远近。”其直接原因是王阳明、湛若水等一批名流大师倡书院以聚徒讲学。据《明史·王守仁传》赞称：“正嘉之际，王守仁聚徒于军旅之中，徐阶讲学于端揆之日，流风所被，倾动朝野。”沈德符在其所著《野获编》中也说：“自武宗朝(武宗朱厚照，年号正德)，王新建(王阳明被封为新建伯，故称王新建)以良知之学，行江浙两广间，而罗念庵、唐荆川诸公继之，于是东南景附，书院顿盛。”湛若水是一位“志笃而力勤”的教育家，55年间无日不授徒，无日不讲学，“平生足迹所至，必建书院以祀白沙(陈白沙，湛若水之师)，从游者殆遍天下”。
明代书院的发展与明代的文教政策有密切关系。
