搜集、收藏图书也是书院的一项重要活动内容。书院顾名思义，以藏书丰富著称于世，每个书院都成为当地藏书最丰富齐备的场所，许多书院专建藏书楼、藏书阁或书库，成为书院建筑的一个重要构成部分。书院的藏书活动既为书院教学和研究准备了充足的资料，又为当地士民、乡绅查阅、咨询提供了方便。不少书院还自行刊刻图书，书院主持者或主讲人的讲义和研究成果、书院生徒的听讲笔记、读书日记，经过整理，刊刻成书，既保留了教学科研的成果，又扩大了社会影响。现今图书馆收藏的善本书、珍本书中，就有不少是“书院本”。这种将图书馆、学校教育、研究机构集于一体的独特组织形式，对后世颇有启迪之效。
书院作为一种历史文化现象已不复存在了，然而书院优良传统仍有极强的生命力。近代致力于教育改革、文化更新的不少人士经常热心研究中国古代书院，从中吸取营养，寻找借鉴。近年更有创办新式书院的尝试。人们也许可以看到，书院这种古老的文化教育特有的组织形式，在新时代焕发出新的生机。
书院一般是以私人创办或主持为主的，也有家族、民间出资筹办的，多数得到朝廷和地方官府的鼓励和资助，或赐名、赐匾额、赐书；或赐银、拨田产，成为私办官助、民办公助的办学兴教的形式。
书院基本属于私学性质，但它不同于一般的私塾、社学、义学。可以说，书院是一种高级形态的私学。书院的教学是以学术研究为主的，多数书院往往都是某一学派的活动中心或研究基地。书院既是学校，又是研究机构，同时还是一个学术团体。而一般私塾、社学、义学等多数是启蒙教育的性质，主要是识字、日用常识、基本伦理、行为规范的灌输和训练、应试备考的初步准备。在古代私学系统中，可以认为，一般私塾、社学、义学属初等教育或基础教育范畴，而书院基本上属于高等教育范畴。当然，有的时期，书院设置十分普及，有些书院也承担部分初等教育的职能，特别是一些家族式书院，即使如此，书院也与私塾、社学、义学有明显区别。
书院的师生多以醉心学术、潜心修炼心性为目标，因此多数书院反对科举，反对追逐名利，师生多数厌恶科举、淡泊仕途，隐居山林胜地，超然观世事，冷言论朝政，以清高脱俗、持志守节相标榜。经常与当权执政者的现行政策和直接利益发生矛盾。如南宋的朱熹书院讲授程朱理学，曾被列为“伪学”、“禁党”，明中叶王阳明在书院传授陆王心学，也被视为“异端邪说”；明末顾宪成、高攀龙在东林书院讲学，“讽议朝政，裁量人物”，更被定为“东林党案”，东林书院遭禁毁，并殃及全国书院。正因为如此，元代和清代，都曾对书院加强控制，使书院官学化，纳入科举考试的轨道，使之与官学一样，变成科举考试的附庸。
大多数书院是由名师大儒聚徒讲学发展而成的。主办者或主持人以书院为基地，研究或传布自己学术研究的心得和成果。书院也以著名学者的学术成果为主要教育内容。书院生徒多是慕名师来学，并将从师学习与个人学术志趣紧密结合，边读书、边学习、边研究。这就形成学术研究与读书讲学融为一体、相互结合、相互促进的独特教学方式和教育组织形式。
书院与各级官学既有互补的关系，又有异趣相峙的抗衡关系。 一般说来，官学不兴，书院勃兴，弥补了官学数量不足。特别是朝廷无暇顾及兴学设教，无力兴办官学，往往鼓励、支持书院发展，书院成为满足士子读书要求，保持社会安定的重要手段。 一旦朝廷有可能集中精力发展官学，书院便被冷落。在千余年书院发展历程中，多次出现官学盛书院衰、书院兴官学败的交替互补的势态。由于官学更多地受到科举考试制度的支配和控制，务虚文、逐名利，造成官学弊端丛生，教学全无“德行道艺之实”，书院往往起而纠官学之偏、革官学之弊。官学与书院呈现出异趣相峙、并列抗衡的局面。
从总体上看，官学的课程和教学比较冗繁呆板，过于程式化，而书院的课程和教学比较简约灵活，师生有较多的主动性和自由度。毛泽东早年创办湖南自修大学时，曾借鉴古代书院的办学传统，肯定书院课程简约、教学灵活，师生共同研讨，悠然自得，师生感情融洽，远优于官学。
讲学和学术研究是书院主要的活动内容。讲学与学术研究紧密结合成为书院教育的突出特点，结合的方式灵活多样。通常由书院主持者主讲，每讲立一主题，称为明立宗旨，讲授其研究心得和研究成果，生徒边听讲，边质疑问难，形成讨论式教学。有时书院延聘不同学派的名师来书院讲学，书院师生共同听讲，开展论辩，探究不同学派之异同。如：朱熹曾邀陆九渊至白鹿洞书院讲“君子喻于义，小人喻于利”。这种讲学方式，发展成一种“会讲”制度，实际把书院讲学变成不同学派之间开展学术争鸣论辩的研讨会。如：朱熹与张栻〔shi市〕在岳麓书院曾有“朱张会讲”。这种讲学方式，更进一步发展成“讲会”制度，各书院轮流主办，邀集其他书院师生共同讲论，当地官员、士绅、民众均可自由前来听讲，从而扩展为以书院为中心的地区性学术讲习活动，并且订立了完整的“讲会规约”，有的范围波及数郡县，听讲者达一两千人。如：明代紫阳书院讲会，订有“紫阳会约”，东林书院讲会，订有“东林会约”等。这种方式，在南宋和明中叶十分普遍，几乎成为书院讲学的主要方式，对文化教育、学术思想、世俗民风产生过极大的影响。
书院是中国古代特有的一种教育组织形式。书院之名始于唐中叶贞元年间(公元785—805年)官方设立的丽正书院和集贤殿书院，其职责为收集整理、校勘修订图书，供朝廷咨询，兼作皇帝侍读、侍讲，类似宫廷图书馆。唐末五代，读书士子多隐居避乱读书山林，后发展为聚书授徒讲学，常以书院命名读书讲学之地，遂演化为一种教育组织形式。至宋初，形成一批颇有影响的著名书院，如：白鹿洞、岳麓、嵩阳、应天府、石鼓、茅山等书院。南宋时期更吸收、借鉴佛教禅林讲学的制度，使书院得到进一步发展和完善，经元、明而不衰，至清末，随着整个封建教育制度的衰败，近代新式学堂的诞生，古代书院才逐步改为学堂。书院在中国大地上存在了1000余年，成为中国文化史和教育史上引人注目的一大奇观。
书院的另一项重要的活动内容是开展祭祀活动。书院的祭祀同宗教祭祀或祖先祭祀有着重要区别。书院的祭祀活动着眼于教育功能，多数除祭祀孔孟等先圣先师之外，着重祭祀本学派的创始人和代表性人物，同时祭祀对本书院创办和发展做出贡献的人士。宣扬他们的事迹，牢记他们的学术旨趣，怀念他们的功德，为师生树立仰慕和仿效的典范，成为进行学派学术渊源和书院奋斗历程教育的好形式，形象具体生动，效果极佳。
