1659年，天皇赐给隐元京都附近宇治的土地营建新寺院。他决定以中国的黄檗山万福寺为榜样，兴建日本的黄檗山万福寺。1661年，宇治万福寺建成，隐元担任第一任住持。从此日本佛教禅宗又出现一个新的派别黄檗宗，连禅宗其他宗派曹洞宗、临济宗的禅僧们也竞相归附其门下参禅问法。幕府则赠送黄金、木材，用以营造佛殿之用。宇治黄檗山万福寺的堂塔殿堂建筑、佛像雕塑、堂塔配置、仪式法规等都仿照中国明代禅寺的式样，甚至参禅念佛诵经也用汉音，饮食生活也保持了中国风格。因此传入最晚的黄檗宗比其他日本佛教宗派更富有中国禅学风味。
1655年，隐元又应日本禅宗名僧之邀到本州摄津(今大阪府)的慈云山普门寺开堂演法，并与各寺院的禅僧及京都公卿贵族们交往。隐元东渡时原准备只在日本逗留三年就回国，福建黄檗山的僧众也一再写信促其西归。但是，日本僧众恳切的挽留使他不忍轻易离开。1658年冬，隐元来到江户(今东京市)，德川幕府第四代将军德川家纲亲自接见了他，大老酒井忠胜等高级官员也来向他问禅。幕府的竭力挽留，终于使隐元下决心要像唐朝的鉴真和尚一样，为在东瀛弘扬佛法而贡献余生。
隐元东渡时还带去一些中国植物种子，如在日本民间家喻户晓的“隐元豆”(扁豆)、“隐元莲”(莲花)、“隐元豇豆”等。黄檗僧人的日常生活长期保持中国方式，对日本人的生活方式也起到潜移默化的影响。他们常吃的中国式食品如胡麻豆腐、隐元豆腐、黄檗馒头等，也传入日本寺院和民间。宇治万福寺前的白云庵也是传布日本各地的中国风格净素烹饪“普茶料理”的发源地。
隐元及其弟子们的东渡，对推动中日文化交流，尤其是促进日本佛教禅宗发展以及传播中国明清时期书法、绘画、篆刻、雕塑、建筑、医学等文化艺术成就，作出了许多贡献。
在日本，扁豆被称为隐元豆，据说是清朝初年中国隐元禅师传到日本的。这位隐元禅师就是日本禅宗三大派之一黄檗〔bo柏〕宗的创始人、被日本天皇赐以“大光普照国师”称号的隐元隆琦。
中国僧侣东渡，对日本文化产生重大影响的代表人物，在唐代有鉴真和尚，在明清之际则有隐元禅师。隐元受到中日两国人民的崇敬和纪念。正如杜立德撰《普照国师塔铭》所赞颂：“师两开黄檗，应化西东，现身说法，四十载间。上自皇帝宰相，远及东国王臣，下及士庶工商，僧俗男女，罔不景仰瞻依，倾心向化。自唐宋以来，未有若斯其盛。”
随着书法绘画的发展也推动了日本篆刻和印刷业的进步。隐元的徒弟独立、高泉等善于篆刻并把技法传授给长崎高天漪等弟子。黄檗第15世大鹏正鲲著有《印章篆说》，在日本流传很广。黄檗僧人刻印的各种佛像也非常精美，如《观音图》、《地藏图》、《五百罗汉图》等，均栩栩如生。隐元的徒孙铁眼道光还于1681年募款刻印6956卷《大藏经》，即所谓黄檗版大藏。
隐元及其弟子在中日医药交流方面也有贡献。如隐元的高徒独立性易，俗姓戴，名笠，字曼公，杭州人，曾从名医学医，1654年已经59岁时投拜隐元为师。他的医术很高明，尤长于痘科，被日本人奉为神医。他还把自己的医术传授给日本弟子池田正直等人，所传医书有《生理病理图》等七种，及《痘科键》等六部。此外，黄檗僧人化林、心越、澄一等人，亦通医学，并把医术传授给日本医生。
隐元，俗姓林，名隆琦，1592年生于福建省福清县。六岁时父亲外出不归，少年时因家庭贫困而辍学，以耕樵为生。21岁时出外寻父，来到南海普陀山(今浙江舟山)，祈求观音保佑，产生了投入佛门的念头。1620年终于入福清黄檗山禅寺，投师鉴源禅师，剃发出家，法名隐元隆琦。此后，他历游浙江各地名刹，访师学道。曾从禅宗高僧密云圆悟和费隐通容等学习临济宗禅法。1637年担任黄檗山万福寺住持。隐元重修寺庙，兴建大雄宝殿、斋堂，继承祖师遗志，实现黄檗山复兴大业。以后又到各地云游说法，曾应邀主持崇福寺、福岩寺、龙泉寺等寺院。1646年回到黄檗山万福寺任住持，广收门徒，著书立说。隐元不仅精通佛法而且博学多才，擅长诗文书法，著有《黄檗语录》、《黄檗山志》等书，在当时中国的佛教界和文化界都享有盛名。
当时日本禅宗处于停滞不振状态。在江户时代的对中国贸易唯一开放港口长崎，由于有不少中国商人和华侨聚居，并为求神佛保佑中日间船只往来平安，在当地集资修建了三座禅寺，即兴福寺(南京寺)、福济寺(漳州寺)、崇福寺(福州寺)，人称唐三寺。三寺都聘请中国僧人担任主持，但在隐元之前却没有请到很有名的高僧。兴福寺的住持逸然，久仰隐元的声名，经过与三寺僧众商量，并由德川幕府批准，于1652年派人到福建黄檗山邀请隐元东渡传法。前三次邀请他都辞谢了，直到逸然第四次又派古石和尚来邀请，隐元终于为其诚意所感动，答应东渡日本。
1664年，73岁的隐元在日本黄檗山万福寺担任住持三年之后，自感年老体衰，精力不济，便让位给弟子木庵性瑫，自己退隐于松隐堂。1673年，后水尾上皇赐隐元以“大光普照国师”之号。不久因病去世，享年82岁。隐元被奉为日本黄檗禅宗的开山始祖，其后从二世祖木庵，直至13世祖笠庵，均为来自中国的高僧，自第14世祖龙统开始，才大多由日本僧人继任。隐元一生著述甚多，共约40余种。渡日后的主要著作有《普照国师广集》30卷、《示众语录》20卷，《黄檗清规》一卷等，还有不少诗文之作。现已编成《隐元全集》12册在日本出版。
1654年5月10日，已是63岁高龄的隐元禅师，不顾僧众们的劝阻和挽留，把黄檗山交给弟子慧门主持，毅然下山踏上旅途。5月21日，他带领30多位随从弟子，从泉州出海东渡。途中波涛汹涌，船工失色，而隐元仍谈笑自如。经过15天的航程，终于在7月5日抵达长崎。隐元受到逸然禅师和唐三寺的僧人的热烈欢迎，长崎的僧侣和民众也聚集在街头两旁，向他顶礼膜拜。隐元一行被迎进兴福寺后，当天就在寺内演法。由于这位中国高僧的到来，使沉寂多年的日本禅林为之一振，在长崎唐三寺兴起了一个兴禅拜佛的热潮。
隐元等黄檗僧人东渡时带去了大批明清名家书画真迹都作为黄檗文化的珍品收藏在万福寺内，使宇治黄檗山成为荟萃中华文物精品的宝库。如隐元把恩师费隐的手迹制匾悬挂在万福寺开山堂。当时一些无法出国门的日本文人雅士常到黄檗山以一睹为快，满足平生之愿并从中受到启迪。而且隐元及其不少弟子都是书法大家。隐元、木庵，即非三人的书法以大字草书为特色，笔力雄浑，被称为“黄檗三笔”，创立了日本书道黄檗流派。弟子独立善于篆隶，在日本传授书法和篆刻，被称为日本近世唐样书法(中国风格书法)第一人的北岛雪山就是他的学生。
在建筑雕塑艺术方面，宇治黄檗山万福寺和长崎唐三寺、各地黄檗宗寺，均由渡日中国僧人设计与监工建筑，并采用纯粹的明清建筑式样。宇治万福寺巍峨雄伟，可称得上日本建筑史上的一颗明珠。长崎崇福寺的三门据记载是在中国由工匠雕成后再运到日本装配起来的。供奉在黄檗宗各寺的佛像也大多出自中国雕塑师之手。如应隐元招聘渡日的福建泉州人范道生为万福寺雕塑的达摩等佛像被日本人视为国宝。黄檗山的十八罗汉像也具有典型的中国雕塑风格。1663年，隐元72岁寿诞时，诸弟子请范道生用西域木刻成隐元坐像，现存万福寺开山堂。还如福建漳州人方三官也雕了许多佛像，被誉为日本唐风佛工之祖，长崎福济寺法堂本尊观音像就是他的杰作。
中国明清画风也因隐元及其弟子的介绍传播到日本。黄檗僧人中画家林立，黄檗画风以人物画像为主。17世纪后半期到18世纪上半期，被称为黄檗画像的人物肖像画在长崎十分流行。这些画像侧重写真，脸部有明暗阴影，具有立体传神之妙，饶有西洋写实技法的意境，在日本绘画史上别开生面。
