从公元前1790年到公元前1600年左右，中王国遭到了外族喜克索斯人的入侵。喜克索斯人征服了大半个埃及，最后定都阿瓦利斯，建立了第十五王朝和第十六王朝。底比斯经历了第一次衰落。
从公元前2134年起，埃及第十一王朝法老孟苏好代布兴建底比斯作为都城，直到公元前27年，底比斯被一场大地震彻底摧毁时止，在2000多年的漫长岁月里，底比斯在古埃及的发展史上始终起着重要作用。
新王国时期的法老们再次选定底比斯作为埃及的宗教、政治中心。他们发动了一系列侵略战争，掠取了大量财富和战俘，并把底比斯建成为当时世界上最显赫宏伟的都城。他们在东底比斯为阿蒙神和他们自己建起了一座座壮观的神庙和宫殿。
底比斯是一座充满神奇色彩的古城，它的兴衰是整个古埃及兴衰的一个缩影。
但后世人对它感兴趣，不仅仅在于上述之处，还在于底比斯不仅是埃及法老们生前的都城，也是法老们死后的冥府。底比斯横跨尼罗河两岸，位于现今埃及首都开罗南面700多公里处，底比斯的右岸，也叫东岸，是当时古埃及的宗教、政治中心。底比斯的左岸，也叫西岸，是法老们死后的安息之地。
底比斯在埃及古王国时期，是一个并不出名也不很大的商道中心。通往西奈半岛和彭特的水路，通往努比亚的陆路，都要经过底比斯。底比斯的兴盛是跟阿蒙神联系在一起的。法老孟苏好代布把首都定在底比斯后，又将阿蒙神奉为“诸神之王”，成了全埃及最高的神，从此开始在底比斯为阿蒙神大兴土木。底比斯在古埃及历史上的重要地位就这样被奠定了下来。
第二十一王朝以后，随着底比斯统治集团内部矛盾的不断加剧，加上爱琴海和小亚细亚一带的“海上民族”的不断入侵，新王国日益衰落，底比斯也开始了自己的厄运。公元前663年左右，入侵埃及的亚述军队再次火烧、洗劫了底比斯。公元前27年，一场地震又使底比斯城里仅存的一些纪念性建筑物瞬息之间倾塌无遗。
在公元前14世纪中叶的古埃及新王国时期，尼罗河中游，曾经雄踞着一座当时世界上无与伦比的都城。这就是被古希腊大诗人荷马称为“百门之都”的底比斯。
埃及人在阿赫摩斯一世的率领下，又在底比斯建立了第十七王朝，并在公元前1580年左右攻占了阿瓦利斯城，把喜克索斯人赶出了埃及，开创了古埃及新王国时代。
到了公元前2000年左右，虽然第十二王朝的开创者门内姆哈特一世曾把首都从底比斯迁到孟斐斯附近的李斯特，但在底比斯仍然为阿蒙神继续兴建纪念性建造物。
到公元19世纪，只留下一堆废墟的底比斯，成了古墓盗劫者的乐园。在现今埃及的卢克索和卡纳克一带，人们还能见到底比斯遗址的一些断垣残壁。
但是，鉴于往昔兴建起来的金字塔陵墓太引人注目，虽然防范措施严密，还是未能逃脱盗墓者的侵袭。于是，法老们经过反复琢磨，决定不再建造巍然屹立的金字塔陵墓，而是把荒山作为天然金字塔，沿着山坡的侧面开凿地道，修建豪华的地下陵寝。在西底比斯一个不显眼却又盛产建筑材料石灰岩的山谷里，法老和权贵们为自己修造了一座座陵墓。这个山谷被后人称之为“国王之谷”。
