隋代对台湾的经营更为积极。据《隋书》记载，隋炀帝为“求访异俗”、“志求珍异”，曾先后三次派人招抚“流求”(即台湾)。第一次在公元607年(隋大业三年)，羽骑尉朱宽奉命考察流求，以海师何蛮为向导，因语言不通而归；次年，朱宽再次受命前往又未果；610年，再遣武贲郎将陈稜、朝请大夫张镇州率军万余人泛海前往，陈稜军曾深入岛内，后因同原住民部落首领发生冲突，打了一仗，胜后返回。现在台湾彰化市有一条街叫做“陈稜街”，就是为纪念当年陈稜大军进驻台湾而命名的。隋朝三次派人入台，虽然都未能达到预期目的，但使大陆人民对台湾的了解又较前大大深入了一步。这可从《隋书·流求传》对台湾风物及原住民社会生活的翔实描述中得到印证。在福州福卢山(今福建省福清县龙田西北)，直到明代万历年间还居住着当年被陈棱大军从台湾带回大陆的原住民后裔5000户(何乔远：《闽书》)。
事实正是这样，在荷兰统治的38年间，台湾人民不断起来反抗斗争，较大规模的暴动不下二三十起。荷兰殖民者实行惨无人道的镇压政策。《台湾县志》记载，仅1652年(清顺治九年)9月间发生在赤嵌的郭怀一起义失败后，被屠杀的汉人就达1800余人，约占当时赤嵌地区人口的4/5。
由于北方少数民族的入侵和南方经济文化的不断开拓发展，北宋以后，大陆的经济重心不断南移，南方人口逐渐超过北方，特别是福建南部得到开发，从而为台湾和澎湖地区的移垦创造了必要的前提条件。
到了明代，大陆与台、澎地区的关系益加密不可分，台湾本岛的开发加速。当明代中期葡萄牙商船途经台湾海峡，惊叹台湾为“福摩萨”(美丽岛)时，台湾西海岸的嘉南平原上已是田畴密布、炊烟袅袅，一派生机勃勃的兴旺景象了。
显然，大陆汉人移垦台湾到明代已成为一股不可阻遏的历史潮流，如果不是由于受到种种人为因素的干扰，这股潮流本来会以更加迅猛的速度向前推进。
荷兰殖民者也试图引诱汉人入教，然而汉人对于“耶稣”、《圣经》并无多大兴趣。原因很简单：这些来自闽、粤各地的汉人民族意识和家乡观念十分强烈，当他们背井离乡、渡海来台时，各自都带有祖籍的“守护神”，并不需要什么西方的“上帝”来保佑他们。早期的汉族移民，虽然尚未建立起自己的教育机构，但中原文化之根早已深深地扎在他们的心底，殖民压迫的结果，只能引起激烈的反抗。
大陆与台湾的关系有一个逐渐密切的历史发展过程。据前、后《汉书》记载，海外有个叫“东鯷”的地方，“分为二十余国”(应是“部落”)，常有人到会稽(现江浙一带)来做买卖。大多数学者认为，从其记叙的方位和情况看，所谓“东鯷”就是台湾。可见，起码远在汉代，大陆汉人就已经开始与台湾原住民有了正式的交往了。
为巩固统治，荷兰殖民者在台湾实行“奴化”教育，其重点放在“驯化”土著居民，企图利用他们来对付经济文化发展水平较高的汉族移民。他们在各地修筑教堂，派遣大批经过训练的传教士到各番社传教。此外，他们还开办“小学”，用荷语、荷文和《圣经》以及用“罗马字番语”译写的《耶教问答》、《摩西十诫》等作为教材教授“番童”，几年间，“前后学生计有六百人”(连横：《台湾通史·教育志》)。
大陆汉人移居台湾本岛仍以闽南渔民为先驱。他们先是在渔汛期间登上台湾西海岸逗留一段时间，稍事休息，随后便择地慢慢定居下来，渐成十几户或几十户的小渔村。台湾西海岸地势平坦，土壤肥沃，河流密布，气候温暖，发展农业生产的自然条件较之澎湖更为优越。久而久之，移居来台的渔民有不少改为半渔半农，甚或完全弃渔垦荒，建立起第一批汉人的村庄。随着时间的推移，移居台湾的大陆汉人日渐增多，当时，台湾原住民尚处在“以石为刃”的原始社会阶段，汉人的大量移入，把大陆较为先进的生产方式和生活、风俗习惯、语言文字、宗教信仰、民间技艺等等带到了台湾。有一些汉人和土著居民通婚，向他们传授生产技术和文化知识。由此，开始了汉族移民与土著民族之间的融化过程，大陆汉文化开始在宝岛台湾萌发和传播。
荷兰殖民者对台湾人民实行野蛮的奴役政策。他们把汉民辛辛苦苦开垦的田地统统收归“国有”，称为“王田”，强迫农民缴纳地租，服劳役。向各族人民征收繁重的捐税，从台湾掠夺走大量财富。每年仅运出的鹿皮就将近20万张，砂糖150万斤，至于其他物资和金钱更难以数计。
明代防务，始终把重心放在防范北方边疆少数民族的入侵(前期是蒙古族，后期是满族)，对于东南海防不很重视。明王朝一改宋、元时期积极经营台湾的政策，视台湾为“弃地”，不闻不问，甚至曾一度下令裁撤澎湖巡检司，强迫居民迁入内地，严禁沿海人民制造海船“交通外蕃，私易货物”。从明初开始，这种愚蠢的“海禁政策”实行了200年之久，直到16世纪中叶才被迫废除。这不仅给大陆人民移垦台湾设置了重重障碍，而且给外敌入侵大开方便之门。于是从16世纪初叶开始，我国东南沿海一带海盗猖獗、倭寇横行，日本、西班牙、荷兰等国的侵略势力相继扩张到台、澎地区，并展开剧烈的角逐，使东南沿海人民遭受了空前的苦难和浩劫。1624年(明天启四年)，荷兰侵略者占据台湾。自此，台湾被荷兰殖民者统治了整整38年。
澎湖位于台湾海峡的中间地带，是大陆汉人移居台湾的第一站。最先移居澎湖的是闽南沿海一带的渔民。起初，他们只是经常到那里躲避风雨，补充淡水、柴薪，修理渔具，偶作停留。后来去得多了，有人就在岸上临时搭起一些简陋的草寮，作为暂居之所。再后，有些渔民干脆举家迁来，开荒种地，饲养牲畜，修筑房屋，定居下来，渐渐形成村落，成为澎湖诸岛上的第一批汉族移民。
澎湖与台湾西海岸仅隔一条宽约25海里的水道，“烟火相望”，“鸡犬之声相闻”。澎湖开发后，为大陆汉人横渡台湾海峡，进一步与岛内土著居民来往接触以至移垦台湾本岛、传播汉族文化，提供了更加便利的条件。
不过，大陆汉人经营台湾最早还得从三国时算起。公元230年(吴国黄龙二年)，孙权为开拓疆土，谋求发展贸易，派将军卫温、诸葛直率甲士万人渡海到“夷洲”(即台湾)，历时一年之久，曾带回当地居民数千人。这是有史以来大陆汉人第一次大规模地与台湾发生接触，对于丰富大陆人民对台湾的知识、促进海峡两岸关系的发展，是有积极意义的。这从公元3世纪中期，吴人沈莹作《临海水土志》，首次较为详细具体地记叙了夷洲的地理位置、气候特点和原住民的生产、生活情况，便可得到证明。
宋王朝开始注意到民间开发澎湖的趋势。另外，随着航海技术的进步，通过海路与外界的联系日趋频繁，澎湖在发展对外贸易上的地位日渐重要，北宋政权开始派兵戍守澎湖，但只是“春季遣戍”而“秋暮始归”，属于季节性的戍守。直至公元1171年，即南宋孝宗乾道七年，泉州知府汪大猷派水军造屋200间屯守澎湖，并把澎湖划入泉州府辖下“编户”管辖，(周必大：《文忠集·汪大猷神道碑》)，这是大陆封建政权首次在澎湖地区常年驻军，进行有效统治。自此，台、澎地区开始正式纳入中国封建王朝的势力范围。
荷兰殖民者的大肆掠夺和血腥统治，极大地破坏了台湾的生产力，使台湾经济文化的开发速度大大迟缓了下来。
台湾原住民与大陆汉民族的直接接触究竟始于何时？大陆汉人经营台湾、汉文化的移入最早是什么时候？而台湾又是何时正式划归我国版图的呢？
元代中西交通大开，航运日益频繁，作为海上交通要冲的澎、台，愈加受到大陆封建政权的重视。公元1290年(元世祖至元二十七年)前后，元政府在澎湖设“巡检司”，管辖澎湖、台湾等岛屿，隶属于泉州路的同安县。这是大陆封建政权第一次在澎湖地区建立行政机构。至元中，定居澎湖的汉人已有200户，大德元年有1600余居民，“巨细相间，坡垅相望”(汪大渊：《岛夷志略》)，每年到泉州从事贸易的商船达数十艘。
移居台湾的汉人愈来愈多，“赴之如归市”，他们与当地土著居民一起，胼手胝足，辛勤拓垦。与此同时，往来于海峡两岸的渔商之多，“为前所未见”，笨港、鸡笼(今基隆)成为闽台间彼此互市和通航的重要港口。
在大陆汉人初垦台湾的过程中，闽人颜思齐、郑芝龙(郑成功之父)的功绩尤著。1621年(明天启元年)，颜思齐率众赴台，在笨港(今北港)登陆，筑寨屯垦，镇抚番社，闽南漳、泉一带百姓闻风归附。颜思齐后因入山打猎而病卒，部下郑芝龙继承他的事业。1630年(明崇祯三年)前后，闽南连年大旱，颗粒无收，芝龙“招饥民数万人”，用海舶载往台湾，令其开荒自给，每人给银三两、三人给牛一头，所需种子、农具等全部由他贷给，“秋成所获，倍于中土”，“衣食之余，纳租郑氏”(黄宗羲：《赐姓始末》)。这是台湾历史上第一次大规模有组织地移民台湾。大陆的封建生产关系开始在台湾的局部地区推行。
