南河有很长的航道属河湖不分，即以自然湖泊为航道，漕船穿湖航行。但是，湖大、风急、浪高，常有舟船覆没。为防止湖浪翻船，起初，明朝在宝应老人柏丛桂的建议下，决定修建护船湖堤，另穿航道。较早的一次工程实施于洪武九年(公元1376年)，当时发淮扬丁夫五万，“筑高邮湖堤二十余里，开宝应倚湖直渠四十里，筑堤护之。”(《明史·河渠志三》)既在高邮湖中筑堤防浪，保护粮船从堤旁通航；又在宝应湖旁开渠，并在湖渠之间筑堤护渠。宣德年间(公元1426—1435年)，陈瑄主持河运工程时，又把这项工程扩展到白马、氾光等湖(图4)。
在较好地解决河运连接问题的同时，陈瑄也比较妥善地处理了江运间的通航问题。本来运河只有一口入江，后来，由于长江北岸泥沙的堆积，旧口渐淤，只好又开新口。到明朝，实际上形成了多个通江运口，如仪真(今仪征)运口、瓜洲运口、白塔河口、北新河口等。江运间多口相通，虽有维修工作繁重、容易泄水等缺陷，但优点也不少。一是当时运河已颇繁忙，过往舟船很多，多口出入可以避免拥挤。二是各地来船可以就近入运，既缩短运道，又减少江上风险。如从长江中上游来船，可进最西面的仪真运口；从太湖流域取道镇江北上的漕船，可入瓜洲运口，来自太湖流域取道孟渎或德胜新河的粮船，渡江便可进入白塔河和北新河。陈瑄等对于这些运口，基本上都加以治理，如疏浚港道，建筑水坝和闸门等。在运口修建闸门，工程比较复杂，但它便于舟船进出；在长江水位下降时，可以关闸防止运河水量流失；在长江涌潮水位提高时，可以开闸引水。
除南北两端外，明朝对南河的河道，也进行大规模的整治，主要的工程是建湖堤、穿月河等，逐步使湖运分离。
这种护运湖堤为砖土结构，抗御风浪的性能较差，虽有保护漕船的作用，但其本身极易被风浪摧毁，维修任务十分繁重。为了改变这种情况，于是弘治年间(公元1488—1505年)，在户部侍郎白昂主持下，复河(月河或越河)工程开始修建。他主持穿凿的这条复河叫康济河，长40里，西距高邮湖数里，在旧渠之东，引湖水为水源。由于离湖较远，风浪不及，比较安全。继白昂之后，万历十三年(公元1585年)，采纳总漕都御史李世达建议，又在宝应湖东穿弘济月河，长1700余丈。接着刘东星也在万历二十八年(公元1600年)，在邵伯、界首两湖的东面，分别凿成邵伯月河和界首月河。前者长18里，宽18丈多，后者长12里多。经过这一系列工程，南河航道，基本上摆脱了湖浪的威胁。
自元朝到明初，这段运河都在淮安城北与河淮合槽连接。平时运河水位高，黄河水位低，运河水量容易流失。黄河汛期，水位黄河高运河低，黄河的洪水和泥沙，又容易冲积运河河道。明朝初年，当陈瑄继宋礼负责治理河运时，在河运交接处，并排修建以仁、义、礼、智、信命名的五坝，以防止运河水量流失和黄河洪沙涌入。当时所以建坝五座，旨在便于舟船分散盘坝，以减少等候时间。以后，又因盘坝毕竟费工、费时，陈瑄又在当地故老指点下，重开宋朝沙河故道，并在道上每隔10里左右修一闸门，共修五闸。舟楫进出河运，改走此道，舟来开闸，船去立即关闭，既便捷，又无运河水量流失、黄河洪沙内灌的问题。
图4 江淮间南河的治理从春秋末年起，江、淮之间一直有运河沟通。这条运河南起今日扬州市，北到今日清江市。它在历史上曾相继被称为邗沟、中渎水、山阳渎、扬楚运河、淮扬运河、淮南河等，明朝称南河。由于它也是南粮北运的必经孔道，而又存在着许多问题，所以也是明清时期治理的主要对象之一。
