其次，建文新政所得罪的至少包括这样两部分人，其一是众亲王，建文帝的削藩政策使他们的权益地位受到极大损害，有的亲王甚至罹于削爵杀身之祸。其二是众多的武将，因为文臣地位的提高势必使他们的权益受到抑制。这两部分人对建文新政的不满是必然的。
首先，建文新政是在一定程度上对洪武政治的否定，它必然会得罪于洪武时期的既得利益集团。这个集团必然会反对它，并竭力维护洪武的政治传统不受损害，凡已变更的，均需恢复旧制。
建文帝是儒家思想的忠实信徒，“所好读书及古典文章”。即位以后，他锐意文治，“日与方孝儒辈论周官法度”，一心恢复二帝三王之治。虽然历代最高统治者都喜欢用此标榜自己，但建文帝是个天真的政治家，其言不似出于权术和欺骗。这可能是他失败的重要原因。由于史籍残缺，我们不妨从他的主要谋臣方孝孺的言论中考察一下他的思想。
与此同时，建文朝在地方上进行了省州并县，精简机构。建文帝的这一措施，是针对洪武时的官冗政繁而采取的。早在洪武末，有识之士已建议朱元璋要“省冗官，减细县”。据《建文朝野汇编》等书所载进行粗略统计，几年间撤销的县有三十九个，州九个和一批县的同知、吏目、推官、知事、丞簿等。还撤销了巡检司七十三个，河泊所四十九个，递运所十五个，水马驿四十八个，税课局一百零九个，税课司四十一个和一些道纪司、道会司、道正司、僧会司、道会所、僧纲道纪司、盐课局、盐课司、茶课司、批验盐引所、闸，省去府州县学训导一百零四个暨其他一些官吏，只有个别零星的增设。值得注意的是，所撤消的多与税收有关，而增设机构中，只有一个河泊所。大量的税课局、河泊所等机构的撤销，无疑会减轻人民的负担，有利于经济发展。明人朱鹭说：“(建文)四年之间，今日省州，明日省县；今日并卫，明日并所；今日更官制，明日更勋阶；宫门殿门名题日新，虽以干戈倥偬日不暇给而曾不少休，一何扰也！”“是正学(方孝孺)之过也。然在后世，民残于多牧，禄糜于冗员，重以中官出使，道路绎骚，则汰官、省邑二事，固亦有足采者。未可谓建文时政，毕竟非也”。话虽不甚到家，却是有道理的。
靖难前后文武阵营的划分是很清楚的。
要透视靖难之役，还应该从建文政治说起。建文君臣所推行的是一套与洪武截然不同的政策，他们变更祖法实行新政的思想是极为明确的。建文皇帝所倚重的大臣兵部尚书齐泰说：“《皇明祖训》不会说话，只是用新法便。”这显示他们对祖宗旧制的蔑视和实行变法的决心。
改官制，终建文四年一直没有间断。有些官制的改变无关紧要，意义不大，或仅仅改变了名称。但有些改变，则是深有用意的。朱元璋升六部秩，而六部尚书仅二品，这是除宗人府官和公孤傅保以外文臣的最高品级，其目的是压抑大臣，以保证纲纪政令一出于天子，“天子之威福无下移”。他所需要的是封建帝王的家奴，这些家奴可由皇帝任意处置，从罢黜直到廷杖至死。朱元璋所开创的廷杖，使大臣的身心遭到肆意的摧残和污辱。所谓“血溅玉阶，肉飞金陛”，“君之视臣如狗彘”。史仲彬、楼琏曾以“安静祖法”为言，反对改官制。建文帝在楼琏的奏疏上批道：“此正所谓知其一未知其二者。六卿果可低于五府耶？祭酒犹在太仆下耶？假令皇祖而在，必当以更定为是。群臣勿复言。”他不满于六部尚书低于五府官，祭酒反低于皇帝的养马官，至少要他们地位相等。这一方面提高了文臣的地位，另一方面也显示他无意把权力控制得太死。他倚重大臣，放手让他们去做事，尊重他们的地位，这与朱元璋的极端专制主义是大相径庭的。朱棣在致李景隆书中曾说：“祖训云，罢丞相，设五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分理天下庶务，彼此颉颃，不敢相压，事皆朝廷总之，所以稳当。以后子孙做皇帝时，不许立丞相。有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。今虽不立丞相，欲将六部官增崇极品，掌天下军马钱粮，总揽庶务，虽不立一丞相，反有六丞相也。天下之人，但知有尚书齐泰等，不知朝廷。”这段话生动地说明了建文改制的情况和建文帝与朱元璋、朱棣对待大臣的不同态度。
燕军进入南京，迎降的文臣不过“凡百若而人”。除大批人死难外，在任而“遁去者，达四百六十三人”。地方官，仅北平所属郡县，“望风而解组者”就有“二百九十有一人”之多。他们拒绝与朱棣合作。许多人慷慨就戮，在极端野蛮的酷刑下毫无惧色，方孝孺甚至置杀十族的威胁而不顾。为什么呢？用就义者自己的话说，是“两间正气归泉壤，一点丹心在帝乡”。除了要尽那点君臣节义外，主要的就是他们有自己的政治理想和主张。他们宁肯为建文新政殉身，也不愿再回到洪武式的暴政之下去。在朱元璋的暴政之下，“一不当则斥，一得罪则诛。盖霜雪之用多，而摧残之意亦甚不少”。建文帝则“专一煦以阳春”。朱鹭在《过金陵吊方正学诸臣》诗中说：“四年宽政解严霜，天命虽新故忍忘？自分一腔忠血少，尽将赤族报君王。”多少道出了他们怀念阳春，甘为建文新政殉身的心情。“吾徒虽死终无憾，望采民艰达圣明”。他们还企图以自己的死，唤起执政者对百姓的同情。
那么，就让我们来透视靖难之役。
洪武初，朱元璋曾说：“水弱民狎而玩之，故多死也。盖法严则人知惧，惧则犯者少，故能保全民命。法宽则人慢，慢则犯者众，民命反不能保，故守成者不可轻改祖法。”因而，洪武时的情况是“用刑太繁”甚至“无一日无过之人”。后来，他虽说过“刑罚世轻世重”的话，但他的根本思想并未改变。洪武三十年(1397年)，申刑法画一之制，“令子孙守之”，“群臣有稍议更改，即坐以变乱祖制之罪”。建文帝衡破旧规，实行宽刑，是需要有些勇气的。建文二年九月，建文帝下令“赦流放官员，录用子孙洪武中以过误逮及得罪者，皆征其子孙录用之”，“征洪武中功勋废误者子孙录用之”。因而，在建文朝的官僚队伍中，有不少人是在洪武中遭到贬黜放废的人。这种措施是对洪武政策的实际否定，是一种平反。
我们先来看看建文前后刑法的变化。
我们再来看看田赋。
江浙苏松地区赋税重于他地，人不得官户部，是朱元璋留下的问题。朱元璋在初取天下时，据说：“愤其城久不下，恶民之附寇(指张士诚)，且受困于富室而更为死守。因令取诸豪族租佃簿历付有司，俾如其数为定税。故苏赋特重，惩一时之弊。”“初，太祖宝天下官民田赋，凡官田亩税五升三合五勺，民田减二升，重租田八升五合五勺，没官田一斗二升”，而“浙西官、民田，视他方倍蓰，亩税有二三石者”。后虽稍有减免，但苏松等地的田赋仍远远高于他地。实际受害的当然是普通农民。限制苏松人在户部做官，则是戒于“浙江及苏松二府为财赋之地”，而“户部胥吏，尽浙东巨奸，窟穴其间，那移上下，尽出其手。且精于握算，视长官犹木偶”。江浙地区是明朝经济的重要支柱，朝廷害怕浙东人掌握财政大权造成威胁。这是一种歧视政策。它不仅给江浙农民带来祸害，而且不利于江南地区经济文化的发展。人民不堪其苦，就用逃亡和逋欠的方法加以抵制，使重赋往往成为无赋。因而建文帝均江浙田赋，不仅有利于国家，也使百姓得受其惠，确是一件德政。
都察院改为御史府，如前所述是宽刑省狱的结果，但也有一番寓意：“曩者，法吏执刑深刻，犯者滋众，先皇帝甚厌苦之，欲有所更革而未暇。今皇上以德养人，群生喜悦，讼者衰止，复古官名以修善政……自今居是府者，其敬承圣训，凡便于国、利于民者则言之，为民之蠹、为国之病者则去之。毋溺于私而枉其所守，毋慑于势而屈所当为。一以道辅佐天子，行德教，使黎民醇厚如三代时，斯不负建国图治之意。苟为不然……则是官之名虽更，而实之可厌苦者自若也，奚可哉！”可见，不仅改其名，而更着重于改其实。
将这两点归纳起来便知，靖难之役是以朱棣和亲王军人集团为一方，他们极力维护祖制；以朱允炆和文臣集团为一方，他们要推行新政。
第二，朱棣要推翻建文君臣，须要寻求依靠不满于建文新政的势力，而这正是诸亲王和众武将。
这样，我们再回过头来看靖难之役，便会得出如下结论，第一，朱棣发动靖难之役须要提出足以号召的政治口号，而这口号正是“恢复祖宗旧制”。他指责“朝中奸臣”变乱祖宗成法，声称“靖难”、“清君侧”正是以维护祖制为理论依据的。
建文帝看到了形势的变化，因而“归重左班”，着力提高知识分子的地位。他不仅升高六部尚书的品秩，让文臣分享较多的权力，而且大开科举，为知识分子进入政权开路。方孝孺说：“皇上嗣之，尊右文教，而士兢劝。”建文帝想建立一支推行其政治理想的队伍。他还诏举优通文学之士作为科举的补充。甚至下令“并卫所”，“诏军卫官举通经军士”，颇有点和武弁们为难。
建文帝受攻击最甚的莫过于变更祖法，更改官制了。
至于亲王，燕师南下谷王朱橞打开南京川门迎降自不待言，宁王朱权则是朱棣的直接合作者，虽然说是受了胁迫，但宁王的兵力毕竟全部加入了靖难军中，而且他们双方更有“事成当中分天下”之约。亲王们为自身利益投靠朱棣的事实更是无可辩驳。如此，怎么能说不存在亲王军人集团呢？
建文帝屡诏求言，并能责己纳谏。一次，建文帝“偶感微寒，视朝稍宴”，监察御史尹昌隆上言规谏。左右曰：“以疾谕之。”建文帝曰：“不可，直谏难闻。”于是下诏：“昌隆言中朕过，礼部可颁示天下，朕亦用自警。”又一次尹昌隆劾执政大臣曰：“奸臣专政，阴盛阳微。”执政恶之，故贬。建文帝曰“求直言以直弃之，人将不食吾余”，命复原官。甚至，有两个宫人在宫中殴哗，建文帝也以“一宫未齐”，“悱然感愧自责”。这种作风，与朱元璋相较，真有天渊之别。这样，建文帝把以监察各级官吏为主要职务的六科给事中改为左右拾遗，突出他们约束规谏皇帝的职能，就绝非仅出于“慕古改名”而已。出于同样原因，谨身殿改为正心殿，并建置省躬殿，置“古书圣训”其中，以“尚父所存丹书之旨，夏书所歌宫室声色之戒”自勉。
建文帝长于深宫，自小接受儒家教育。各书均记载他“仁柔”、“孝友”，这种品格反映在他的政治生活中，则与朱元璋的严刑酷法相反。“太祖春秋高，中外万机，尝付帝(建文)裁决。时尚严覈，帝济以宽大，于刑狱犹多减省，远近忻忻爱戴”。据说，朱元璋曾经以律授皇太孙，皇太孙“遍考经礼，参之历朝刑法志，改定七十三条，帝览竟，大喜曰：‘吾当乱世，刑不得不重。汝当平世，刑不得不轻。所谓刑罚世轻世重也’”。建文所改七十三条，内容如何，今已不可考。有人曾考证建文所改者是例而非律。不过由严改为宽，大概是确实的。
洪武末，江南僧道“多占腴田，蚕食百姓”。因此，建文帝对僧道占田也做出了限制。建文三年(1401年)七月，下令“每僧道一人各存田五亩，免其租税，以供香火费，馀田入官，均给平民”，也无疑是一桩爱民之举。
建文帝在即位诏中表示，要“诞布维新之政”，“德惟善政，政在养民”，“期致雍熙之盛”。接着他下了一道包括赦死罪、宽刑狱、蠲逋租、赈灾荒的诏书。每个皇帝上台，都照例要做一番冠冕堂皇的文章，而建文帝的诏书却不完全是例行公事，他确实想有一番作为。这年冬天，他又下诏赐明年田租之半。诏书说：“朕即位以来，大小之狱，务从宽省，独赋税未平，农民受困。其赐明年天下田租之半。”建文元年正月，又下养老诏，命官赎民鬻子。同年三月，诏均江浙田赋，人得官户部。诏书说：“江浙赋独重，而苏松准私租起税，特惩一时之顽民，岂可定则以重困一方？宜悉与减免，照各处起科，亩不得过一斗。田赋既均，苏松人仍任户部。”
建文帝所推行的种种措施，我们不妨称之为建文新政。这新政是以其政治理想为指导的。
明朝已是君主社会后期。洪武三十余年，经济得到了相当的发展，但社会矛盾还是不断尖锐化。仅《太祖洪武实录》记载，洪武一朝的农民起义就达一百八十余次之多。有鉴于此，方孝孺作为一个政治家，旨在以复古为口号为社会寻找出路，企图克服当时社会无法克服的矛盾。他斥王淑英反对复井田的话为“流俗人之常言”，就容易理解了。
方孝孺思想的可取之处，是在于发挥了孟子的民本思想。他说：“能均天下之谓君。”众人之所以要推选君主是为了“使人尽心于民事”。因此，“天之立君所以为民，非使其民奉乎君也”。他批评那些将君民关系倒置的后世之君：“知民之职在乎奉上，而不知君之职在乎养民。是以求于民者致其详而尽，于己者卒怠而不修。”进而指出：“如使立君而无益于民，则于君也何取哉！”270年后，被称作具有启蒙思想的清初大儒黄宗羲在新的历史条件下写作了光辉的《明夷待访录》。他在《原君》中激烈抨击了君主制，他说：“古者以天下为主，君为客，凡君之所毕世而经营者，为天下也。今也以君为主，天下为客，凡天下之无地而得安宁者，为君也。”他们之间，不仅仅是言辞相同而已。及黄宗羲作《明儒学案》，力排“以一死抹过先生苦心”者，首推方孝孺“以生民为虑，以王道为心”。他们的心，是有其相通之处的。
另外，朱元璋以武功得天下，重武轻文。勋戚多是统兵将帅，诸王也以能节制诸军而增加了自己的威权。相反，文臣地位甚低。他在用人上并不十分重视科举，而是进士、贡举、杂流三途并用，做官并不一定要读书。王世贞说：“国家初起重武，其于文事亦不数数焉，大要各以其途进”。朱元璋晚年对功臣的诛戮，并未触动武人的根本地位和种种特权。他杀的只是一些可能对皇帝构成威胁的高级将领。这种右武轻文的政策，是当时政治形势决定的。打江山靠军人，巩固江山也靠军人。但在经过三十余年的和平之后，这种政策需要改变了。
方孝儒同样是个天真的政治家。他甚至要在明朝恢复井田制。其目的在于“但使人人有田，田各有公，通力趋事，相救相恤”。他认为“富者益富，贫者益贫，二者皆乱之本也”，“使陈涉、韩信有一■之宅，一区之田，不仰于人，则且终身为南亩之民，何暇反乎”。他行仁义，复井田，企图避免贫富分化，消除祸乱之本，以达长治久安。显然这些主张在君主社会内是无法实现的。
前面我们已经分析了军人们不肯用心厮杀的原因，这里更可以看出朱棣等人是在用心争取这股势力。史籍记载“诸大将”又“多怀贰心，以故成祖至江上，不战而溃”。“将士往往离散不肯向敌”，卒至失国。明人朱鹭说：朱元璋“专意右武”，因而“左班不得望幸泽，而亦无长短可效，不过定制度、修诰章，竞奉上旨而已。及至建文皇帝，注思讲学，恬武竞文，缙绅亲而介胄疏。于是，翰院有锡谥，尚书登一品，四稔之间，气若移焉。而文臣莫不涌跃致身，趋死如归。其凛凛箸亢节者，无虑弥百数，盖振古一创见。而武臣率怀携贰，叛附接踵，其临阵生心，甘心虏缚者，多至千人，皆身为将帅都督指挥者也”。他感叹道，“两朝相及，曾不甚辽，一何文武离合之异也”！
建文即位，继续实行了宽刑的方针。他说：大明律“较前代律往往加重。盖刑乱国用重典，非百世通行之法也。……律设大法，礼顺人情，齐民以刑不若以礼。其传谕天下有司，务崇礼教，赦疑狱，嘉与万方，共享和平之福。”这样做的结果是“罪至死者，多全活之。于是刑部、都察院论囚，视往岁减三之二，人皆重于犯法”。因此，建文二年(1400年)诏曰：“顷以诉状繁，易御史台号都察院，与刑部治庶狱。今赖宗庙神灵，断狱颇简，其更都察院仍汉制御史府，专以纠贪残，举循良，匡政事，宣教化为职省。”这一机构的改变是刑狱减少的结果。
一个好端端的江山，为什么发生了四年的战争？一个承平天子为什么被赶下了台？除了战争双方的个性不同，能力悬殊，用人各异之外，还有没有别的原因？不少论者都把靖难之役看做是皇室内的夺权斗争，并没有深刻的社会原因。但在仔细分析靖难前后的史籍之后，不禁对这种说法提出怀疑。尽管由于永乐年间的禁毁，我们所得到的往往只是蛛丝马迹，而将这些蛛丝马迹悉心串联起来之后，我们就发现了一个非常广阔的背景。这不仅使我们能对“靖难”前后的政治变迁做出更深刻的判断，而且也使我们对建文帝和永乐帝的评价更为准确。
所以，可以说，建文与永乐之间的斗争，是革新与守旧之间的斗争，是争取实行开明政治的皇帝文人集团与保守的亲王军人集团之间的斗争。一方要保持和扩大自己的既得利益，反对改制，另一方则希望较多地参与政权，变更旧制，推行新政。这就是这场斗争的实质。
这些情况，如何帮助我们透视靖难之役呢？
朱元璋为控制中央大权对政治制度做了多次调整。洪武十三年(1380年)，他罢中书省，废丞相，升六部秩以分相权，“事皆朝廷总之”。朱元璋戒谕子孙：“以后子孙做皇帝时，并不许立丞相。臣下敢有奏请设立者，文武群臣即时劾奏，将犯人凌迟，全家处死。”建文帝不顾祖训严禁，以齐泰为左丞相，黄子澄为右丞相，“阃外事一以付泰”。这在维护旧制，视祖训为神物者看来，自然是大逆不道了。朱棣提出“悉复皇考之旧”，“纲纪政令一出于天子”。这不仅是为借助于保守势力，使篡权师出有名，也是为了维护专制主义皇权。
方孝孺的思想与朱元璋的极端专制主义很难相容。朱元璋认为“趋事执役以奉上者，庶民之事也”，“田赋力役出以供上者，乃其分也”。不然则“国法不容”，“天道不容”。那么，他不满于方孝孺，说：“斯人何傲！”并贬其为蜀王府教授就容易理解了。
这一结论完全可以用靖难之役前后的历史事实来证明。建文新政已如上所言。“复旧”的口号也明白地写在朱棣给朝廷的上书和他起兵的檄文中。地位受到威胁的军人们聚集在“恢复旧制”和“诛左班文臣”的旗帜下，公开叛附燕王或徘徊观望，成为朱棣所依靠的中坚力量。《罪惟录》记载：
建文新政是一部“未完成交响曲”。由于戎马倥偬，时间短促，以及新政缺乏全面的、更有力的措施，这些天真的政治家没有赢得更广泛的社会力量的支持。一个靠左班文人支持的“仁柔”皇帝，在强大的亲王军人集团面前很快就被打垮了。
建文新政给社会带来一定好处，因此明人有“四载宽政解严霜”之誉。他的“仁声义闻”甚至远播西域、朝鲜，直到抗日战争时期，“大理民家仍有以惠帝(建文)为鼻祖者”。中原地区关于建文帝的传说更多：“父老尝言，建文四年之中，值太祖朝纪法修明之后，朝廷又一切以惇大行之，治化几等于三代。时士大夫崇尚礼义，百姓乐利而重犯法。家给人足，外户不阖，有得遗钞于地置屋檐而去者。及燕师至日，哭声震天，而诸臣或死或遁，几空朝署。盖自古不幸失国之君未有得臣民之心若此者矣。”这些记载和传说，足以与建文新政相印证。
燕王初作难，苦无以为名，托云清君侧，不足以勇士怒，及两胜后，凡从耿(炳文)、李(景隆)北征阵亡士卒，让皇(建文帝)有诏；“这孩儿每不肯用心厮杀，以致败衊，子孙勾补入。”茹■以劝大宗(朱棣)，借此示恩，曰：“自古死王事，未闻反以蒙罚，谕俱复其父职，死亦免其徭。”
洪武时，王府官的地位更低。他们不过是亲王的家庭教师和办事员。建文帝增设王府官，规定宾友教授进对侍坐称名不称臣，见礼如宾师。方孝孺说：诸藩“尊崇之极，而骄泰易滋，左右之臣位下势卑，不能矫其失”，“天子慨然为深长之思，增立辅臣，重其职任，俾咸知尊贤取友，以成令德”。限制宗藩骄泰，提高文臣地位，相辅相成。
