自1860年《中法北京条约》规定“还堂”以来，天主教传教士在各地妄指庙宇、会馆、官衙和民宅为旧置教产，逼令归还。同时利用“租买田地，建造自便”的特权，霸占公产，强买民田，硬立契约，逼令捐献，致使交涉案件不断发生。西方传教士在各地传教时，以战胜者自居，干预地方政事，藐视地方官员，包揽诉讼，从人命案件到民间纠纷无不插手。少数教民依仗教会势力，横行乡里，甚至挟制官府，欺凌孤弱，泄忿报怨，因而民教争殴趋于激烈。民教纠纷一起，外国领事、传教士则不问是非曲直，一意曲庇教民、教士，即使有干清律，也百般为之开脱。清朝官吏不敢得罪洋人，总是袒教抑民。“遇有民教争斗，平民恒曲，教民恒胜。教民势焰愈横，平民愤郁愈甚。”英国记者宓〔mi密〕克曾指出：“传教一事，其谋始不臧，在以兵力强之使从，致中国国家，惭其臣庶。复因立约保教，此事愈为怨怒之媒，而耶稣教门，遂为举国所愤毒。”
巴黎外方传教会川东主教范若瑟，在重庆强拆寺庙会馆，霸占民房，修建教堂，该教堂在1863年被群众捣毁。范若瑟利用重庆教案，索取在川东境内广建教堂的权利。传教士在酉阳等地组织教民武装，横行乡里，欺压民众。1865年，在酉阳富绅张佩超等人支持下，刘胜超率众拆毁天主教公信堂(公馆)，土家族头人冉从之殴毙法国传教士玛弼乐，彭水、酆〔feng风〕都等地起而呼应。1868年，酉阳教民欺凌非教百姓，逼勒退婚，抢掠家财，烧毁民房，激起民愤。团民何彩率众焚毁教堂，杀死法国传教士李国及教民39人，团民亦死伤68人。天主教中国教士覃辅臣乘民团解散之机，指挥教堂武装枪杀民众145人，打伤700余人，并纵火烧毁民房。在此期间，贵州遵义、永宁，台湾凤山，江苏扬州，安徽安庆，湖北天门，福建福州、漳浦、罗源，广东雷州，江西贵溪、定南厅、庐陵，直隶永年等地都发生反教毁堂事件。全国反洋教情绪日益高涨，1870年终于爆发了震动中外的天津教案。
长江中下游的反洋教浪潮一直波及中国北部。1891年11月，热河朝阳金丹道会首杨悦春等人发动武装起义，在理教首领郭万湻〔chun唇〕率众响应，起义者在“旬月之间，由数千聚至数万”，其中不少人来自江南各地。起义军所到之处焚堂灭教，横扫朝阳、平泉、建昌、赤峰四州县教会势力，其影响波及开平、滦州、迁安、永平和锦州。最后在清军残酷镇压下失败。
1880年后，由于法国入侵东南沿海和西南边陲，反洋教浪潮再次高涨。广东清远、花县、大埔，福建福安、诏安，山东济南，广西南宁、梧州，贵州普安厅，乃至黑龙江呼兰均有教案发生。1881年四川三岩群众杀死天主教神父梅玉林。1883年云南浪穹县团民围攻教堂，击毙“无恶不作”的法国教士张若望及教徒数人。平素受教会欺压的永平县乡民也“群起报复”。福建龙岩士绅拟订条规，严禁“交通外匪，趋入异端邪教”。民众则以“平夷灭番局”名义贴出告示：“有能得番首者赏银二百两。”1884年，法军进攻基隆，偷袭马江，台湾民心激愤，七座教堂被毁。“粤东义民，视凡法人，皆若仇敌。几欲尽与教士商民为难，即教民亦不使片刻在境。”广州北门外陶金坑天主教堂及法国领事、教士的坟墓全被捣毁。尽管清政府颁发保护各国“官商教民”的诏谕，但仍无济于事。广东、贵州、四川数十县教堂会所被毁，教士、教民多被驱逐出境。江苏扬州东乡、浙江温州西街等地外国教堂也在一夜之间焚毁殆尽。
在这种背景下，自1856年西林教案至1899年肥城教案，历40余载，几乎年年有教案，处处有教案，在全国形成由各阶层人民参加的反洋教运动。整个运动，可按其发展过程大体分为三个阶段。
第一阶段从1856年西林教案起，至1870年天津教案止。鸦片战争后签订的不平等条约规定，外国人可在五个通商口岸“建堂礼拜，断不越界传教”。可是，传教士违约非法潜入内地，引起民教纠纷，如福州黄竹岐(1848年)、江苏青浦(1848年)、浙江定海(1851年)、江西南昌、鄱阳(1855年)都发生了民教冲突，而以西林教案影响较大。1853年，法国巴黎外方传教会教士马赖由香港潜入贵州活动，1855年又到广西西林“纠伙拜会”，引起地方官员的恐惧。两广总督叶名琛奏称：“连年倡乱，蔓延数省，即由广西上帝会而起，上帝会乃天主教之别名。”1856年，新任西林县知县张鸣凤根据村民呈控，逮捕马赖及教徒25人，并将马赖和两名教徒处死。法国政府以此为借口，与英国联合挑起第二次鸦片战争，迫使清政府签订《中英天津条约》和《中英北京条约》。其中包括将西林知县张鸣凤革职，永不叙用；外国传教士可以自由进入内地传教；归还天主堂、学堂、坟茔、田土、房廊等以前没收的教产。西林教案始开列强以武力保护传教并攫取中国其他权益的先例。
基督教与伊斯兰教、犹太教不同，后者早期来华以移民为主，组成自治的小社团，并不对外传教，而基督教来华的传教士，以传教为目的，因而与中国传统的思想、信仰、风俗、习惯直接发生冲突。明末清初利玛窦等人来华传教，曾极力调和基督教教义与儒学的矛盾，迎合统治者和士大夫阶层，以打开传教的局面。迄至黄贞、沈(氵隺)等人的反天主教论著出现，驱教呼声日渐向民间扩散。那种维护儒学正统，抵制西方“邪教”传播的舆论和行动，也非教义儒学化所能抵御。明朝万历年间的南京教案，清朝康、雍、乾、嘉朝的数次大教案，就是这种冲突的表现。基督教新教的传入，以西方列强的侵华活动为背景。鸦片战争以后，西方列强一再用炮舰侵犯中国领土，妄图瓜分中国。各国的传教士则仗着不平等条约的庇护，以炮舰为后盾，带着政治、经济、军事的目的，纷至沓来，形成大规模传教运动。传教士深入内地，无视中国法律而任意行事，教堂建至穷乡僻壤，扬言要用基督教征服中国。封建官绅担心基督教的传播会引起“人心大变”，从而打乱现有的统治秩序，因此他们多把基督教斥为异端邪教，极力维护封建礼教对人民群众的精神统治。传教士则企图改变中国传统礼俗，反对敬祖、祀天，诋毁深入群众生活的佛教和道教，干涉民间的迎神赛会等旧俗，经常引起民教冲突。当西方列强加剧侵略活动时，外国传教士的活动引起各阶层的不安和愤恨，地方官绅积极发动和组织的反洋教斗争，许多下层群众也积极参与。
这一阶段的反洋教斗争大多由传教士恃仗外国侵略势力，横行不法激起的。核心事件是借“还堂”而强买、侵夺房地产，或包揽词讼，侵犯中国司法权。地方官吏和士绅，或公开号召，或暗中指挥，发动民众打教毁堂，主要矛头针对法国的天主教势力。清政府开始态度暧昧，交涉时颇费踌躇，但在外国侵略者的压力下，妥协让步，“杀民以谢敌”。
这一阶段的反洋教斗争，由于列强瓜分中国的危机日趋严重，人民群众的爱国热情高涨，参加人数愈来愈多，民间秘密会党成为反洋教斗争的主体，因而斗争比以前更加激烈、更为广泛，出现了由会党领导的有组织有计划的武装斗争。清政府采取扶教抑民政策，同帝国主义一起残酷镇压中国人民。1898年3月，清政府颁布《地方官接待教士章程》，竟承认主教相当于督抚，副主教、会长相当于司道，传教士相当于州县的政治地位。因此，民教矛盾愈趋尖锐，人民自发的反帝爱国情绪不断高涨。在义和拳、大刀会等组织和发动的反洋教斗争的基础上，1900年终于爆发了大规模的义和团运动。
贵州反天主教的斗争迅速波及湖南、江西、四川等省。1862年，湖南士绅公议，凡“有畀〔bi币〕屋居住者，火之；有容留诡奇者，执之；有习其教者，宗族不齿，子弟永远不准应试”。又发布合省公檄，号召驱逐天主教士。檄文传入江西，法国遣使会传教士罗安当正在南昌索赔教产，并强令地方官张贴传教布告。齐集在省城考试的生童，联合前翰林院检讨夏廷榘〔ju举〕、在籍甘肃臬司刘于浔等，连夜赶印湖南公檄数万份，贴遍省城内外通衢，并发布行动的揭帖。于是，江西南昌、湖南湘潭、衡阳、清泉、衡州等地教堂、育婴堂、教士和教民房屋多处被毁。
1893年，湖北麻城宋埠民众反对瑞典新教行道会，杀死教士梅宝善和乐传道。次年8月，吉林练军路过辽阳时捣毁苏格兰长老会教堂，教士李雅谷被殴重伤致死。1895年4月，成都出现揭帖，对英、美帮助日本侵略中国表示愤慨。5月28日端午掷果会上，传教士竟将与之发生口角的儿童抓进教堂，从而激起暴动，教士住宅及教会医馆当夜被焚。次日又焚毁美国美以美会、英国内地会、法国天主教教堂三所，育婴堂和医馆各一所，打伤法国主教杜昂。川西、川南数十州、厅、县相继发生打教事件。美、英、法三国军舰游弋长江，“各国公使联衔抗议”。清政府再次屈从，将四川总督刘秉璋，候补道周振琼，成都知府唐承烈，华阳、乐山、灌县、大邑、冕宁、新津等县知县全部革职，六人被杀，17人受充军、流放、枷刑和杖刑的处罚。刘秉璋是教案中被革职的最高官员。
从长江流域反洋教斗争后至义和团运动爆发止，为第三阶段。会党领导的反教暴动使清政府感到自危。他们一面屡出告示严禁会党活动，动辄实行武力镇压；一面也想变通方法，约束教士和教民。1892年5月，直隶总督李鸿章提出《论变通教务》和《酌拟教堂禁约十条》，内容包括：禁止教士诋毁儒教；中国官员按季查看教堂并看望所收婴孩；教堂按月报告收养及病故婴孩人数；教堂只收养12岁以下幼童；教堂照约由地方官员税契，并登记所在地，报明地方存案，教堂停止滥收莠民和被拐骗者；教民诉讼，教士不得包庇；教士须约束教民；由教皇派遣大主教驻北直隶与地方官员直接商办教务事宜，不用法国照料保护。但在帝国主义加紧瓜分中国的时候，清政府自顾不暇，所拟“禁约”根本无法实施。各地的反洋教斗争却在民族存亡的严重关头迅猛发展起来。
中法战争后，长江流域反洋教浪潮进一步高涨。1886年，重庆武童拆毁美以美会医院和学堂，接着士民纷纷行动，“集团四处打教”，焚毁英国内地会房屋、法国教堂及英领事署。大足县乡民连年砸毁教堂，至1890年“数百里汹汹骚动”，焚毁龙水镇、马跑场、强家坝三处教堂，由于官府的镇压，终于爆发了以余栋臣为首的反洋教起义。江南的反洋教高潮也在此时开始酝酿。1891年，湖南又出现大量反洋教的书文、诗歌、词曲、图像、揭帖等，如《谨遵圣谕辟邪》、《擎天柱》、《棘手文章》、《鬼叫该死》、《灭鬼歌》、《禀天主邪教》等数百种，仅《鬼叫该死》一种便在湖南刊印80万份。这些反教宣传品“遍传各省”，其中湖南乡绅周汉刊刻的朱墨套印的反洋教通俗图画，在民间广泛流传。湖广总督张之洞说：“屡次严饬南北两省查禁，不遗余力，旧本甫毁，新本旋出。”这些宣传品对长江中下游的反洋教斗争起了巨大的鼓动作用。1891年5月，因芜湖耶稣会中国修女领养两名小孩，被传为“迷拐幼孩，挖眼制药”，舆论大哗，传教士和英领事胁迫官府派兵干涉，致使群情激愤。5000余人手执小旗，拥入教堂，将教堂、育婴堂及教士住宅焚毁，并冲击海关洋楼和英领事公署。清兵开炮威胁，群众“仍四处聚集不散”。芜湖起事后，反洋教斗争迅速向全省及江苏、江西、浙江、湖北等地扩展。安庆、丹阳、无锡、金匮、阳湖、如皋、江阴、九江、杭州、广济、宜昌等地群众起而焚毁教堂和教士住宅，“竟有一县焚毁数处者”。6月，湖北广济县哥老会郭六寿率民众千余人围攻武穴镇英国遁道会福音堂，击毙英国传教士和海关铃子手，并捣毁附近黄梅、蒲圻等地教堂。9月，宜昌方济各会圣母堂收买拐来儿童，家属到教堂索还，居民齐集堂外评理。美国圣公会教士竟向人群开枪，击伤一人，激起民愤。数千人冲入圣公会，烧毁教堂，接着又到圣母堂救出幼童数十人后，焚毁该堂，并击伤修女多人。此外，河街天主堂、英人住宅和正在修建的英领事署亦被毁。武汉两岸，“洋街洋堂，人人自危”。甚至上海租界和徐家汇一带也出现反教揭帖。美国公使田贝向美国国务院报告说：“几乎在长江各通商口岸都有骚乱发生”，“没有一个城市是安全的，上海也包括在内”。各国出动在华的所有军舰到武汉等地示威，各国公使联衔提出抗议，清政府则对群众实行血腥镇压。斗争的余波则持续到1893年。
从天津教案至1891年长江中下游的反洋教斗争，是第二阶段。天津人民在教案中所自发迸发的反帝爱国精神，逼使外国侵略者的嚣张气焰有所收敛，也使清政府感到教案问题的严重性。恭亲王奕訢说：“若再不筹善后之方，将使教中之气焰愈张，吾民之怨愤愈积，祸患正不知所止。”总理衙门为此提出《传教节略》，并拟订《传教章程》，于1871年2月递交各国公使征求意见，企图对传教士稍加约制。对此，法国蛮横拒绝全部条文，其他各国也对《章程》表示反对。
自此以后，传教士便有恃无恐，恣意妄为。1861年3月，巴黎外方传教会贵州代牧区主教胡缚理乘坐紫呢大轿，肩披紫带，在100多名教徒前呼后拥下，招摇过市，谒见巡抚和提督，要求承认传教自由，保护天主教在贵州的“合法”权利。自1756年至1860年，贵州已发生教案16起，群众反洋教的情绪十分高涨。贵州巡抚何冠英和提督田兴恕联合致函全省官吏，把天主教斥为异端邪教。候补道缪焕章撰刻《救劫宝训》，倡议驱逐天主教。6月，在田兴恕的指令下，团务道赵畏三率团丁焚毁青岩姚家关天主堂大修院，7月捕杀四名教徒。法国公使逼迫清政府派专员携《中法天津条约》和《中法北京条约》20份前往贵州张贴，但遭新任巡抚韩超拒绝。次年2月，开州(今四川开县)知州戴鹿芝将唆使教民违抗礼俗、拒交龙灯捐的法国传教士文乃耳及三名教徒处死；兴义、普安、永宁等地官员也闻风响应。法国公使联合英、美、俄三国公使，要求赔偿一切损失，处死田兴恕、戴鹿芝、赵畏三三人，并严惩保教不力或查处不严的有关官吏。1863年，清政府屈服于法国的武力恫吓，将韩超交部议处，田兴恕发配新疆，提督公廨拨给教堂使用，缪焕章永不叙用，《救劫宝训》书版追缴销毁，赔偿白银1.2万两。
1896年，山东曹县、单县，江苏丰县和安徽砀山先后发生反洋教事件。4月，法国传教士邓玉函在广西被杀。11月，德国传教士能方济和韩理在山东巨野被大刀会所杀。同时，寿张、济宁、单县、城武等州县，也发生捣毁教堂，殴逐教士、教民事件。德国借口巨野教案，乘机侵占胶州湾，山东全省遂成为德国的势力范围。1898年春，四川大足的余栋臣再次举行武装起义，以“顺清灭洋”、“除教安民”为号召，哥老会党踊跃参加，周围30多个州县纷纷响应，捣毁教堂20余处。湖北、贵州、云南各地哥老会闻风而动，聚众毁堂。在清军“剿抚兼施”的政策下，起义虽然终于失败，但大足教案的影响波及全国。同年4月，巴黎外方传教会苏安宁司铎等三人在广西永安被杀。10月，外方传教会另一名教士伸德辉在广东博罗被杀。11月，贵阳民众杀死英国内地会教士明鉴光。12月，巴东县杀死方济各会比利时神父董若望等人。在山东各地的反洋教斗争中，民间秘密结社迅速发展，大刀会、义和拳(后改为义和团)等成为组织群众反洋教斗争的核心。1898年初，梅花拳在冠县梨园屯组织乡民焚毁天主教堂，义和拳在日照反对传教，殴伤德国传教士薛田资。1899年底，大刀会在平阴县酝酿起事，英国安立甘会传教士卜克斯闻讯后由泰安府赶回制止，在肥城被大刀会杀死。同年，浙江海门农民发动“护国灭教”的起义，迅速扩展到黄岩、太平、临海三县，乡民立将当地教堂全行拆毁。
反洋教斗争随着帝国主义对中国的侵略不断加深而进一步扩大。斗争的区域北自黑龙江，南至广东，东起沿海，西迄边陲，几乎遍及全国。教案大多是由天主教育婴堂收养幼童和新教在内地买地建堂、扩大据点而引发。斗争的锋芒不仅指向天主教，而且扫及英美新教各派。参加斗争的队伍，初期尚以士绅起主导作用，民团是反教的骨干。中法战争后，大量下层劳动人民投入运动，民间会党日趋活跃，并成为斗争的核心力量。斗争形式也从焚堂闹教发展成为大规模的暴动。官员士绅陆续退出斗争，清政府则与帝国主义站在一起，以血腥手段对付爱国民众。
清政府内，一部分官僚主张，“正可假民之愤，议撤传教之条，以固天下民之心”，“纵不能乘此机会，尽焚在京夷馆，尽戮在京夷酋，亦必将激变之法国，先与绝和，略示薄惩”。实权派则“明知此事为风俗人心所关，且与内地良民不相洽，第当四方多事之秋，和约已定，只得持平办理，以期相安无事”，因而让“各地方官仰体朝廷不得已之苦衷，妥为驾驭，弗令滋生事端”。但是，天津教案后，广大手工业者和城乡贫民则越来越多地投入反洋教运动，其中也不乏中小士绅。1873年夏，巴黎外方传教会川东主教范若瑟遣教士张紫兰潜赴四川黔江县建堂传教，司铎余克林等遍贴告示，内中多系不义无礼之词，激起民愤，导致四川反教风潮再起。南充、营山、内山等县教堂相继被毁。1876年，邻水、江北厅、涪州民众在乡绅的倡导下，焚毁教堂及教民房屋。与此同时，在福建延平、建宁、福清，安徽建平、宁国、广德，绅民反对强迫传教，连续发生捣毁教堂、殴伤教士的事件。全国各地由士绅倡导的非教风潮此起彼伏，接连不断。
与成都教案同时发生的有福建古田教案。甲午战争后，古田斋会多次发动民众抗捐抗税并准备武装起义。古田英国传教士侦知后向清政府告密。1895年8月，斋会首领刘祥兴等率百余人杀死英国传教士史荦〔luo骆〕伯夫妇等11人，焚房二幢。事件发生后，英美两国军舰到福州威胁，并组织调查团前往古田，英、美领事参加会审。古田知县王汝霖被革职，刘祥兴等26人被处死，17人终身充军，五人终身监禁。
1860年，法国在天津强占望海楼皇宫故址为领事馆。法国传教士乘机在天津东部建造仁慈堂，1869年又在领事馆旁强占寺庙旧址建造圣母胜后堂(俗称河楼教堂)，并要中国官员参加开堂典礼。次年，天津盛传有人用药迷拐幼孩事件，仁慈堂收容幼孩中有数十名死亡。这些拐卖并虐待幼孩事件，群众怀疑是传教士所为，而被捕拐犯亦供认受教堂门丁指使，事与修女有牵连。于是，士绅集会，书院停课，群情激愤，反洋教呼声高涨。6月21日，天津官员押带拐犯到教堂查看对质，遭到法国驻津领事丰大业的阻挠。午后，群众聚集教堂前抗议，并推派代表找丰大业论理。丰大业要求派兵弹压不成后，携手枪闯入三口通商大臣崇厚官署，咆哮如雷，向崇厚连开两枪未中。归途中又向天津知县刘杰开枪，击中随员一人。秘书西蒙则向群众射击。积忿难忍的群众至此怒不可遏，当场将二人殴毙。随后鸣锣聚众，焚毁法领事馆、河楼教堂、仁慈堂，以及英美四所小教堂，先后打死法领事一人，随员三人，教士、修女十二人，法国居民二人，俄国居民三人。6月24日，法、英、美、俄等七国公使联合照会清政府提出抗议，并调派军舰进行武力恫吓。清政府虽知此案是“由丰领事仓猝激变”，仍坚持“严拿凶手，以惩煽乱之徒，弹压士民，以慰各国之意”。最后判处20人死刑，包括府县官员在内的25人充军，赔偿白银50余万两，并特派崇厚赴法道歉，始得结案。
