基督教新教传入中国，成为西方资本主义侵略中国的工具之一，用以麻醉中国人民的精神，掩盖瓜分和掠夺的目的。但其传入的教义及西方的思想对中国封建社会的传统文化所造成的冲击，却对长期处于愚昧状态的人民起了惊醒的作用。洪秀全等人汲取基督教教义作为反封建思想的依据，建立特殊形态的基督教组织拜上帝会，发动太平天国起义，就是中国人由麻醉而惊醒的一种表现。
拜上帝会的宗教礼仪多属无师自创，因而呈中西混合的形式。举行洗礼时，大堂一端的神桌上置明灯两盏，清茶三杯。男女分坐左右，开始时齐唱赞美诗，主礼人讲道。祈祷时，全体向着阳光进入处跪下，由一人代众祷告。新皈依的教徒要写一张“悔罪奏章”，上书本人姓名，行礼时由本人高声朗读，读毕焚化。主礼人问求洗者：“愿不拜邪神否？愿不行恶事否？愿恪守天条否？”求洗者悔罪立愿后跪下，主礼人从大盆清水中取水一杯，灌于受洗者头顶，同时念道：“洗除罪恶，去旧从新。”然后领洗者起立，自饮清茶一杯，再以盆中清水自洗胸口，表示洗净内心。教徒也常到河中浸洗，同时祈祷认罪求赦。受过洗礼者即可承领各种祈祷文，在早晚礼拜和食饭时念诵。此外还有婚、丧、动土等的祈祷文，在举行仪式时念诵，其仪式类似中国祭祖拜神旧俗。
但是，洪秀全等人对于这些分歧并没有从本质上加以认识，仅仅视为与传教士和英美当局在宗教或政策见解上的歧异。1858年《中英天津条约》签订后，英使额尔金为开放沿江通商口岸作准备，率兵船闯入长江经过天京时，洪秀全称他为“西洋番弟”，他的到来是“兄弟团圆”，并传言请罗孝全来相会。在美国公使的授意下，罗孝全在1860年9月22日到苏州会见李秀成，并因其协助李秀成办理外交事务而深受器重。11月13日罗孝全被护送入天京，受到礼遇，并赐封“义爵”，委任外务大臣，辅佐干王襄理外事，住干王府内。1862年1月，在英法公开出面武装干涉太平天国的前夕，他借口因其仆人与干王发生冲突，在20日秘密乘英舰雷纳德号逃往上海。一个月后，报刊上披露了他给美国公使的报告，说明他是在知道外国军队的武装进攻在即，并得到通知而出走的。可是，在获悉外国军队准备协助清军守卫上海时，李秀成还致书英、法、美等国公使，希望与他们“推诚相与”。然而，太平军虽信守不攻上海的诺言，“同拜上帝”的洋兄弟却毫无信义地协助清军大举进攻太平军。传教士也纷纷站在本国侵略者和清军一边，参与镇压太平军的罪恶活动。洪仁玕在就义前沉痛地说：“我朝祸害之源，即洋人助妖之事！”西方传教士“劝人为善”的伪善面目逐渐为中国人民所认识，继之而来的便是震荡宇内的反洋教斗争。
拜上帝会崇拜“天下凡间大共之父”的“皇上帝”，说“大而无外谓之皇，超乎万权谓之上，主宰天地人万物谓之帝”。皇上帝是无所不能、至高无上的独一真神；耶稣基督是上帝的圣子和救赎世人的主，同时反对敬拜上帝以外的邪神和各种神灵的偶像(甚至包括天主教的圣母像)。但在基督教教义中，耶稣是上帝的独生子和救赎世人的主，而拜上帝会却宣称洪秀全是上帝的次子。在早期，杨秀清、萧朝贵曾多次声称天父(上帝)、天兄(耶稣)分别附体传旨，借以稳定局面。洪秀全事后肯定了这些传旨内容，并列为教义。杨、萧等人也曾称为天父之子和婿。晚期，洪秀全除提出天母、天嫂外，还称天兄无子，将子洪天贵福过继给耶稣为嗣子。这样，基督教关于圣父(上帝)、圣子(耶稣)和圣灵(圣神)的三位一体教义，在拜上帝会中变成了“爷哥朕幼”的“上帝家庭”。
洪秀全从《劝世良言》中汲取“上帝当拜，人人所同”，“普天之下皆兄弟，上帝视之皆赤子”的平等观念，但不接受谦怯自卑、安于命运、顺从官府等说教。拜上帝会将宗教上的平等观念扩大到政治和经济制度上，把灵性上的平等推及到现世生活中，提出男女平等，人人平等，民族平等的主张，呼吁世间的兄弟姊妹“跳出邪魔之鬼门，循行上帝之真道，时凛天威，力遵天诫，相与淑身淑世，相与正己正人，相与作中流之砥柱，相与挽已倒之狂澜，行见天下一家，共享太平”，实现“有无相恤，患难相救，夜不闭户，道不拾遗，男女别途，举选上德”的理想社会。
对待《圣经》，拜上帝会由于对现世的重视，远远超过对来世的重视，因而与基督教大不相同。洪秀全虽然十分尊重《圣经》，称为“天书”、“遗诏”，但常按自己的想法批解。当他认为某些经文不适合太平天国时，就另引经句加以批驳，有时干脆宣布“爷知新约有错记”。拜上帝会认为，太平天国天王的诏书，也是《圣经》的组成部分，与《新约》、《旧约》同等。太平天国明令宣布：“当今真道书者三，无他，《旧遗诏圣书》(《旧约》)、《新遗诏圣书》(《新约》)、《真天命诏书》(洪秀全所下诏书)也。”后期，又在《钦定士阶条例》中，将《新遗诏圣书》改为《前遗诏圣书》，又称《前约》；将《真天命诏书》改为《天命真主诏旨书》，又称《真约》。这样，由《新约》和《旧约》两部分组成的基督教《圣经》，便被扩充为由《旧约》、《前约》和《真约》三部分组成的拜上帝会《圣经》。
拜上帝会采纳了基督教关于魔鬼的观念，把魔鬼作为罪恶的代表。《劝世良言》所称蛇魔、鬼风等，系指不具肉身的“邪灵”、“恶灵”，即灵界的异教邪神，而拜上帝会则将其在宗教和政治上的敌人都包括在内。除将阎罗妖、东海龙妖、老蛇称魔鬼外，洪秀全还提出“土、木、石、金、纸、瓦像，死妖该杀约六样，及邪教、粉色、烟、酒、戏、堪舆、卜、筮、祝、命、相、聃、佛、娼、优、尼、女巫、奸、赌，生妖十九项”。在檄文中以“奉天诛妖”为名，直指清朝皇帝及官兵为“鞑妖”、“妖胡”。洪秀全宣称：“爷(上帝)今圣旨斩邪留正，杀妖，杀有罪，不能免也。”并针对基督教的谦卑、宽恕等说教，宣布“过于忍耐或谦卑，殊不适用于今时，盖将无以管镇邪恶之世也”，从而将诛妖与救世的政治目标结合起来。
这次起义是拜上帝会组织和发动的，而拜上帝会则源于基督教。拜上帝会的创始人冯云山，据说在1848年访问过郭士立牧师，并在其名下领洗。汉会在1853年9月27日也报告说，冯云山在三年前与广西汉会成员接触，其后成为汉会成员，曾受业于郭士立牧师门下。郭士立是早期来华的基督教传教士，其神学思想和传教方式深受摩拉维亚弟兄会的影响。摩拉维亚弟兄会的信仰以基督为中心，但上帝与基督彼此同一。礼拜仪式简单，仅有洗礼、唱诗、读经和祷告。主张消除等级特权，强调人人平等，信徒之间互称兄弟姊妹，提倡实行财物公有。信徒依性别、婚姻划分小组，由组长负责纪律与灵修，以保证生活严谨。每位信徒均可自由传道，因无确定的教义标准和信仰条文，传教皆随个人意愿而为，不受布道会的约束。由于汉会的传教活动早已进入广西一带，其成员进入拜上帝会并发生影响，也属当然之事。洪秀全、冯云山、洪仁玕等人与那些传教士都有联系，因而拜上帝会的信仰体系与汉会有着不可否认的渊源关系。但在革命活动中，他们又糅合进自己的社会、政治理想及中国的传统思想，使其在许多方面与基督教大相径庭。这种“异端”趋向，随着太平天国运动的发展而日益显著。
洪秀全还汲取《劝世良言》中有关天国的双重涵义，但不是界定为天堂和教会，而是分为天上的大天堂和地上的小天堂。小天堂不是指教会，因为拜上帝会并无教会的观念和组织。他们没有牧师制度，没有特定的礼拜堂，一切宗教生活皆由各级统领主持。后来虽然按洪仁玕的建议，设有“牧司教导官”一职，但在政教合一的国家体制中，他也只是专职分管宗教事务的官员而已。洪秀全说：“天上大天堂是灵魂归荣上帝享福之天堂，凡间小天堂是肉身归荣上帝荣光之天堂。”“神国在地是上帝小天堂，天朝是也。”(《钦定旧前遗诏圣书批解》)这个肉身荣光的小天堂，后称“天父天兄天王太平天国”。太平天国后期，洪秀全将《启示录》中关于世界末日天国降临的预言加以发挥，称太平天国就是从天降临的“新天新地”，天京就是新的耶路撒冷。
洪秀全是广东花县人，自幼攻读儒书，热中科举仕途。1836年赴广州应试不第，遇传教士送他一本梁发所著的《劝世良言》，当时只略一浏览，未予置理。1837年再次赴试落第，因极度失意而悲愤成疾，回乡卧病40余日，“后得异梦乃愈”。1843年第三次应试落第，在烦乱苦闷中，同表兄李敬芳重读《劝世良言》，认为“内容奇极，大异于寻常中国经书”。洪秀全对该书“反复细勘”，“如梦初觉”，因其与七年前的异梦多有符合，“觉得已获得上天堂之真路和永生快乐之希望，甚为欢喜”。他和表兄按书中所言，以水灌顶，自行施洗。后与冯云山、洪仁玕〔gan肝〕等“潜心细读”《劝世良言》，从中汲取思想养料，决心抛弃科举仕进之念，向世人“宣讲拜偶像之罪恶及信拜真神上帝之要”。不久，他弃去孔子牌位，停闭学馆，于1844年4月与冯云山去外县及广西宣传拜上帝的教理。同时，自行编写《百正歌》、《原道救世歌》、《原道醒世训》及以后的《原道觉世训》散发，其内容均以传教为主旨，限于宗教伦理，尚未涉及政治革命。1847年春，洪秀全得汉会信徒周道行的引见，偕洪仁玕赴广州向浸信会牧师罗孝全学习基督教教义，并研读郭士立所译《旧约》和《新约》圣经，以及罗孝全编注的传道书。三月后请求施洗，因罗孝全的两名黄姓助手的排斥而未果。7月，洪秀全去广西紫荆山，与冯云山会合。当时已有信徒数千，势力日大，号称“拜上帝会”。二人共同制定宗教仪式和《十款天条》，并四出捣毁偶像，批判邪神妖魔。虽然拜上帝会的宗教宣传并没有直接号召推翻清朝统治，也没有指出人民受苦受难的真正原因，但它直指中国原有的神道偶像是“老蛇妖鬼”，“阎罗妖”，是祸害之源；认为只有信仰崇拜“皇上帝”，遵奉天条不拜邪神，才能“天下一家，共享太平”，变“陵夺斗杀之世”为“公平正直之世”。拜上帝会在发展过程中，不断与团练等封建势力发生冲突，日益由宗教组织演变为政治军事组织，终于在1851年揭竿起义，爆发太平天国革命。
拜上帝会成立初期并不知道有圣餐仪式，后期虽有类似仪式，但仍很简单，多在每月第四个礼拜日分饮少许葡萄酒。每个礼拜日(由于历算错误，实际上是公历的星期六)礼拜时唱诗、读经、讲道。讲道写成书面文章，讲毕当场焚化。最后焚香并鸣放鞭炮。
这时，英美当局不再禁止他们的传教士进入太平天国控制的地区，改而通过他们去了解太平天国的宗教和通商政策。外国传教士自己也说“在叛乱的事件上从来不给太平军一丝一毫的臂助，或讲一句鼓励的话。传教士在他们那里无非是要搜集某些情报，教导他们更完备地了解真道，或勉励他们放弃错误的见解，以及不合基督教道理的习俗”。对于教义上的分歧，洪秀全并没有迁就外国传教士。1861年3月访问天京的英国传教士艾约瑟，写了一篇《上帝有形为喻无形乃实论》进呈，洪秀全则以自己在“异梦”中升天亲见上帝一事作答。事后，艾约瑟说，“当英美传教士对他提供意见要求修正他所颁布过的主张时，他总是简单地说，放下先前教会的惯例约束。不论在任何事上对他怎样说明，他总是和颜悦色地、可是坚决地加以反驳。”并说，太平天国官员已“看出他们自己与英美基督教徒的观点大相悬殊”。
在宗教戒律上，洪秀全把摩西十诫改为“十款天条”，即一、崇拜皇上帝；二、不拜邪神；三、不妄题皇上帝之名；四、七日礼拜颂赞皇上帝；五、孝顺父母；六、不杀人害人；七、不奸淫；八、不偷窃劫抢；九、不讲谎话；十、不起贪心。每条之下都附有四句七言韵语，如第一条下是：“皇天上帝是真神，朝夕礼拜自超升，天条十款当遵守，切莫鬼迷昧性真。”这与基督教里所唱的赞美诗差不多，便于教徒记诵。金田起义后，天条便成为太平军初期的军律。后来又发展为更为完备的《五条纪律诏》、《行营规矩》、《定营规条十要》、《行军总要》等。例如《定营规条十要》第一条是“要恪遵天命”，第二条是“要熟识天条、赞美、朝晚礼拜、感谢规矩及所颁诏谕”，处处充满着宗教的意识。太平军不仅在战争的艰苦条件下严格奉行宗教礼仪，而且非常重视“天情道理”的宣讲，使士兵“只知有天父兄，不怕有妖魔”，作战时奋不顾身，绝不怕死，又严守纪律，团结一致，所以成为一支英勇善战的军队。
对于基督教的传统节日，拜上帝会也一无所知。洪秀全在1859年下诏规定：正月十三为“太兄升天节”(耶稣升天之日)，二月初二为“报爷节”(对上帝感恩之日)，二月二十一为“太兄暨朕登极节”，三月初三为“爷降节”(杨秀清自称上帝附体传旨日)，七月二十七为“东王升天节”(杨秀清遇害日)，九月初九为“哥降节”(萧朝贵自称耶稣附体传旨日)。后期虽有庆祝耶稣圣诞的活动，但仅是举行礼拜和摆设盛筵，并无基督教的传统礼仪，也非全体信徒都庆祝圣诞节。
拜上帝会虽然在许多方面与传统基督教大异其趣，但毕竟脱胎于基督教，与早期传教士的传教活动有直接的联系。因此，太平天国革命爆发后，西方传教士有人认为是解决在华传教问题的绝好机会，“如革命成功，吾人可预料之利益，乃是大开海禁以便传教通商。”尽管当时英美当局不许传教士公开同太平军接触，但有些人仍对拜上帝会和太平天国在报刊上和言谈中寄予同情。上海老北门浸会礼拜堂的美国传教士晏玛太，甚至还接待化装途经上海的冯云山子侄二人，自称可协助他们乘美国军舰潜往天京(二人临行前又被留下，终遭清军杀害)。洪仁玕是拜上帝会最早的信徒。金田起义后，他未能及时与大队会合，后被清朝通缉，四处逃亡。1852年4月由洪亚新带往香港，为巴色会牧师韩山文收留，学习基督教教理。1853年底，韩山文为他施洗，其后在港教书为生。1854年春，他乘轮船往上海，拟入天京效力。行前韩山文赠以书籍多种。由于清军阻路，他不得不滞留上海，在伦敦布道会的墨海书院工作，与传教士麦都思、艾约瑟、慕维廉等来往密切。1854年冬，他返回香港，被伦敦布道会聘为宣教士，为理雅谷牧师的助手。1858年，伦敦布道会出钱资助洪仁玕再赴天京，行前受到上海的英国传教士联名祝贺。洪仁玕任干王后，传教士深受鼓舞，认为他会“试图以正统派的基督教义来指示、劝告洪秀全，改正洪秀全错误的宗教观点”。因此，1860年8月后，相继有10余名外国传教士去苏州、天京访问。
