但就是这样一个医术高超的伟人，只因不愿侍奉权倾朝野的曹操，而遭杀身之祸。华佗临刑前曾将“医书一卷”送与狱吏，说：“此书可以活人。”狱吏却畏法而不敢接受，因此华佗愤然将医书付之一炬，使华佗绝技成了千古之谜。
华佗在方药方面没有留下著作，但明代李时珍认为，华的学生所著《吴普本草》中载有他的用药经验。南朝陶弘景曾怀疑《神农本草经》为华佗、张仲景所记，虽嫌武断，但华佗对此书作过增修工作是可能的。关于华佗医著，《隋书·经籍志》所载的几部均已佚失。世传的《华氏中藏经》，据考为六朝人所撰，但部分内容为华佗的学术思想。华佗通晓养生之术，创“五禽戏”、传养生方药，对养生学作出了很大的贡献，前面已经提到了。
华佗的诊断技术是很高明的。有一次一个姓李的将军请他给妻子看病，华佗诊脉后说：“病因是死胎未去。”将军说：“确是伤胎，但死胎已经下来了。”华佗还是坚持：“根据脉象看，死胎仍未下来。”将军不以为然。后来将军妻子病情加重，又请华佗诊视，华佗说：“夫人怀的是双胎，一个死胎已经排出来了，另一个还未排出，应当用汤药和针刺治疗。”针、药用后，妇人腹痛像将要分娩一样，死胎仍未下。华佗说：“死胎久枯，不能自出，应使人探之。”遂请稳婆来，果然探得一死男婴，手足完具，色黑，长一尺左右。
华佗长期行医于民间，足迹遍于今安徽、山东、江苏、河南等地，深受百姓爱戴，当时人视以为仙。他的名字也和扁鹊一样，成为历代对良医的尊称。
华佗，又名华敷，字元化，东汉沛国谯县(今安徽亳县)人。他精通儒学与医学，拒不为官，以医为业，方药、针灸皆精，通晓养生之道，犹擅长手术。《后汉书·华佗传》记述：他若遇病结积在内，针、药不能治的，“乃令先以酒服‘麻沸散’，即醉无所觉，因刳破腹背，抽割积聚。若有肠胃，则断截湔〔jian兼〕洗，除去病秽，既而缝合，傅以神膏，四、五日创愈，一月之间皆平复”。这种酒服“麻沸散”的全身麻醉法比西医用乙醚等施行全身麻醉术至少要早1600多年。有文献记载的，华佗给患者施行麻醉后施行的手术就有：两次腹腔手术、一次骨科手术、一次放血术。这从当时的医疗水平来看，是合理、可信的：《黄帝内经》中有一定的解剖学方面的实际经验；当时本草书中已积累了一些麻醉药的使用经验，如乌头、莨菪〔langdang浪荡〕、麻蕡〔fen坟〕(大麻)等，而酒正有促进这些药物毒性发作的作用。再者以今天的认识也可以印证这些记载是客观的，现代中药麻醉研究并经手术证实，口服中药施行的全身麻醉是可行的。而且华佗的麻醉、手术及伤口愈合过程，病体恢复时间，与现在的腹外科手术基本是一致的。
一般都认为外科手术是中医学非常遗憾的一个领域。但是在1700多年以前，我国就有相当水平的腹部手术和麻醉术。其根据就是《后汉书》、《三国志》两部史书中，都有关于华佗以剖腹术治病的记载。
在华佗的医案中载有治疗寄生虫病的病例，其效果可称得上立竿见影。一次华佗坐车赶路，突然听到对面车里有人呻吟不止。下车一问，原来此人咽部梗塞，想吃而饮食不能下咽，家人正送他去看病。华佗诊视以后说：“刚才我见路旁有个卖饼的，你去找他讨些蒜齑〔ji机〕(蒜泥、菜末、醋合成的调料)，吃下病就好了。”病人如法做后，立即吐出一条虫，症状也消失了。病人高兴得把虫挂在车边，去华佗家里道谢。华佗尚未归家，只见华佗家墙上挂着这样的虫有几十条。
华佗有时还采用精神疗法治病。有一郡守生病，华佗看后，对其子说，需要用使病人暴怒的方法才会治好。于是多向郡守索要财物，却不给他治疗，过了几天不辞而别，还留下一封信大骂郡守。郡守果然大怒，命令仆从去追杀华佗，他儿子偷偷地将仆人拦了回来。郡守暴怒后吐了很多血，病竟然痊愈了。
华佗的针灸术造诣很深。督邮徐毅患病，请医官刘租治疗，经针刺后，反咳嗽不止，不能安卧。第二天遂请华佗来看。华佗发现是刺伤了肺脏。分析事故原因，是因为刘租是按古人的取穴方法用针的，古法脊柱两旁一系列穴位称“夹脊穴”，距脊柱正中线旁开一寸半。华佗结合自己的经验进行研究，认为应当改作距脊柱正中线半寸取穴。这一发明不但操作安全，而且提高了疗效，从此这一系列腧穴命名为“华佗夹脊”，一直延用至今。
