宋代以后，选官不再看家世，婚姻也很少讲究门阀。因而，政府已无兴趣，也无必要继续收藏和编修各类家谱了。从此之后，政府除了设置专门机构编修皇帝家谱即玉牒之外，其余所有各类家谱，均由民间自行编修，自己保存与收藏。修成的家谱一般保存在祠堂和私人手中。也有的家族分支修成支谱后，要交送一部给本家族的总部保存，山东曲阜孔府之中，就收藏有全国各地孔姓族人所修的家谱300多部。
明代以后，家谱被认为寄托有祖宗的灵魂，因而，严格禁止外传，这不过是一种托词，其真实的理由可能是担心流传出去后，会给别有用心的人造成“冒宗”的机会，或者是因为修撰时的牵强附会，自吹自擂，给外人提供谈笑之资。总而言之，家谱绝对不准外传，子孙世袭珍藏，奉为传家之宝，至亲好友也不能得见。因而，除非子孙不肖或者其他极为特殊的原因，很少会流落到外面。擅自借给外人、私自涂改、私自抄录或私自出卖的，都会被视为大逆不道，要受很严厉的惩罚。为了保证这个措施得到贯彻执行，很多家族采取了编号发放的办法，即家谱修成之后，抄写或印成一定数目，编上号码，登记后分发族人珍藏。并约定每隔一段时间须将各自保存的家谱带到祠堂查验，无误者发回。如有违犯者，轻则追回家谱，重则还要开除出族，永远不准入祠和入谱。在封建社会中这是很严重的惩罚，一个人如果被开除出族，那将生不能入祠入谱，死不能埋葬在祖茔，犹如孤鬼，会无所依托，这对一个人在精神上的打击是极为沉重的。
台湾地区原来收藏的家谱数量较少，但近20年来，台湾掀起了新修家谱的热潮，据1987年出版的《台湾地区族谱目录》记载，共有10600多种，绝大部分为近年新作，质量参差不齐。现在，台湾收藏家谱最多的是《联合报》文化基金会下辖的国学文献馆，该馆成立于1981年，宗旨是致力于收集流传海外的中国珍贵书籍，供学术界和社会各界阅读、利用，家谱是主要收集对象之一。他们除向美国犹他家谱学会复制缩微胶卷之外，还从日本、英国以及香港等地购置了很多家谱，现在有关中国家谱资料的收藏约有6000余种。此外，台北的中国文化大学和摩门教族谱服务单位也收藏有部分家谱的缩微胶卷，对外供人查阅。
日本在第二次世界大战前就十分注意收集有关中国的文献资料，家谱是其注意的目标之一。据日本学者多贺秋五郎所著《宗族之研究》著录，日本藏中国家谱以东洋文库为最多，共800多种；其次为国会图书馆，400多种；东京大学东洋文化研究所藏200多种；此外还有一些单位仅藏数部，总计1500多部。
政府集中收藏和保存谱牒，既便于管理和使用，也便于保存，使得谱牒的修撰趋于标准、统一。然而，政府藏书如遇到兵燹〔xian显〕、战争，照样难逃厄运，西汉末年的绿林、赤眉起义，东汉末年的黄巾起义和董卓之乱，西晋的八王之乱，北魏的尔朱荣河阴之变，萧梁的侯景之乱，隋末农民起义，唐代安史之乱和唐末农民起义，都曾将政府的藏书和档案(包括政府所藏的各类谱牒)付之一炬。不同的是，唐代以前的历次战乱过后，由于谱牒在政治中的地位和作用，政府通过各种方式很快得到了恢复。而唐朝末年黄巢起义过后，晚唐苟延残喘一段时间，五代十国，纷起并立，乱世之中，家世谱牒已没有意义，选官、联姻全靠实力作后盾，政府再进行管理和修撰谱牒既已没有任何意义，其所藏的谱牒也就没有必要恢复了。这也是唐代以前的谱牒现已失传的原因之一。
据不完全统计，流传至今的古代家谱，最早的即是甲骨片“库1506”等三片，商周有一些带有原始家谱性质的青铜彝器，汉代也只留下些带有家谱性质的石刻碑文，敦煌遗书中还保留一些唐代家谱的残页。据国家档案局等机构编辑的《中国家谱综合目录》统计，国内所藏各种家谱大约有14000多种，其中以北京图书馆收藏为最多，共藏有各类家谱3000余种，馆藏中宋人纂修的有三种，元代纂修的二种，明修325种，清修1528种，其余均为民国和当代所修。其他各大图书馆也多有收藏，不足的是，国内收藏历代家谱虽然数量最多，但大多没有得到很好的管理和利用。
美国收藏的中国家谱也达到了相当数量，据了解，哥伦比亚大学收藏的有近千种，哈佛大学、加州大学、芝加哥大学也分别藏有数十种或百余种不等。此外，在美国收藏中国家谱最著名的机构是犹他家谱学会(GSU)，犹他家谱学会总部设在犹他州盐湖城东北庙街，1894年由耶稣基督后期圣徒教会创立，是一个民间的非营利性组织，旨在为家谱学的研究收集、组织和保存有价值的历史记录。起初，他们仅收集手稿和书籍，自1936年后开始以缩微技术复制各国各民族的家谱，中国的家谱当然也在收集之列。1974年起在台湾地区收集台湾的家谱资料达3000多种，犹他家谱学会图书馆共收藏有关中国资料达10000余卷，另外缩微复制了保存在美国、台湾、日本、香港以及私人收藏的中国资料100000册，其中有关中国的家谱就有5000余种，范围包括中国各省市，其中以江苏、浙江、安徽、广东数省居多。篇幅大小不一，少的不足20页，最大的是1937年出版的孔德成主编的《孔子世家谱》四集154册。全部拍成缩微胶卷，一套置于距协会所在地20公里处的花岗石山地下资料库中永久保存，一套置于图书馆供公众使用。使用该会图书、设备均不收费。同时，犹他家谱学会还同40多个国家和地区的1000多个图书馆建立了资料交换关系。
唐朝还有一种情况，由僧侣掌管州县乡里的谱牒。敦煌遗书中保留了很多这方面的实物资料，很多残牒上都注有“释惠云等牒”、“释詟〔zhe哲〕惠云绍宗等牒”字样。江南某些地区，一直到近代仍存在这种现象，各家族在续修家谱时，必先到有关寺庙查考先人世系和族人生卒日期。周围居民添丁进口，也要去有关寺庙报知生辰八字和姓名。若有死者，寺僧自动来发给牒文，略述死者生卒年月日时和简单事迹，然后再殡殓，牒文底稿则抄在寺庙中的“尊主簿”永久保存。若有外地人死于当地，则仅将死者姓名与死亡时间记录于寺庙中的“录鬼簿”中。美中不足的是，寺庙藏谱从不刊刻流传，因而，一旦遇到不测，则荡然无存，如长兴县吉祥寺曾藏有唐至清的有关家谱，十分完整，可在抗日战争时因火灾烧得片纸不留。经过近百年的战火与动乱，现在已很难有哪个寺庙能保存较完整的家谱资料了。
唐朝以前的家谱，由于政治作用较强，因而，修成之后大多要缴送一份由政府收藏，这从殷墟商代甲骨文中家谱资料的出土就可看出。秦汉两代，皇室家谱均由专门机构宗正管理。民间修谱也应呈送政府有关机构。魏晋南北朝是我国最重谱牒的时代，无论是选官，还是婚姻，首先要查验的就是谱牒，政府设置了专门机构“谱局”，编修和管理各种谱牒。民间自修，同样要上呈官府，收藏在尚书省的户曹，或专门的“籍库”、“谱库”中，作为日后选官的依据。南北朝以后的公私目录中，一般也都设有专类，著录各种家谱文献。到了唐代，政府集中管理和编修谱牒，仍然是家谱收藏的一种主要方式。
由于这些原因，家谱的收集是极不容易的，明清时代藏书家很多，但基本没有能以收藏家谱为其藏书特色的。这种情况直到民国年间方才有所改变，一些有识之士鉴于私人收藏不如公家收藏更能长久保存，以及为了促进修谱水平的提高，也将一些新修成的家谱刻印后分送有关图书馆和研究机构，国内一些图书馆开始注意收集各类家谱。国外一些机构非常注意收集各种中国资料，其中自然包括家谱，尤以日本、美国最为积极，日本在侵华战争中掠夺了一大批中国文献，美国则利用在中国开办的学校和文化团体四处收买。除了我国所藏之外，美国、日本所藏中国家谱都在数千种以上。
