在鲍林、爱因斯坦和原子科学家紧急委员会的其他多数成员看来，氢弹的出现并未改变原子战争赌博的基本规则——发展氢弹同样是荒谬和不可思议的——所不同的是，毫无必要地增加了大笔赌注。更多的金钱被用于屠杀更多的人。此时紧急委员会内部也发生了分裂。诺贝尔化学奖得主、坚定的自由主义者哈罗德·尤里①先改变了立场。他并不愉快地断言，如果美国不发展氢弹，俄国人将把它制造出来，因此，“我们不能坐视输掉这场军备竞赛。”尽管鲍林的回答非常简单——“哈罗德——你错了”《工人日报》引用了他的这个说法）——但这已损害了两人之间的关系。鲍林和西拉德考虑成立一个将尤里排除在外的新的委员会，但是要做通经过五年论战已变得十分厌倦的委员会成员的工作谈何容易。爱因斯坦希望委员会继续存在下去，但其他成员准备退出，认为这个委员会已经起不了什么作用。它们发表的报告和警告很少有人听，外界资助也已经枯竭。最后经过投票，终于决定解散紧急委员会。
①坎特帕雷是英格兰肯特郡的一个区和城市，在英国圣公会体制中，坎特怕雷大主教是全英格兰的首主教。
更多的人从原来的立场上退缩，鲍林则成了众矢之的。加州特尼委员会保存的有关鲍林的案卷越来越厚，里面满是他关于原子弹和公民权利讲话的剪报，其中很多来自共产党报纸。例如，作为特尼委员会重要情报来源的《工人日报》，对于鲍林发表的每次演讲和参加的每次抗议集会，都要在显著版面加以报道。到1949年下半年，特尼委员会已把鲍林定性为“加利福尼亚煽动分子”的领导人。
当鲍林从牛津返回美国的时候，联邦调查局对鲍林的调查已经结束。他回到帕萨迪纳后，同事们告诉他一条烦人的消息，就是特工人员曾来校查问过他的情况，然而特工人员当时曾同时查问过其他一些科学家，特别是那些与原子弹研究有关的科学家的情况，因此鲍林耸耸肩膀，不以为然。
政治形势显然发生了变化，但鲍林没有随波逐流。四年之前，他曾被普遍认为是一个典型的新政支持者，一个游移于中间派和左翼之间的自由派民主党人。但四年之后，尽管整个国家已经发生了变化，鲍林的观念依然如故——在1947、1948两年间，他继续公开宣传对原子能技术实施国际控制，反对效忠宣誓，呼吁保障公民自由权和反对反共歇斯底里。现在的形势是，对共产主义的恐惧心理左右了政治走向，根除共党分子变成了全国范围内的陈词滥调，与此唱反调的人则已是寥若晨星。
杜布里奇认为，科学家还承担着一种他称之为“特别的责任”。他就任院长后不久在一封致全体教师的信中写道，学校不会对科学家作为公民发表个人意见的权利进行限制，这不是学校所管的事；但同时告诫他们应该努力做到准确和公平，并且要“注意分寸”。特别要注意不能把个人意见与学校立场混为一谈。如果一个教师能够遵守这些原则，那么，他写道，“学校将保护他在言论。教学和科研方面的自由权。”
这将是在以后的四分之一的世纪中，鲍林从联邦政府得到的最后一次奖励。美国在向右转，作为对杜鲁门的联邦效忠制度的补充，各州政府实施了更加严厉的效忠宣誓措施，这些措施的覆盖面从联邦雇员扩及到了成千上万名州。市政府工作人员。对忠诚性的审查不仅针对间谍或共产党，还针对那些批评美国内政外交政策的平民。在审查人员看来，批评美国政策就是为克里姆林宫效劳。任何批评美国政策的言论，特别是来自左翼的批评，都足以引起审查人员的怀疑。任何人只要与可疑的组织沾上点边，那么即使没有被人抓住犯有颠覆罪的把柄，也会招来恶毒的攻击。1949年初，艾奇逊在被批准担任国务卿的听证会上也曾陷入反共喧嚣的漩涡，他将其称为“野蛮人的攻击”。实行这种高压政策的结果是：批评政府或宣传自由主义目标变得十分危险，人们噤若寒蝉。然而鲍林却仍然我行我素。
②希斯（Alger Hiss，1904—），美国国务院官员，1948年曾被美国共产党员的钱伯斯（W.Chambers）指控为华盛顿特区共产党间谍网成员并且向苏联提供过国务院机密文件，后因伪证罪被判刑5年。
对联邦调查局局长胡佛①来说，这可是千载难逢的好机会。随着人们对国家安全受到威胁的恐惧与日俱增，他的权力和影响力不断扩张，他将美国改造成他理想中的国度的能力也在增长。打着加强国家安全的旗号，胡佛开始搜集公民的材料，不管他们是否是国家公职人员，也不管他们是否真是危险分子。附上索引和交叉索引的厚厚的档案袋装满了一箱又一箱，从议员、律师到码头工人、图书馆员的日常生活细节都成为收集材料的范围。
然而，对鲍林以及尚留在原子科学家联合会（该联合会员人数已比四年前减少了一半）内的科学家来说，最坏的消息是杜鲁门在1月份的一份声明——美国将研制一种“超级炸弹”以维护美国在武器方面的优势。炸弹的技术细节当然属于最高机密，然而鲍林根据所了解的情况马上作出推断，新型炸弹的能量不是来自于原子的裂变，如同老式原子弹那样，而是来自轻型原子的聚合；而氢是最可能的能量来源。后来这种新型炸弹很快被人们称为氢弹。在5月份的一次广播谈话节目中，鲍林告诉听众：“氢弹由一枚老式原子弹以及围绕着它的几吨甚至十几吨的氢或其他轻元素构成，这些轻元素的原子可以聚合成重原子，同时释放出大约五倍于原子弹的能量。”他还说，从理论上说，氢弹的威力是没有限制的。
梦想家
除了政治迫害以外，引起恐惧的因素确实很多。墨西哥城大会后三星期，苏联宣布原子弹试验成功。再过了一周，即1949年10月1日，中华人民共和国正式成立，世界上人口最多的国家被置于共产党掌管之下。
胡佛之所以未对鲍林进行调查，非不欲也，是不能也。根据效忠宣誓法案，联邦调查局可以进行调查的美国人的范围已经扩充到了成千上万的联邦雇员，包括接受联邦政府资助和与政府签约的教授，但是调查范围仍然是有限制的。大战结束之后，鲍林并未从事任何涉及国家机密的科研项目，也未申请联邦资助。根据9835号行政命令，在私立大学工作的研究人员不属于审查范围。
胡佛迟了一步。鲍林与海军的合同已于9月1日到期，因此他不再受9835号行政命令的约束。另外，此时众议院非美活动调查委员会的负责人托马斯已经去职，他被指控犯有冒领工资罪而于1948年大选后不久被判刑入狱。这个委员会一直在寻找一个有地位的科学家作为攻击目标，要是托马斯不离职的话，根据联邦调查局对鲍林的调查报告，它本来很可能对鲍林进行一次公开审查。于是胡佛采取了另一个步骤，他把对鲍林的调查报告送交司法部长办公室，寻求刑事诉讼的可能性。但是司法部找不出违法的证据。
1949年秋季，鲍林宣布他将组织和率领美国代表团出席在墨西哥城举行的有争议的美国大陆争取世界和平大会。出席大会的代表来自西半球各国，会议内容是讨论美国和苏联之间日益紧张的关系，这次大会很快被指责为是由共产党人发起和组织的，后来的事态也确实证明这种指责是正确的；但是这种指责对鲍林夫妇并没有产生影响。他们喜欢墨西哥城——爱娃热爱世界各国的民间艺术，花费了很多时间在市场上搜寻能够丰富自己收藏的工艺品——但觉得此次会议索然无味，充斥着庇护苏联、攻击美国的冗长发言。轮到鲍林发言时，他采取了自己惯常的讲话风格。他的主旨发言既包含社会主义者典型的反帝言论——“我们看到世界上一些国家正致力于推进垄断性的工业扩张计划和建立经济帝国，在这些富裕和强大的邻国的经济压力下，弱小国家被迫放弃自己的国家主权，”又包含对美国和苏联两国执行的限制自由、积极备战的政策所作的意味深长、不偏不倚的谴责。与会者没有听到预料中的又一篇单方面谴责美国伦的讲话，对鲍林的发言反响平平。
鲍林在校外的社会活动越来越引人注目，一些校董，特别是泰勒、小胡佛①、麦考恩等人均对他的政治言论表示出强烈不满，并对这些言论可能给学校带来的后果深表忧虑。于是，有人议论要处分鲍林，甚至开除他。但是杜布里奇在校董会主席佩奇的支持下不主张匆忙采取行动。他们说，看来鲍林现在是有点越轨，但是可以再给他一点时间，看他能否转变。杜布里奇把他叫到办公室进行了一次私下谈话，希望他在发表公开言论时尽可能温和一些，特别要求他在谈论政治时不得使用学校名义。这次谈话不欢而散。鲍林认为杜布里奇是用动听的言辞掩盖问题的实质，怎么讲话是他自己的权利；而杜布里奇认为鲍林政治观点激进，立场僵硬，喜欢在报上出风头。
然而，加州理工学院院长杜布里奇却不能置之不理。杜布里奇的父亲来自中西部，是基督教青年会的体育教师。按照一位科学史专家的说法，杜布里奇是一个“生活简朴、精力充沛和一味渴望从事重要工作”的人。他相对比较年轻——与鲍林年龄相仿，身材瘦削，长着一副娃娃脸，擅长募集资金，有出色的行政管理能力，与华盛顿方面有着密切的联系。他的自信心甚至可与鲍林媲美。举例来说，谈及他在大战期间指导的雷达实验室取得的成就时，他常挂在嘴上的一句话是：“原子弹仅仅结束了战争，而雷达却赢得了战争。”
这正是症结所在。华莱士对握手拍肩、笼络人心这一套很不在行，他过于孤僻冷峻，因而成不了一个优秀的政治家。他还始终坚定地主张与苏联亲善。如果说在1946年初谈论把原子弹移交给联合国和援助苏联的大规模重建还不无道理的话，那么到1948年中期继续鼓吹这种论调就无异于政治自杀了。
鲍林从英国回来后，在继续投身于科学的同时，又恢复了对政治的关注。1948年夏，举国上下正在为历史上最为喧闹和最出人意料的一次总统选举作准备。像许多支持罗斯福新政的民主党人一样，鲍林准备退出该党。他认为杜鲁门转向右翼，出卖了罗斯福的理想。
同时，在离鲍林家较近的加利福尼亚大学，校务委员会在1947年春季宣布对雇员实行新的效忠宣誓制度。在众议院非美活动调查委员会所作的调查报告的大肆渲染下，公众认为该校的伯克利原子研究中心庇护了赤色分子，因此校务委员会急于想通过此举扭转自己的形象，同时也是为了赶在议会通过更为严厉的效忠宣誓法案之前抢先行动。按校方的计划，每个教师都要书面保证自己不是共产党员。
效忠制度令人讨厌，造成的后果也十分严重。1949年春天，鲍林与他的母校（当时已更名为俄勒冈州立大学）校长之间发生了一场争论，起因与鲍林以前的学生拉尔夫·斯皮策的忠诚审查问题有关。斯皮策在俄勒冈州立大学教化学，他的合同每满一年就要续签。这年校长斯特兰德决定解雇斯皮策，理由是他曾向某科学杂志写信，说美国科研人员在攻击苏联遗传学家T·D·李森科之前，最好先读一读他的原着。但是，斯皮策相信，解雇他的真实原因是院长不喜欢他支持华莱士的立场，不赞成他在学生中推动进步运动的做法。于是，他决定抗争，从而引发了一场小小的争论。斯特兰德拒绝重新考虑解雇他的决定，因为“斯皮策热衷于党派活动”，“他和妻子在校园里为苏联进行宣传”。当地报纸支持校长，声称“对于渗入教师队伍的赤色分子和外来同党必须像消灭白蚁一样加以清除，不准他们在校园里毒害青年”。后来，华莱士对解雇事件表示抗议，全国性的报纸以醒目标题予以刊登。斯特兰德立即反击，指责华莱士是“不诚实的赤色分子”。当鲍林以校友和美国化学学会主席的双重身份向斯特兰德写了一封语气强硬的抗议信后，他又立即应战。“你采取这样的立场是完全在我意料之中的，”他在一些给鲍林的信中这样说道，“如果说，由于这一事件使俄勒冈州立大学失去你的尊敬和支持，那么我要说的是，你将为此付出沉重的代价。失去了你的帮助，我们照样能活得很好。”斯皮策只得向美国大学教授协会求助，但教授协会害怕被人说成“颜色偏红”而拒绝帮助他。斯皮策最终为了能在化学界觅得一个职位，只得放弃专业，离开家园，到加拿大去另谋生路。
杜鲁门上台后，华莱士任商业部长。杜鲁门认为华莱士是一个优柔寡断的知识分子，与处理政府事务相比，他学习外语的兴趣更高一些。当杜鲁门重新采取反共立场时，曾在日记里愤怒地提到华莱士，称这个“百分之百的和平主义者”在内阁会议上竟然对大家说他“要解散武装力量，向俄国人提供原子弹秘密，寄希望于克里姆林宫政治局那伙冒险主义者”。杜鲁门意欲除掉他。到1946年下半年，他终于等到了机会。华莱士在麦迪逊广场公园作了一次演讲，嘲讽杜鲁门对苏联扩张主义的“强硬”政策。一周以后，杜鲁门要求华莱士辞职。
到了1949年，任何人都已不敢与哪怕只是带有一丝左倾的组织发生任何牵连，就是在这种情况下，鲍林仍然这样写道：“作为个人，比如像我，必须学会与共产党人和睦相处……我几乎不认识任何被确认为共产党员的人；但是我确实属于一些被称为是共产党阵线的组织。我亲眼目睹这些组织的成员是如何亲密无间，对此我深感兴趣……我从自己的亲身经历中受到鼓舞。假如说，这种现象确实代表了共产党人和非共产党人之间的亲密合作，那么，我就有理由相信，通过建立一个有效的世界政府，世界各国人民最终将发现实现和睦共处是可能的。”
是年秋季，冷战全面开始。美国的政界人士竞相活动以便从冷战中获取最大的好处。共和党责难民主党人主持的国务院措施不当以致“丢失中国”，原因可能是政府内部有一小撮颠覆分子，由此掀起了一场内部清洗运动。国务院内最后一批新政分子被清除了出去，美国的外交政策进一步向右转。
按照杜布里奇的标准，鲍林是一个不讲分寸的人。杜布里奇显然也耳闻了这种情况。早在1946年，理工学院的重要校董、具有保守倾向的联合钢铁公司执行副主席泰勒就对鲍林表示不满。杜布里奇就任院长后刚一个月就收到了泰勒寄来的一份剪报，内容是由一批人签名的支持华莱士的广告。他在签名者中勾出了鲍林的名字并写上这样的意见：“一个私人捐助的学校里的著名学者公开参加支持一方的政治活动，在我看来是很不恰当的。”对此杜布里奇作了以下的答复：尽管我作为院长以任何方式直接参与政治活动是不恰当的，但“我不能剥夺任何教师以公民的私人身份参与政治的权利”。他随后向泰勒保证，“我本人完全不同意鲍林博士签名的声明内容。”
鲍林却对此不置一词。他从20年代起就认识杜布里奇，当时这位青年物理学家以国家研究委员会成员的身份到理工学院访问工作了两年。两人的关系说不上密切，但相互称呼时可以略去姓氏，在社交场合经常见面，各自都仰慕对方的学识。
选举的那一天，鲍林正在华盛顿州访问，在政府生产原子弹原料的大型设施汉弗德厂附近作有关和平问题和化学研究的报告。尽管当时爱娃出于惧怕共和党人获胜的心理，在选举前的最后一刻将选票给了杜鲁门，并怂恿鲍林采取同样的立场，但是鲍林仍然坚持自己的选择，缺席投了华莱士的票。那天晚上，当鲍林准备上床睡觉的时候，电台评论员已在预言共和党将肯定获胜。事态发展似乎将再次证明爱娃是正确的。凌晨两点钟，鲍林醒来，走进停在汽车旅馆停车场上的汽车里打开收音机，传出的是杜鲁门宣布获胜的消息。鲍林为此松了一口气，然而华莱士的表现令人沮丧：他得到的支持票少于百分之三，进步党未在任何一个州获胜。与成千上万的进步党人一样，鲍林感到很伤心，“华莱士也许是太诚实了，终究成不了一个成功的政治家。”
注意分寸
不是一盏省油的灯
政治也是影响院长和化学系系主任关系的一个因素。尽管杜布里奇在共和党家庭中长大，但他自认为是一个自由主义者。他竭力反对梅—约翰逊法案的早期版本，支持原子科学家联合会传播原子弹信息，公开反对各种政治迫害，通过这些实际行动，他表明了自己的政治立场。他像鲍林一样致力于和平事业，认为科学家可以为实现世界和平发挥作用。他在1947年就任加州理工学院院长时发表的就职演说中这样说道：“虽然科学家主要不是做政治家、社会学家、军队将领或宣传家的工作，”但是，“如同每个普通人一样，科学家和工程师担负著作为一个有用的社会成员的责任……他们应该对自己熟悉的每个问题发表意见，包括与其他公民携起手来共同致力于世界和平事业。”
联邦调查局和反共报纸也充分利用了这份鲍林档案。鲍林的名字经常出现在右翼势力编制的赤色嫌疑分子的名单中。然而鲍林对这一切都置之不理，他顽固坚持独立立场，我行我素，并坚信自己是正确的。
鲍林1949年在墨西哥城大会上的讲话就是这样报道的。当泰勒在收音机里听到一个保守的电台评论员猛烈抨击鲍林出席这次大会时，他写信质问佩奇和杜布里奇：假如鲍林不是共产党员，他怎么可能在这样的大会上发表讲话。尽管佩奇和杜布里奇再次对泰勒作了一番安抚，然而他们自己也对鲍林毫无顾忌的讲话感到不安了。批评鲍林的信件接连不断地寄到杜布里奇的办公室。一次，当地一家建筑公司的老板来信质问学院为什么允许共产党员当教师，杜布里奇对此采取了新的策略：他派鲍林去与老板共进午餐，让老板亲自体验鲍林不是一个危险的激进分子。鲍林在饭桌上尽力避免谈论政治，而把主题拉到医学研究上去，说服老板赞助。他觉得谈得很不错。后来这位商人写了一张字条给鲍林：“请记住我善意的警告：不要跟着那些‘可疑’组织一意孤行了。我们中有些人拥有锯子，说不定会用一用的。”
杜鲁门达到了目的，但同时也分裂了民主党。华莱士宣布作为第三党候选人参加总统选举。他和自己的支持者创建了新的进步党，声称自己是罗斯福的忠实追随者。鲍林最为钟情的政治团体艺术、科学和专业人士独立公民委员会在被指责为一个共产党阵线的组织之后，伤痕累累，这时已改组为美国进步公民组织，并聚集在华莱士的麾下。刚开始时，华莱士的竞选活动十分强劲。他本人是一个十分机敏和雄辩的演说家。1947年那段时间，他关于国际主义的主张以及经过修正的新政纲领迎合了群众的情绪，在选民集会上受到热烈欢迎。在他发表演说的体育场或大会堂里，挤满了自由主义者和反杜鲁门的民主党人，还有少数共产党人。鲍林喜欢华莱士的国际主义和新政意识，以及他处理政治的知识分子方式。于是，他成了“支持华莱士的民主党人”组织的成员，并担任了美国进步公民组织的副主席。他参加游行，捐款支持华莱士竞选，还在洛杉矶的一次大型竞选集会上介绍候选人华莱士。在这次集会上，鲍林和他的女儿琳达与著名演员赫本一起坐在主席台上，备受瞩目。赫本看着男孩子气的琳达，眼睛一亮，奇怪她为什么不从影。
但是，当鲍林抵达伦敦之后，情况立即起了变化。美国海军研究处助理武官办公室的代表拜访了鲍林。这位年轻的军官告诉鲍林，为了国家利益，美国的科学研究必须与英国并驾齐驱。假如鲍林能够告知海军他对访问过的英国实验室的印象，那将是很有用的。这位军官还说，这不是窃取情报，也不存在辜负对方信任的问题。鲍林所要做的只是告知他对英国科学现状的一般印象而已。作为对他履行政府顾问职能的口报，他们将付给鲍林每天20美元的酬金，鲍林只要在一份合同上签个字。然而，从鲍林签字的那一刻起，他就被列入了效忠审查的范围之内，联邦调查局立即开始调查他的政治历史。
但是他们没有发现任何东西。他们访谈的每一个人都毫无保留地肯定鲍林对国家的忠诚。他的同事们说，尽管鲍林“毫不隐瞒自己的见解”，是“一个参与者”和“主张自由表达信仰的理想主义者”，他却肯定不是共产党。他们所能告诉调查人员的关于鲍林的最坏的评价是他“好表现自己”，是一个“夸夸其谈的知识分子”。洛杉矶分局进行的调查一直延续到1948年的夏季尚无定论，这使胡佛失去了耐心。他打来电报指责关于鲍林的调查是“本局所进行的最为拖拉的忠诚调查之一”。9月10日，一份长达27页的调查报告终于完成了，到10月14日，胡佛将此报告递交给了公务员委员会以采取进一步的行动。
因此，尽管杜布里奇在公开场合称赞鲍林和比德尔用化学生物学方法研究生命分子基础的宏伟计划为“国内最重要的研究项目之一”，在私下对此项目却持冷漠态度。有一次鲍林给他写了一封热情洋溢的信，谋求把学校得到的一大笔遗赠用于癌症的基础研究，而杜布里奇的第一反应却是要首先确保物理化学和化学工程的拨款。鲍林很快就明白杜布里奇对他并不完全信任，于是两人之间的关系变得冷淡，甚至疏远起来。
斯皮策。奥高曼和其他一些因为自己的政治信仰而失去工作的科学家，先后找到鲍林并向他诉说反共运动对他们的迫害。看到那么多人的科学生涯被效忠制度所毁灭，鲍林更加增强了与之斗争的决心。对凡是受到政治迫害而来求助的人，鲍林总无一例外地给予帮助。他本人并不招聘这些人——他在选择自己的研究人员时非常小心，唯恐招聘政治上有争议的人会被理工学院董事会否决——但他确实利用自己作为美国化学学会主席和著名学者的影响力写了许多推荐信，帮助这些人找工作。然而，这种努力收效甚微。一旦哪个研究人员，特别是刚工作不久的年轻人，被认为是威胁国家安全的危险分子，或者经效忠制度审定为需特别防范者，或同情共产党的嫌疑分子，那么大多数学校和研究机构都会拒绝聘用他们。因为雇佣这些人得冒很大的风险，特别是对那些接受联邦资助因而受到效忠制度制约的机构更是如此。而在战后，绝大多数大学研究机构均属于这种性质。这一形势与当时电影界被列入黑名单的作家和导演所面临的情况相仿，只是在科技界涉及到的人更多，而却较少为人所知。被列入黑名单的科学家中，少数人在私人企业的实验室里找到了工作，而其他一些人，几十个，几百个，也许上千个，无人知道确切的数字——只得放弃努力。
杜布里奇在锣鼓声中来到了加州理工学院，立即全力投入了使学院现代化的工作中。他首先向学院过时的行政管理机构开刀，解散了鲍林在其中担任重要职务的教师一董事联合委员会，代之以相互独立的董事会和系主任委员会。对鲍林来说，这既是一件憾事，又是一件幸事。一方面，鲍林自战后在学校里的影响力被削弱了，但另一方面也使他摆脱了大量他所不喜欢的行政事务。杜布里奇大力精简机构，改造密立根过时的工资体系，几乎使每个教师都长了百分之三十的工资。他的这一举措深得人心。正如理工学院一位化学教授回忆时说的，这是学院“黄金时代”的开始。
鲍林和华莱士在很多方面十分相像。两人都喜欢独立思考，都是热忱的理想主义者，都不愿意妥协。鲍林认为华莱士更为突出的优点是由于他进行农作物杂交的研究，因而他懂得科学。鲍林说：“我认为他很优秀也很明智；但如同很多科学家一样，作为一个政治家，他尚欠火候。”
苏联的原子弹更加使人胆战心凉。原子弹试验的强光一闪，似乎美国的核保护伞——美国人用以抗衡苏联重兵的唯一手段一下子破裂了。其实，人们忘记了多年来美国的原子科学家对人民的不断提醒：苏联拥有原子弹只是一个时间问题。冷战斗士们坚持认为，这里面有间谍活动，必须把原子弹间谍搜寻出来。媒体更是推波助澜，大肆渲染各种谣传。一时间，对赤色分子及其同情者可以任意指责并罗织各种罪名。
联邦调查局的一份卷宗上写着莱纳斯·鲍林的名字。1948年冬季，鲍林离美赴牛津访问几个星期之前，胡佛的得力助手托尔森向他递交了一份告密信。信是由美国化学学会的某个会员写来的，信中说他担心学会的当选主席，即将赴英国访问的鲍林，有亲共倾向。托尔森告诉胡佛：“我查阅了一下档案，结果发现我们从未对鲍林进行过调查，但是鲍林与美国进步公民组织关系密切，并在关于解散众议院非美活动调查委员会的决议上签过名，是这个被共产党渗透的组织的成员……有足够的证据表明他不是一盏‘省油的灯’。”
具有讽刺意味的是，当胡佛企图对鲍林的忠诚泼污水的时候，其他人却对他的忠诚大加奖赏。1948年10月，就在联邦调查局竭力找茬以便对鲍林提出刑事诉讼的同时，鲍林与他的四个同事一起在理工学院举行的庆功典礼上接受了总统功勋奖章，这是由政府授予平民的最高荣誉。由杜鲁门签署的奖状肯定了鲍林的“极具想象力的思维能力”，表彰了他在火箭固体燃料和炸药、氧气测量仪和血清代用品方面的“杰出创造”，以及他为“美利坚合众国的杰出服务中所作的特别值得赞誉的事迹”。鲍林对此荣誉感到无上光荣。
尽管材料不多，却已足以使胡佛下令对鲍林进行全面调查。他要求海军情报局跟踪鲍林在英国的活动，下令联邦调查局特工查阅警察局档案和信用档案，对鲍林在伯克利和康奈尔逗留期间的有关人员进行访谈。他还让联邦调查局洛杉矶分局协调在帕萨迪纳进行的调查。特工人员对鲍林的同事、邻居和加州理工学院的行政官员进行了询问，还获准查阅鲍林在理工学院的私人档案。
①小胡佛（Herbert Hoover Jr.），美国第31任总统希尔伯特·胡佛的儿子。
由于鲍林对自己参加过的任何组织都不加保密，因此联邦调查局进行调查十分容易。特工人员查阅了有关档案，找到了一份1947年调查人员与鲍林进行谈话的记录，那次谈话的内容涉及到另一位被怀疑有自由主义背景的科学家奥本海默的忠诚情况。鲍林在谈话中称自己是奥本海默的“亲密朋友”，他告诉调查局说，奥本海默是一个“脾气多变、性格复杂而又绝顶聪明”的人，他本人毫不怀疑奥本海默对美国的忠诚。谈话随后进入有关奥本海默的政治活动。鲍林详细讲述了自己与帕萨迪纳科学家协会，与艺术、科学和专业人士独立公民委员会，与美国进步公民组织的联系，还谈了自己对华莱士的支持。在这份谈话记录中，调查人员加了这样的评论：秘密渠道称艺术、科学和专业人士独立公民委员会好莱坞分会是“加利福尼亚共产党的一个主要的政治和宣传组织”，而且称帕萨迪纳科学家协会内共产党员和共产党阵线的活动分子十分活跃。
鲍林支持的候选人是罗斯福时期的农业部长，1940年到19M年期间的副总统华莱士。华莱士来自中西部，生性孤傲，有才学，还是一个富有的农业杂志出版商和杂交玉米的培育者。华莱士是最坚定的新政支持者，坚决支持与苏联和解。在美国战后反共调子越唱越高的时候，许多政界人士和报纸把他划入极端理想主义者一类——“战后时期的梦想家”，这是一个官员用来形容当时政府中自由派人士的一个称呼。
美国自由主义左翼政治团体不断萎缩的时候，也是鲍林在美国的地位和知名度不断提高的时候。他成了残余的左翼分子的护卫者，一位敢于直抒己见的德高望重的科学家。他经常在各种呼吁书上签名并发起各种集会，成了一个引人注目的公众人物，以至于每当一个组织要寻求一个名人来支持某项自由主义行动的时候，都会向鲍林求助。英国主教约翰逊来美国访问时，尽管鲍林倾向于无神论，他还是受人之托帮助组织欢迎活动。约翰逊主教是英国共产党员，被报纸称为“坎特伯雷的红色大主教”①。对他的访问，美国右翼分子纷纷表示抗议，百般加以阻挠。鲍林却不顾这一切，在欢迎约翰逊主教时仍然和他握手，此事被很多报纸广泛报道（然而跑林失望地发现这位红色教长不过是一个古板的老传教士而已）。鲍林发起组织全国性的会议以讨论公民自由权力遭到的侵害，反对政府驱逐外国人的歇斯底里狂潮。他捐款给保卫希斯②基金会，公开反对政府对在纽约受审的十一位美国共产党领导人的迫害，还在洛杉矶的群众集会上呼吁大家“与专搞政治迫害的人和散布共产主义恐慌的人进行斗争”。
到1950年的时候，随着世界上事态的发展以及国内反共潮流的高涨，大多数自由主义者转而接受一套新的、更加“强硬”的信条。然而，鲍林却依然故我，既不改变自己的主张，也不调整宣传自己主张的方式。他坚持说，中国人有权决定治理自己国家的方式，包括必要时通过革命来实现自己的选择。他坚持说，苏联的原子弹不是一种威胁，而是“对全世界人民的一次警告，有利于推动各国政府通过联合国组织恢复谈判，以便对原子能技术建立一套有效的国际监控机制”。
①尤里（Harold：Urey，1893—1981），美国化学家，因发现氘（重氢）获1934年诺贝尔化学奖，后又研究地球化学和天体物理学，对发展原子弹及地球和其他行星起源理论均有重要贡献。
1948年的2、3月份，鲍林尚在英国访问，华莱士的竞选运动就已开始走下坡路。当时，在捷克斯洛伐克发生了一次共产党政变，该国彻底投向了苏联的怀抱，这一事件在美国激起了一股反共的情绪。华莱士不仅没有利用这种情绪，反而声称捷克事件是对一次预谋的右派政变的反应，而美国大使可能卷入了这一阴谋。华莱士急于指责美国并为俄国找借口，由此遭到了共和党人的讥讽和杜鲁门的指责，并在报纸上受到了大举挞伐。进步党变成了向共产党妥协的代名词，党员人数也急剧减少。
愈到后来，鲍林愈难把政治与学术分开。到40年代末，报社记者都知道他是一个新闻热点人物，因此常对他进行大量报道。这些记者提到鲍林的讲话时，总冠以理工学院教授和化学系系主任的头衔。
①麦卡锡（Joseph McCarthy，1908—1957），美国共和党参议员（1947—1957），50年代初煽起全国性反共运动，指控有大批共产党人渗入国务院和军队，其卑劣行径受到参议院的谴责。
这里的关键词是“注意分寸”。在冷战发展到极端的情况下，广大科学家将“注意分寸”理解为“保持沉默”。到1949年，科学家像其他人一样，对任何可能被认为左倾的政治活动都尽量回避。尽管没有经过公开讨论和正式成文，大多数科学家都努力遵守以下几条规则：只在华盛顿咨询系统内开展政治活动；只占用极少的时间进行政治活动；只在自己的专业范围内发表评论；只发表和风细雨式的意见。只要遵循这些规则，那么科技界与政府、公众之间就能保持和睦，经费就会源源而来。
1950年，形势进一步恶化。一连串事件的曝光震惊了公众并进一步加剧了冷战：1月21日，希斯被判定犯有伪证罪；2月3日，英国物理学家克劳斯·福赫斯原子弹间谍案被公开；几天后，来自明尼苏达州的首位参议员麦卡锡①拿出一份记有205名据说在国务院内任职的共产党员名单，一时成为轰动全国的特大新闻，麦卡锡也由此一举成名；4月份，国家安全委员会建议进行大规模军事集结，遏制共产主义和对付日益严重的原子弹间谍活动的威胁。
①胡佛（J．Edgar Hoover，1895—1972），美国联邦调查局局长（1924—1972），建立指纹档案、科学侦察犯罪实验室及联邦调查局国家学院，以反共为目标，对美国公务人员进行“忠诚”调查，招致进步舆论抨击。
1948年的大选标志着新政的终结和美国排斥异己时期的开始。华莱士参加竞选对杜鲁门来说反而是一种解脱。他再也不用迎合党内的自由派，从而可以大胆地进一步向右转。他向自己证实，通过整治赤色分子，民主党人可以赢得选举。只要这种手段奏效，他将继续这样做。
在理工学院内部，鲍林把自己作为教师的职能与作为社会活动分子的职能仔细地区分开来。他上课时决不谈论政治，并要求报纸在发表他的政治讲话时不得标出他所属的学校。然而问题还是不可避免地出现了。有时候学生团体邀请他去作关于世界政府的报告，他不好拒绝。尽管他辩解说，这是利用自己的业余时间和作为学生的课外活动，但是显然难以把政治和学术截然分割开来。偶尔一不小心，他的政治性报告的海报或广告上也会写上他在理工学院的职务。
只要有机会，鲍林总要公开批评效忠宣誓的制度。1949年5月，他参加了美国公民自由协会在洛杉矶组织的一次关于学术自由的小组讨论会。面对众多记者，他公开声明反对以任何理由解雇教师——除非他不务正业，仅因某人是共产党员而把他解职是缺乏充分理由的。《洛杉矶时报》随即在一篇社论中攻击鲍林的立场，断言“没有人能够身为共产党员而又同时贯彻学术自由”。《帕萨迪纳日报》的标题是“鲍林庇护赤色教师”。
尽管多数教师对此表示服从，仍然有一些教师拒绝签字。经过校方与教师的多次谈判，拒绝签字者逐渐减少，最后只剩下少数几个人坚持不公开个人的政治观点而拒绝签字。校方以违规为由将他们解雇。其中有一个是鲍林以前的学生奥高曼，他被解除了在圣巴巴拉分校的教职。奥高曼是一个业务熟练的化学家，但他找不到合适的工作，被迫在一个牧场当了一年之久的雇工。鲍林尽力给予帮助，为他写热情的推荐信并给他鼓励，但奥高曼的职业生涯还是无可挽回地被耽误了。
然而，在杜布里奇到理工学院任职后不久，两人之间原有的一点感情却开始冷却起来了。鲍林与新院长就是合不来。其中部分原因可以归之于学校建设方面的分歧。杜布里奇是物理学家，在老朽的密立根的领导下，理工学院物理系已经失去了原先的领先地位，因此他投入大量的精力和经费来重振物理系。他对化学系，特别是对鲍林的学科建设方向不太满意。也许密立根和许多年长的校董们已经告诉他关于鲍林在诺伊斯去世时的不当行为，也许新任院长已经与托尔曼、尤斯特和其他诺伊斯时代的老教授们谈过话，这些人对鲍林竭力发展化学生物学的做法不满，认为鲍林的个人迷恋使化学系远离了它在物理化学方面的根基。大家觉得鲍林努力争取资助的目的仅仅是为了他所珍爱的那些项目，而化学工程和无机化学得益甚少。杜布里奇也许还听说了鲍林在免疫学研究和试制人工抗体方面进展缓慢的议论。
这些话鲍林听来非常顺耳。但是，杜布里奇具有高超的人际工作能力，其政治手腕也因此而比较圆滑。作为院长，他必须周旋于各类人物之间，包括保守的校董、自由派教授以及各级政府官员和科学顾问等。他在其间游刃有余。他变成战后那种所谓的知情科学家的典范，无论在教室、会议室、实验室，还是在政府的办公室，他都能应付自如。在他看来，必须有一些规则，即便不是明文规定的也好，来指导科学家的政治活动。在战后的那几年里，美国公众对原子弹的巨大魔力感到惊讶不已，对国家安全的一系列问题充满忧虑，对发展武器的各种技术细节也十分关心，他们希望科学家给予回答。一时间，科学家被认为是高智力的超人，他们的意见受到特别的青睐。
联邦调查局从众议院非美活动调查委员会借阅了鲍林的档案，发现档案内有很多《工人日报》和其他共产党报纸的剪报，在这些剪报内“无数次地引用了”鲍林关于原子弹政策和人权问题的讲话。他们认为这些活动都很可疑，但是按照效忠法案的规定，鲍林唯一的非法活动是在战时与美苏友好全国委员会关系密切。这个组织一直被列入司法部长掌握的黑名单之中。
