可是预料的灾祸毕竟临到了。一五三○年八月二日，马拉泰斯塔·巴利翁反叛了。十二日，翡冷翠投降了，城市交给了教皇的使者巴乔·瓦洛里。于是杀戮开始了。最初几天，什么也阻不了战胜者的报复行为；米开朗琪罗的最好的友人们——巴蒂斯塔·德拉·帕拉——最先被杀。据说，米开朗琪罗藏在阿尔诺河对岸圣尼科洛教堂的钟楼里。他确有恐惧的理由：谣言说他曾欲毁掉梅迪契宫郏但克雷芒七世一些没有丧失对于他的感情。据皮翁博说，教皇知道了米开朗琪罗在围城时的情形后，表示非常不快；但他只耸耸肩说：“米开朗琪罗不该如此；我从没伤害过他。”一五三一年四月二十九日皮翁博致米氏书。当最初的怒气消降的时候，克雷芒立刻写信到翡冷翠，他命人寻访米开朗琪罗，并言如他仍愿继续为梅迪契墓工作，他将受到他应受的待遇。孔迪记载——一五三○年十二月十一日起，教皇把米开朗琪罗的月俸恢复了。
瓦尔基更补充这一段故事说：“米开朗琪罗在三件衬衣中缝了一万二千金币在内，而他逃出翡冷翠时并非没有困难，他和里纳多·科尔西尼和他的学生安东尼奥·米尼从防卫最松的正义门中逃出。”
米开朗琪罗从隐避中出来，重新为他所抗拒的人们的光荣而工作。可怜的人所做的事情还不止此呢：他为巴乔·瓦洛里那个为教皇做坏事的工具，和杀掉米氏的好友巴蒂斯塔·德拉·帕拉那凶手，雕塑《抽箭的阿波罗》。一五三○年秋。此像现存翡冷翠国家美术馆。不久，他更进一步，竟至否认那些流戍者曾经是他的朋友。一五四四年。一个伟大的人物的可哀的弱点，逼得他卑怯地在物质的暴力前面低首，为的要使他的艺术梦得以保全。他的所以把他的暮年整个地献在为使徒彼得建造一座超人的纪念物上面实非无故：因他和彼得一样，曾多少次听到鸡鸣而痛哭。
被逼着说谎，不得不去谄媚一个瓦洛里，颂赞洛伦佐和朱利阿诺，他的痛苦与羞愧同时迸发。他全身投入工作中，他把一切虚无的狂乱发泄在工作中。即在他一生最惨淡的几年中，米开朗琪罗的粗野的天性对于一向压制着他的基督教的悲观主义突起反抗，他制作大胆的异教色彩极浓厚的作品，如《鹅狎戏着的丽达》（一五二九——一五三○年间），本是为费拉雷大公画的，后来米氏赠给了他的学生安东尼奥·米尼，他把它携到法国，据说是在一六四三年被诺瓦耶的叙布莱特嫌其放浪而毁掉的。稍后，米开朗琪罗又为人绘《爱神抚摩着的维纳斯》图稿。尚有二幅极猥亵的素描，大概亦是同时代的。他全非在雕塑梅迪契宗室像，而是在雕塑他的绝望的像。当人家和他提及他的洛伦佐与朱利阿诺的肖像并不肖似时，他美妙地答道：“千年后谁还能看出肖似不肖似？”一个，他雕作“行动”；另一个，雕作“思想”：台座上的许多像仿佛是两座主像的注释，——《日》与《夜》，《晨》与《暮》，——说出一切生之苦恼与憎厌。这些人类痛苦的不朽的象征在一五三一年完成了。《夜》大概是于一五三○年秋雕塑，于一五三一年春完成的；《晨》完成于一五三一年九月；《日》与《暮》又稍后。无上的讥讽啊！可没有一个人懂得。乔凡尼·斯特罗齐看到这可惊的《夜》时，写了下列一首诗：“夜，为你所看到妩媚地睡着的夜，却是由一个天使在这块岩石中雕成的；她睡着，故她生存着。如你不信，使她醒来罢，她将与你说话。”
数日后，米开朗琪罗说：“究竟是神在指使我抑是魔鬼在作弄我，我不明白。”
从此，米开朗琪罗勇敢地尽他的职守，直至终局。他重新去就圣米尼亚托的原职，在那里敌人们已轰炸了一个月了；他把山岗重新筑固，发明新的武器，把棉花与被褥覆蔽着钟楼，这样，那著名的建筑物才得免于难。米氏在致弗朗西斯科·特·奥兰达书中述道：“当教皇克雷芒与西班牙军队联合围攻翡冷翠时，这般敌军被我安置在钟楼上的机器挡住了长久。一夜，我在墙的外部覆盖了羊毛袋；又一夜，我令人掘就陷坑，安埋火药，以炸死嘉斯蒂人；我把他们的断腿残臂一直轰到半空……瞧啊！这是绘画的用途！它用作战争的器械与工具；它用来使轰炸与手铳得有适当的形式；它用来建造桥梁制作云梯；它尤其用来构成要塞、炮垒壕沟、陷坑与对抗的配置图……”（见弗朗西斯科·特·奥兰达著：《论罗马城中的绘画》第三编，一五四九年）人们所得到他在围城中的最后的活动，是一五三○年二月二十二日的消息，说他爬在大寺的圆顶上，窥测敌人的行动和视察穹窿的情状。
他相信翡冷翠重新临到了黄金时代，他满以为光明前途得胜了。——实际上，这可怜人在梅迪契宗族重新上台之后却是反动势力的第一批牺牲者中的一个。
九月二十三日，米开朗琪罗到费拉雷地方。在狂乱中，他拒绝了当地大公的邀请，不愿住到他的宫堡中去，他继续逃。九月二十五日，他到威尼斯。当地的诸侯得悉之下，立刻派了两个使者去见他，招待他；但又是惭愧又是犷野，他拒绝了，远避在朱得卡。他还自以为躲避得不够远。他要逃亡到法国去。他到威尼斯的当天，就写了一封急切的信，给为法王弗朗西斯一世在意大利代办艺术品的朋友巴蒂斯塔·德拉·帕拉：“巴蒂斯塔，至亲爱的朋友，我离开了翡冷翠要到法国去；到了威尼斯，我询问路径：人家说必得要经过德国的境界，这于我是危险而艰难的路。你还有意到法国去么？……请你告诉我，请你告诉我你要我在何处等你，我们可以同走……我请求你，收到此信后给我一个答复，愈快愈好，因为我去法之念甚急，万一你已无意去，那么也请告知，以便我以任何代价单独前往……”一五二九年九月二十五日致巴蒂斯塔·德拉·帕拉书。
驻威尼斯法国大使拉扎雷·特·巴尔夫急急写信给弗朗西斯一世和蒙莫朗西元帅，促他们乘机把米开朗琪罗邀到法国宫廷中去留住他。法王立刻向米开朗琪罗致意，愿致送他一笔年俸一座房屋。但信札往还自然要费去若干时日，当弗朗西斯一世的复信到时，米开朗琪罗已回到翡冷翠去了。
他的一番说话把米开朗琪罗的意念决定了。幸他回来了，——很慢的；因为到卢克奎地方去迎接他的巴蒂斯塔·德拉·帕拉等了他好久，以至开始绝望了。他又致书米开朗琪罗，敦促他回 去。十一月二十日，米开朗琪罗终于回 到了翡冷翠。数日前，他的俸给被执政官下令取消了。二十三日，他的判罪状由执政官撤消了，但予以三年不得出席大会议的处分。据米氏致皮翁博书中言，他亦被判处缴纳一千五百金币的罚金充公。
他惯有的恐怖毕竟是虚妄的。可是他在路过卡斯泰尔诺沃时，对前长官卡波尼说了一番惊心动魄的话，把他的遭遇和预测叙述得那么骇人，以至这老人竟于数日之后惊悸致死。据塞格尼记载。可见他那时正处在如何可怕的境界。
疯狂的热度退尽了，在朱得卡静寂的居留中，他仅有闲暇为他的恐怖暗自惭愧。他的逃亡，在翡冷翠喧传一时，九月三十日，翡冷翠执政官下令一切逃亡的人如于十月七日前不回来，将处以叛逆罪。在固定的那天，一切逃亡者果被宣布为叛逆，财产亦概行籍没。然而米开朗琪罗的名字还没有列入那张表；执政官给他一个最后的期限，驻费拉雷的翡冷翠大使加莱奥多·朱尼通知翡冷翠共和邦，说米开朗琪罗得悉命令的时候太晚了，如果人家能够宽赦他，他准备回来。执政官答应原宥米开朗琪罗；他又托斫石匠巴斯蒂阿诺·迪·弗朗切斯科把一张居留许可证带到威尼斯交给米开朗琪罗，同时转交给他十封朋友的信，都是要求他回去的。一五二九年十月二十二日。在这些信中，宽宏的巴蒂斯塔·德拉·帕拉尤其表示出爱国的热忱：“你一切的朋友，不分派别地、毫无犹豫地、异口同声地渴望你回来，为保留你的生命、你的母国、你的朋友、你的财产与你的荣誉，为享受这一个你曾热烈地希望的新时代。”
