一五○五年三月，米开朗琪罗被教皇尤利乌斯二世召赴罗马。从此便开始了他生涯中的英雄的时代。
但这种优遇并不如何持久。尤利乌斯二世的性格和米开朗琪罗的同样无恒。他一会儿热心某个计划，一会儿又热心另一个绝然不同的计划。另一个计划于他显得更能使他的荣名垂久：他要重建圣彼得大寺。是米开朗琪罗的敌人们怂恿他倾向于这新事业的，那些敌人数不在少，而且都是强有力的。他们中间的首领是一个天才与米开朗琪罗相仿而意志更坚强的人物：布拉曼特，他是教皇的建筑家，拉斐尔的朋友。AA布拉曼特（ＤｏｎａｔｏＢｒａｍａｎｔｅ，１４４４—１５１４），意大利文艺复兴时期的建筑师。在两个理智坚强的翁布里亚伟人与一个天才犷野的翡冷翠人中间，毫无同情心可言。但他们所以决心要打倒他，至少是布拉曼特有此决心。至于拉斐尔，他和布拉曼特交情太密了，不得不和他取一致行动，但说拉斐尔个人反对米开朗琪罗却并无实据。只是米开朗琪罗确言他也加入阴谋：“我和教皇尤利乌斯所发生的争执全是布拉曼特与拉斐尔嫉妒的结果：他们设法要压倒我；实在，拉斐尔也是主动的人，因为他在艺术上所知道的，都是从我这里学去的。”（一五四二年十月米氏给一个不可考的人的信）无疑是因为他曾向他们挑战之故。米开朗琪罗毫无顾忌地指责布拉曼特，说他在工程中舞弊。孔迪维因为他对于米开朗琪罗的盲目的友谊，也猜疑着说：“布拉曼特被逼着去损害米开朗琪罗，第一是因为嫉妒，第二是因为他怕米开朗琪罗对他的判断，他是知道他的过失的人。大家知道，布拉曼特极爱享乐，挥霍无度。不论他在教皇那边的薪给是如何高，他总不够花，于是他设法在工程方面舞弊，用劣等的材料筑墙，于坚固方面是不够的。这情形，大家可以在他所主持的圣彼得建筑中鉴别出来……近来好些地方都在重修，因为已在下沉或将要下沉。”那时布拉曼特便决意要剪除他。
他把信寄发了，喊着住在他家里的一个石商和一个石匠，和他们说：“去觅一个犹太人，把我家里的一切全卖给他，以后再到翡冷翠来。”
目击这幕情景的卢克奎主教，和马弁说：“你难道不认识他么？”马弁向米开朗琪罗说：“请原谅我，先生，但我奉命而行，不得不如此。”米开朗琪罗回去上书教皇：“圣父，今天早上我由你圣下的意旨被逐出宫。我通知你自今日起，如果你有何役使，你可以叫人到罗马以外的任何区处找我。”
两个都是强项、伟大的人，当他们不是凶狠地冲突的时候，教皇与艺术家生来便是相契的。他们的脑海中涌现着巨大的计划。尤利乌斯二世要令人替他造一个陵墓，和古罗马城相称的。米开朗琪罗为这个骄傲的思念激动得厉害。他怀抱着一个巴比伦式的计划，要造成一座山一般的建筑，上面放着硕大无朋的四十余座雕像。教皇兴奋非凡，派他到卡拉雷地方去，在石厂中斫就一切必需的白石。在山中米开朗琪罗住了八个多月。他完全被一种狂热笼罩住了。“一天他骑马在山中闲逛，他看见一座威临全景的山头：他突然想把它整个地雕起来，成为一个巨大无比的石像，使海中远处的航海家们也能望到……如果他有时间，如果人家答应他，他定会那么做。”据孔迪维记载。
一五○五年十二月，他回到罗马，他所选择的大块白石亦已开始运到，安放在圣彼得广场上，米开朗琪罗所住的桑塔－卡泰里纳的后面。“石块堆到那么高大，群众为之惊愕，教皇为之狂喜。”米开朗琪罗埋首工作了。教皇不耐烦地常来看他，“和他谈话，好似父子那般亲热”。为更便于往来起见，他令人在梵蒂冈宫的走廊与米开朗琪罗的寓所中间造了一顶浮桥，使他可以随意在秘密中去看他。
他使他在教皇那边失宠。他利用尤利乌斯二世的迷信，在他面前说据普通的观念，生前建造陵墓是大不祥的。他居然使教皇对于米开朗琪罗的计划冷淡下来，而乘机献上他自己的计划。一五○六年正月，尤利乌斯二世决定重建圣彼得大寺。陵墓的事情搁置了，米开朗琪罗不独被压倒了，而且为了他在作品方面所花的钱负了不少债务。“当教皇转变了念头，而运货船仍从卡拉雷地方把石块运到时，我不得不自己来付钱。同时我从翡冷翠雇来的斫石匠们也到了罗马；正当我在教皇支配给我的屋子中安排他们的住处与用具时，我的钱花完了，我处于极大的窘境中……”（前引一五四二年十月的信）他悲苦地怨艾。教皇不再见他了；他为了工程的事情去求见时，尤利乌斯二世教他的马弁把他逐出梵蒂冈宫。
“莱奥纳多面貌生得非常秀美，举止温文尔雅。有一天他和一个朋友在翡冷翠街上闲步；穿着一件玫瑰红的外衣，一直垂到膝盖；修剪得很美观的鬈曲的长须在胸前飘荡。在圣三一寺旁，几个中产者在谈话，他们辩论着但丁的一段诗。他们招呼莱奥纳多，请他替他们辨明其中的意义。这时候米开朗琪罗在旁走过。莱奥纳多说：‘米开朗琪罗会解释你们所说的那段诗。’米开朗琪罗以为是有意嘲弄他，冷酷地答道：‘你自己解释吧，你这曾做过一座铜马的模塑这是隐指莱奥纳多没有完成的弗朗切斯科·斯福尔扎大公的雕像却不会铸成铜马，而你居然不觉羞耻地就此中止了的人！’——说完，他旋转身走了。莱奥纳多站着，脸红了。米开朗琪罗还以为未足，满怀着要中伤他的念头，喊道：‘而那些混账的米兰人竟会相信你做得了这样的工作！’”一个同时代人的记录。
是这样的两个人，行政长官索德里尼竟把他们安置在一件共同的作品上：即诸侯宫邸中会议厅的装饰画。这是文艺复兴两股最伟大的力的奇特的争斗。一五○四年五月，莱奥纳多开始他的《安吉亚里之战》的图稿。这战役是翡冷翠人打败米兰人的一仗。这个题目是故意使莱奥纳多难堪的，因为他在米兰有那么多的朋友与保护人。一五○四年八月，米开朗琪罗受命制作那《卡希纳之战》。亦名《比萨之役》。全个翡冷翠为了他们分成两派。——但是时间把一切都平等了。两件作品全都消灭了。米开朗琪罗的图稿于一五○五年画到壁上，到了一五一二年梅迪契卷土重来时的暴乱中便毁掉了。这件作品只有从零星的摹本中可以窥一斑。至于莱奥纳多的一幅，莱奥纳多自己已经把它毁灭了。他为求技巧完美起见，试用一种油膏，但不能持久；那幅画后来因他灰心而丢弃，到一五五○年时已不存在了。米开朗琪罗这时代（一五○一——一五○五）的作品，尚有《圣母》、《小耶稣》二座浮雕，现存伦敦皇家美术院和翡冷翠巴尔杰洛博物馆；——《布鲁日圣母》，一五○六年时被佛兰芒商人购去；——还有现存乌菲齐博物馆的《圣家庭》那幅大水胶画，是米氏最经意最美之作。他的清教徒式的严肃，他的英雄的调子，和莱奥纳多的懒散肉感的艺术极端相反。
