南朝尚书省机构设置没有太大的变化。省中官吏都是门阀中人，朝廷上的尊官。在中书、门下两省掌握决策、审议职能的情况下，尚书省的权力有所减弱，一般不再当面奏事，也不参与决策中枢的议政，只是以九卿领袖身份处理日常行政事务。不过尚书省毕竟是内外行政事务的汇集处，尚书省令、仆射更是地位尊贵，诸曹尚书“各有恒任”，当皇权有所削弱或新君继位的时候，皇权下的权力中心往往又复归尚书省。
其次是门下省。门下省长官仍为侍中。宋文帝元嘉初年，侍中地位“冠冕一时”(《宋书·殷景仁传》)，权势甚重。以后逐渐受到冷落，大权旁落。南朝又从门下省分立集书省，以散骑常侍为长官，其下有通直散骑常侍、员外散骑常侍、散骑侍郎、给事中、奉朝请等。门下省的主要任务是“封玺书”，即下行诏敕经过门下省审核，画可后付相关机构执行。集书省“省诸奏闻文书，意异者，随事为驳”(《隋书·百官志》)，也就是说，上行文书要经过集书省的审驳。不过门下省也好，集书省也好，南朝皇帝并不授给侍中、散骑常侍以实权。掌握实权的是员外散骑侍郎和给事中。这两个职位往往由中书舍人兼任，所以门下省大权也归于“恩幸”之手。直到隋朝，集书省才又归并于门下省。
此外，南朝职官有清浊之分。当时所称的清官、浊官与后世清官、贪官不是一回事。清官，指职务清要的官位；浊官，指武职或职务繁杂的官位。由浊入清，则是官员们所企盼的。这种官分清浊的现象，在北朝也同样存在。
南朝官制也有不同于魏晋之处。下面分别加以叙述：
陈朝官制承袭梁朝，变动极小，唯品秩立为九品。如尚书令为一品，中书监为二品，侍中、散骑常侍、御史中丞三品，郡太守五至七品，县令、长八至九品。
南朝，指东晋之后偏安江左的四个王朝，即宋(公元420—479年)、齐(公元479—502年)、梁(公元502—557年)、陈(公元557—589年)。从形式上看，南朝官制基本沿用魏晋制度，所以《隋书·百官志》上说：“魏晋继及，大抵略同(指与东汉官制)。爰及宋齐，亦无改作。梁武受终，多循齐旧。陈氏继梁，不失旧物。”但从官员实际权力的运作看，又有明显的变化。变化最大的是中书省。自刘宋以后，中书监、令虽仍由门阀士族出身的官员担任，但实权逐渐转移于中书舍人。这是因为南朝建国的几个皇帝都是寒门出身的武将，对士族出身的尊官无法指挥，不得不引用寒门出身、地位较低的中书舍人，寄以腹心之任。所以，宋、齐、梁、陈四朝的中书舍人号为“恩幸”，拥有很高的权威。中书舍人往往又兼任员外散骑侍郎、给事中，这样，中书、门下两省皆在“恩幸”的掌握之中。故清朝学者赵翼概括南朝官制的特点是“寒人掌机要”(《廿二史札记》卷八)。这一特点反映了当时社会士族衰落，寒族崛起的趋势。
齐朝官制变化更小。《南齐书·百官志》说：“齐受宋禅，事尊常典，既有司存，无所偏废。”只是设官比刘宋更为繁密。官秩用九品制，但州刺史仍称二千石。
梁朝官制较刘宋、萧齐变化为多。梁武帝在选用官吏上，宗室、士族、寒族并用，使官员的数量大大增多。显著的变化有四个方面。第一，梁武帝鉴于宋、齐用典签官监临诸王，权力虽然集中于皇帝之手，但骨肉相残，政局不稳，于是取消了典签官监临诸王的体制，使诸王成为握有实权的镇将。第二，诸卿按春、夏、秋、冬划分，共十二卿。春卿是太常卿、宗正卿、司农卿。夏卿是太府卿、少府卿、太仆卿。秋卿是卫尉卿、廷尉卿、大匠卿。冬卿是光禄卿、鸿胪卿、大舟卿(原都水使者)。第三，宫职中大长秋掌管宦者。太子宫增设东宫常侍，例由散骑常侍兼领。第四，职爵秩繁杂。梁朝除王之外，实行公、侯、伯、子、男五等爵制。官员等级以品级与禄秩并行。天监七年(公元508年)，又定百官九品为十八班。如丞相、太尉等为十八班，尚书令为十六班，中书监为十五班，御史中丞为十一班，郡太守为十班，县令、长为七班。武职将军号一百二十五种，分为十品、二十四班。不入十品的将军，另分为八班，共有名号十四种。普通三年(公元522年)，又置将军号一百种。大通三年(公元529年)经修改颁为定制，凡将军名号二百四十二个，三十四班。这种班与俸禄、官职关系不大，只作为官员升降的顺序。
刘宋设官，虽大略如晋，但所设将军名号比东晋要繁杂得多。带将军称号不一定统军，中央要职及地方军政长官通常都有各种将军头衔，将军称号成为较高地位的一种标志。中央派往各地的镇将不用士族，改由诸王充任，皇帝则另派自己的亲信充典签官，代镇将掌实权或分掌实权，并监视镇将的举动，称作“签帅”。在地方的建置上，刘宋王朝省去许多侨郡、侨县。在少数民族地区设中郎将、校尉等官，如平越中郎将、西戎校尉、南蛮校尉、宁蛮校尉等。在划分官员的等级上，官品(九品制)与禄秩(石)并用，但高低往往不相应合，较为混乱。
