到这时，胡亥才猛然醒悟过来，原来赵高说的天下太平竟是谎言，现在天下已经乱得要亡国了，胡亥言谈之中对赵高很是不满。原来就有篡位之心的赵高干脆先动手了。
李斯惟恐胡亥听从赵高的话，自己失宠，于是写了一篇文章《行督责之术》，向胡亥献出了独断专权、酷法治民的治国方法。即用督察与治罪的方式来巩固中央集权，镇压百姓的反抗与违法。李斯的策略代表了他的法律观念，后来秦朝的灭亡宣告这种法家思想的历史性破产。
除了兄弟姐妹，胡亥对其他不听话的文武大臣也不放过。首先迫害的是蒙恬兄弟俩，开始胡亥想继续用他们兄弟俩，但赵高害怕他们对自己构成威胁，就向胡亥造谣说，秦始皇原来曾想立胡亥做太子，但蒙恬的兄弟蒙毅极力阻止，秦始皇这才打消了立他做太子的念头。胡亥却信以为真，不但没有释放蒙恬，还将蒙毅也囚禁在代郡（现在河北省蔚县东北）的监狱中。后来，胡亥派使者逼蒙毅自尽，然后又派人到陽周的监狱中逼蒙恬自杀，蒙恬开始不肯，声辩说要见胡亥，请他收回诏命，使者不许，蒙恬见生还无望，只得服毒自尽。
胡亥死时只有二十三岁，皇帝也仅仅当了三年，后来以黔首（即百姓，因为秦朝崇尚穿黑衣）的礼节埋葬了他，墓地在杜南（现在西安西南）的宜春苑中。秦二世胡亥和秦始皇嬴政一样没有后来皇帝的谥号和庙号，这是因为秦朝实行中央集权制，维护君主的绝对权威，禁止臣下对君主议论评价，到了汉朝，随着治国思想由法家变成儒家，谥号和庙号也就出现了。
对于李斯这个原来的盟友，赵高也没有放过，借胡亥之手除掉了这个对手。赵高设计使胡亥对李斯不满，然后又找机会向胡亥诬陷了李斯三个罪名：一是李斯原来参与了拥立胡亥即位，但后来总抱怨自己不受重用，想和胡亥分土做王。二是李斯的儿子李由做三川郡守，而陈胜作乱经过三川郡时，李由却不积极镇压，因为他和陈胜是邻县的同乡。听说李斯和陈胜他们也通过讯息。三是李斯作为丞相，权利过大，超过了皇帝，但还不满足，似乎有异心。
李斯权衡利弊，终于和赵高走上了同一条不归之路。
但二世胡亥根本不相信，只喜欢听天下太平的好话。在一次讨论是不是发兵平定起义时，胡亥竟然不同意有"反叛"的事，发兵当然也就没什么必要了。叔孙通了解胡亥，便说："他们说的天下反叛根本就不对，先皇早已经拆毁了城墙，熔铸了天下兵器，有您明主坐堂，有严明法令行于天下，国家安定，人民富足，谁还会造反呢？现在陈胜这些人只不过是几个盗贼而已，地方官正在积极追捕，请陛下尽避放心就是了。"
苛政超过其父
胡亥坐上帝王宝座之后，一心想享乐一生，有一次他对赵高说："人这一生就像飞奔的马过墙的缝隙一样快，做了皇帝，我想尽心享乐，爱卿你看呢？"这正合赵高心意，从此讨好胡亥享乐，自己更大胆地专权。
赵高的陰谋之所以得逞，李斯的作用不容忽视。赵高深知李斯的地位对他立胡亥能起到举足轻重的作用。于是设法说服了李斯。
指鹿为马，赵高逼死胡亥
胡亥的即位完全是赵高为了自己专权而一手策划的，在秦始皇的众公子中，胡亥论才干绝对不够即位的资格。他的长兄扶苏是最优秀的，秦始皇也将他作为继承人来培养，虽然秦始皇并不是很喜欢他。为了增长他的治国经验，派他到北面的边境上和蒙恬一块戍守。
赵高虽然大权在握，但他也害怕大臣们联合起来反对他，为了试验大臣对他的真实态度，赵高精心策划了一起在此后历史上遗臭万年的政治事件：指鹿为马。
扶苏听了诏书，流着泪想要自刎，蒙恬毕竟比他有些经验，劝他向皇上申诉，如果属实再自刎也不晚，但扶苏却说："父皇让我死，还有什么可申诉的呢？"说完含泪自尽。而蒙恬却据理力争，不肯自裁，使者见他不听从诏命，就将他投入陽周（现在陕西子长北）的监狱里。
胡亥的公子哥的形象加上赵高的教唆，使他在邪路上渐渐地越走越远。赵高本是宫中的一个太监，但他也有一些才干，如精通刑法，不但身高力气大，字也写得很好，深得秦始皇的宠信，一直提拔他做了车府令，负责皇帝的车马仪仗。为了巴结胡亥，赵高经常教胡亥书法和如何断案，加上赵高的三寸不烂之舌，将胡亥牢牢地控制住，一切听他指挥，这是以后赵高鼓动胡亥篡位的基础。
残害兄弟姐妹和忠臣
赵高不慌不忙地说："李丞相，您最好好好考虑一下，在朝中，您的功劳能和蒙恬相比吗？您的威望、您的计谋能和蒙恬相比吗？况且，扶苏对您的信任也没有对蒙恬的深，假如扶苏即位，那丞相的职位肯定就是蒙恬的了，哪还会有您的地方。丢掉丞相倒是小事，身首异处也不是没有可能。您还是好好想想吧，命运就掌握在您自己的手里。"
而胡亥在秦始皇的儿子中是出名的纨绔子弟，没有什么帝王儿子的风度。有一次，秦始皇设宴招待群臣，让儿子们也参加。胡亥也遵命赴宴，但他不愿和大臣们循规蹈矩地在父亲面前喝酒，早早吃饱了便借故退席了。在殿门外整齐地排列着群臣的鞋子，因为按照当时秦的规定，大臣进入宫殿时必须将鞋子脱下放在殿门外。参加酒宴的群臣的鞋子摆放得整整齐齐，这却成了胡亥胡闹的道具。他借着酒劲，边走边随意地将群臣的鞋子踢得横七竖八。人的言行是一致的，后来胡亥做皇帝治理天下，结果就像他原来踢鞋一样把国家"踢"得乱七八糟，最后乱得连自己的性命也搭进去了。
胡亥听了赵高的话，想抓李斯，但又没有真凭实据，就先派人监视李斯。李斯听到消息，就上书揭发赵高的劣迹。胡亥却不肯相信，反而将书信给赵高看。赵高知道和李斯是你死我活的斗争，就进一步地罗织罪名诬陷李斯。胡亥将李斯抓捕，交给赵高负责审理。赵高自然不肯放过这个难得的机会，对李斯用尽了酷刑，逼李斯认罪。李斯无法忍受酷刑折磨，只得屈打成招。赵高拿着李斯的供词上报胡亥，最后，李斯在公元前208年，即胡亥即位的第二年，被处以极刑：先是黑京面（即在脸上刺字，是秦朝的一种侮辱刑），然后劓（即割鼻子，也是秦的一种酷刑），砍断左右趾（即砍掉左右脚），又腰斩（拦腰斩断），最后是醢（音海，即剁成肉酱），这在当时是最为残忍的一种处死方式，叫做"具五刑"，即用五种刑罚处死。李斯的一家也同时被杀。赵高后来也为自己的残忍付出了代价：两年后被秦王子婴诛杀。
对其他的大臣，胡亥在赵高的唆使下，也大开杀戒。右丞相冯去疾和将军冯劫为免遭羞辱而死，选择了自尽。在杀死大臣的同时，赵高将自己的亲信一个个安插进去，他的兄弟赵成做了中车府令，他的女婿做了都城咸陽的县令，都是要职，其他朝中的要职也遍布赵高的党羽。胡亥只知道自己享乐，对赵高的这些陰谋动作毫无防备，最终死在了赵高之手。
胡亥此时并不了解天下的真实情况，等到陈胜的军队逼近了都城咸陽，他这才着了急，听从了章邯的建议，让他率领释放的骊山刑徒出战迎敌。这些刑徒常年从事体力劳动，身体强壮，刚刚被释放，士气很高，在勇将章邯的率领下，初期打了很多胜仗，战胜了陈胜和项梁的部队，但后来，项羽破釜沉舟与章邯决战，使章邯作战失利，章邯向胡亥求救兵增援，又被赵高猜疑拒绝发兵。走投无路的章邯最终投降了项羽。章邯一走，秦的军队便不堪一击，秦朝江山危在旦夕。
杀了许多朝中的大臣，赵高还不满足，又寻找机会唆使胡亥对地方官吏也下毒手。在胡亥即位的第二年，即公元前209年年初，胡亥效法自己的父亲秦始皇，也巡游天下。南到会稽（现在的苏州），北到碣石（现在河北昌黎北），最后从辽东（现在辽宁的辽陽）返回咸陽。在巡游途中，赵高陰险地对胡亥说："陛下这次巡游天下，应该趁机树立自己的威信，把那些不听从的官吏诛杀，这样您才能有至高无上的威信。"胡亥不问青红皂白，就连连下令诛杀异己，结果弄得大臣们惶恐不安。赵高实际上把年轻无为的胡亥当成了扩张自己权势的工具。
在胡亥的众兄弟当中，死得名声好一点的是公子高。他眼看着兄弟姐妹们一个接一个被胡亥迫害致死，知道自己也难逃厄运。但逃走又会连累家人，于是下决心用自己的一死来保全家人的安全。他上书给胡亥，说愿意在骊山为父亲殉葬。胡亥很高兴，又赐给他十万钱。
秦始皇最后一次出巡时，胡亥也随行，当时他二十来岁，仍是个公子哥。秦始皇病死后，受到赵高的蛊惑，和赵高、李斯一起改了秦始皇立长子扶苏继承帝位的遗诏，自己登上了本不属于他的帝位，结果也走上了一条不归路。
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赵高对李斯说了他的打算，李斯却一口回绝。
有赵高才有帝位
胡亥屠杀自己兄弟最残忍的是在咸陽市（市即古代城市中的商业区）将十二个兄弟处死。另一次在杜邮（现在陕西咸陽东）又将六个兄弟和十个姐妹碾死，刑场惨不忍睹。将闾等三人也是胡亥的兄弟，最终也被逼自尽。他们三个人比其他兄弟都沉稳，胡亥找不出什么罪名陷害，就关在了宫内。等其他许多的兄弟被杀后，赵高派人逼他们自尽，将闾他们对来人说："宫廷中的礼节，我们没有任何过错。朝廷规定的礼制，我们也没有违背，听命应对，我们更没有一点过失，为什么说我们不是国家忠臣，却要我们自裁？"来人答道："我不知道你们为什么被定罪处死，我只是奉命行事。"将闾三人相对而泣，最后引剑自刎。
秦二世胡亥是秦朝的第二个皇帝，也是最后一个，他使秦始皇希望皇位传万世万代的的好梦彻底破灭了。
在公元前207年，即二世三年，在一次朝会上，赵高弄来一只鹿作为礼物献给胡亥，对胡亥说这是一匹好马。胡亥听了不禁笑出了声："丞相怎么开这样的玩笑，这明明是只鹿，你怎么说是马呢？"赵高仍然坚持说是马，胡亥便问在场的大臣们。大臣们因为害怕赵高的权势，又不知道赵高葫芦里卖的什么药，很多人便随声附和着说是鹿。其他人有的说是鹿，有的装聋作哑。事后，赵高便根据大臣们的不同说法区别对待：说是鹿的人一律找借口杀死，说马的人则被当成自己一派的人。
有了赵高的支持胡亥还不放心，又向李斯询问如何才能长久地享乐下去。他对李斯说："我听韩非说过，尧治理天下的时候，房子是茅草做的，饭是野菜做的汤，冬天裹鹿皮御寒，夏天就穿麻衣。到了大禹治水时，奔波东西，劳累得以致大腿掉肉，小腿脱毛，最后客死异乡。做帝王如果都是这样，难道是他们的初衷吗？贫寒的生活大概是那些穷酸的书生们提倡的吧，不是帝王这些贤者所希望的。既然有了天下，那就要拿天下的东西来满足自己的欲望，这才叫富有天下嘛！自己没有一点好处，怎么能有心思治理好天下呢？我就是想这样永远享乐天下，爱卿你看有什么良策？"
胡亥听了，满心欢喜，直夸叔孙通说得好，然后他又问其他人，有的说陈胜是"盗贼"，有的则说是"造反"。说"盗贼"的没有事，说"造反"的就治罪，因为说"造反"等于说天下大乱。治罪的罪名是"非所宜言"罪，就是说了不应该说的话，这种罪名是一种典型的封建专制刑法，秦朝后来虽然灭亡了，但后来的很多朝代都继续沿用了这种罪名来维护君主专制制度。
这件事过去后，赵高没事了，胡亥却有事了：他以为自己得了迷惑病。于是叫来太卜掐算，太卜却瞎说是因为他祭祀时斋戒不好引起的。胡亥便到上林苑里重新斋戒，开始还能坚持，后来又享乐开了。后来，胡亥将误入苑中的人当场射死，赵高知道后又借题发挥，先是让他的女婿阎乐上奏说，不知谁杀了人，将尸首扔到了苑中。然后赵高又装模做样地对胡亥说，皇帝因为是天子，所以射死了无罪的人要受上帝惩罚，也就是天子的老子的惩罚，同时鬼神会奉命降灾的。胡亥很害怕，赵高趁机叫他到别处的行宫去暂时躲一躲，胡亥很听话地就走了，赵高在朝中俨然皇帝一般。
做皇帝后，对其他众多的兄弟姐妹更是残忍有加，毫无人性。
赵高的女婿阎乐领着上千人，假称抓捕盗贼，直闯胡亥的行宫，最后胡亥抽剑自刎，死在最宠信的奸臣赵高之手。
有了李斯的主意，胡亥便肆意放纵自己的欲望。他继续大量征发全国的农夫修造阿房宫和骊山墓地，调发五万士卒来京城咸陽守卫，同时让各地向咸陽供给粮草，而且禁止运粮草的人在路上吃咸陽周围三百里以内的粮食，必须自己带粮食。除了常年的无偿劳役外，农民的赋税负担也日益加重，最终导致了陈胜吴广起义的爆发。有了第一个，其他起义相继在各地爆发，被秦国灭掉的六国后裔们又重新打出六国的旗号反秦，各地称王割据的不计其数，陈胜的属将之一周文领兵十万直奔函谷关而来，秦的末日终于到了。
赵高为了达到自己彻底专权的目的，对胡亥说了一大通很有"道理"的话，大意就是说胡亥年轻，经验不足，而且皇帝也应该少和大臣们见面，以免在大臣们面前暴露自己的弱点。如果能居住深宫中听取赵高他们的汇报，有他们这些"栋梁之才"来辅佐，那国家会治理得更好。胡亥一听有道理，而且他也愿意呆在后宫中享乐，从此，朝中大小政事都由赵高一人来独断专行。
胡亥登上帝位之前就害死了自己的哥哥扶苏。胡亥和赵高、李斯一起伪造了诏书送到在北面边境戍守的扶苏和蒙恬处，假诏书斥责扶苏和蒙恬戍边十几年，不但没立战功，相反还屡次上书肆意非议朝政。扶苏更是对不能回京城做太子而耿耿于怀，怨恨不已，所以对扶苏赐剑自刎。蒙恬对扶苏的行为不进行劝说，实为对皇帝不忠，也令自尽。
