预示未来的想法从一开始就带来一个问题。阿盖尔相信，进化可以预示物种未来的需求，并且恰当地指导着变异的产生。他问道，我们怎么能够知道退化器官是曾经有用的结构的痕迹呢？也许它们实际上是即将为未来所用的器官的初始阶段。这是阻碍科学艰难地获得科学界尊重的一大障碍。经验表明，自然的发展通过以过去控制现在的方式来运行，而不能根据现在来确定未来的目标；而且科学家无法接受按照阿盖尔的观点可能重新明目张胆引入的目的论。当华莱士发出挑战时，阿盖尔仍坚持认为他并没有重新引入超自然的控制；造物主只是通过法则、而不是通过奇迹来起作用的。然而其中包括了未来目标、且这种目标又是造物主来选择的观点，在科学上并没有什么意义，因为只有从超自然的角度才能解释这种目标。
米伐特提出，进化的发生是经历了一系列突然的突变，每一次突变都促使物种沿着预定的路径向前迈进明显的一步。同样的思想正是欧文“衍生”理论的基础（Owen，1866-1868，vol.III）。有些人由于赞同了这种假设中的突变，因此认为达尔文主义者所研究的日常变异与真正的进化过程无关。或许这些变异是偶然原因所致；但是他们可能是另一种变异，是不连续的，而且是沿着一种预定的路径进行的，只有当压力要求物种进入到其发展的另一个阶段时，才能表现出来。这种观点也有利于博物学家保留他们的物种是真正实体、每一种物种都是造物主设计道路中的一个阶段的传统观念。
达尔文本人也曾倾向于这种思路（Gillespie，1979）。他通过将苦难与生而很适应物种的幸福作了比较，从而降低了生存斗争引起的苦难程度。但是还是有人会提出一些拙劣的问题。为什么应该存在淘汰的过程？造物主是很谨慎的，难道他不能设计更人道的进化机制吗？而且整个进化的方向是像格雷暗示的那样有目的吗？存在着使其他生物蒙难的寄生生物这一现象表明，自私是引导适应的唯一力量，并不存在道德的目的。达尔文怀疑神学家能否将这种凄惨的现象归因于上帝直接操纵的过程。即使承认宇宙是由怀有目的的造物主创造的，那么最好还是相信造物主没有办法预定或控制他最终设计实现的细节。
一般说来，拉马克主义者反对斯宾塞提出的人类行为是按照自由竞争方式调节的观点。他们也希望人类的未来是走向进步，但是他们相信，最好是通过相互协作的政治体系来实现这一点，在这个体系中，文明人最好的理想可以通过国家控制的教育传播到每一代。人应该对自己未来的发展负责，而不是盲目地遵循自然的引导。拉马克主义的进步观点与斯宾塞（他本人在生物学上赞成拉马克主义）进步观点的不同之处只是在于，拉马克主义认为人类的意识可以发现进化发展目标的真正性质。斯宾塞之所以选择了自由竞争的观点，主要是因为他认为由于人类过于迅速的干涉，不可能达到这个目标，也就是说，社会发展的过程是复杂的，最好是按照自然的缓慢过程进行。相反，一些拉马克主义者，比如科普，相信人类的意识已经达到了一个新的认识水平，人们可以认识到造物主指导进化所要实现的目标。因此人类能够通过教育方式，人为地指导后代的性状，这样来左右进化和加速实现这个目标。
自由主义基督教徒们，则并不坚持认为道德价值一定要有先验的来源，而是提出物质世界的进步性质是上帝精心计划中的一个部分，上帝要教导我们如何去行动。他们可能不会同意斯宾塞的伦理学，但是他们想重新确保看到他们自己的价值得到了自然界的支持（Moor e，1985a，1985b；Livingstone，1987）。有些人试图重新发扬传统的价值，他们提出，进化本身的驱动力并不是斗争，而是要求生物之间进行合作。反达尔文主义者所采纳的价值观，常常与斯宾塞的价值观没有太大的差别。拉马克主义者所信奉的个体生物的主动要求决定了进化成功路径的观点，与斯宾塞的观点非常相似，但是这种思想并太不符合斯宾塞本人的获得性遗传是进化主要机制的思想。多数拉马克主义者并不相信自由竞争的残酷道德，他们选择了可控状态的慈悲；但是他们却轻率地将“低等”种族描述成在自然中无法前进的类群（第十章）。拉马克主义者和斯宾塞都从自然界中看到了他们自己的价值，然后他们都认为他们自创的宇宙观可以确保这些价值是坚实的。唯物论者和自由主义神学家的异曲同工，可能只会使某些基督徒更加害怕那些神学家已经背叛了真正宗教的原因。
华莱士早期的人类进化观符合达尔文的理论，但是在19世纪60年代，他开始怀疑单凭自然选择就能导致一定性状的出现。有意义的是，这种情况发生在他开始对唯灵论感兴趣的时候，唯灵论致使他提出我们人类具有独立于身体的灵魂能力（Smith，1972；Kottler，1974；Turner，1974）。他在题为“自然选择在说明人类时的局限性”一文中表达了他的疑虑（见Wallace，1870）。他相信，即使我们的一些体质特征，比如缺少体毛，并没有什么生物学上的优势，而且不可能是由于选择发展而来的。许多心智特性同样是没有什么用途的，我们尤其会想到我们的早期人类所具有的一些原始文化状态。例如，具有音乐感或能够进行抽象的数学计算有什么用？选择论者除非可以表明这种特性在原始野蛮人中的用途，否则他就得承认不能自然地解释这些特性的起源。华莱士与许多他的同代人不同，他相信现代的原始人在心智上与白种人是一样的，但是，他却坚持认为，现代原始人不会使用他们已经具备的较高能力。如果他们的生活方式是从更早期的人类文化中继承下来的，那么我们的祖先同样不会从获得这种能力中获益。因为自然选择不能发展出不是一直使用的能力，所以华莱士得出结论，在人类的进化中，一定是某些超自然的因素控制了关键的阶段。
格雷通过捍卫自然选择学说，通过赞成一种功利主义的自然观，强调了适应是由于神的力量影响了进化所致。但是那些想以有神论进化观积极取代自然选择机制的人，却率直地宣称，只是利用建立在适应基础上的机制，并不能解释自然的所有方面。结果，他们又复活了唯心论的存在着上帝设计论据的观点，也就是说，他们相信对世界中的图景或和谐不能作出自然的解释，而是要援引造物主的意愿（Bowler，1977a，1983）。圣乔治·杰克逊·米伐特宣称（第七章），对于进化各个分支所表现出来的相似性无法进行自然的解释（Mivart ，1871；Gruber，1960）。米伐特坚持认为，这种平行发展一定是由于造物主事先确定了生物按照一定的方向进化的缘故。生理学家威廉·本杰明·卡彭特试图从较小的尺度出发，通过正微小的海洋生物有孔虫壳进化的规则格式，来支持这一信念（Carpenter，1888）。这个领域最流行的作家之一，阿盖尔公爵，在他的《法则的权威》（Argyll，1867）中提出，对于有些动物所表现出来的美，不能用纯自然的原因来解释。例如，有些蜂鸟所展示的颜色，即使对于寻找配偶来说，也是没有什么用的。阿盖尔坚持认为造物主想到了美，而且在他控制进化过程中有意地表达出这一点。
美国古生物学家爱德华·德林克·科普强调的拉马克主义是其中允许生命决定自己命运的部分。生物并不是在环境中幸免遇难的机械傀儡，相反，生物能够通过选择适应新的生命方式，对任何挑战作出回应。这样，传统观念中由外在上帝挑选的成分，就转变成上帝注入到自然界中的生命力。按照科普的观点，意识本身就是进化的驱动力，这种力量通过锻炼其挑选的能力，不断地将生物抬升到新的高度。然而实际中的获得性遗传机制，即生物身体对新的生命方式的适应，似乎要满足科学自然论的要求，这样才能协调科学与神学。对于科普这样的博物学家来说，建立新形式基督教进化论的基础是，认为普遍存在生命在其自身驱动下向着造物主预定的目标前进的现象。
格雷似乎在暗示，保持适应的任何机制的存在，都是证明上帝设计的证据。但是对于自然选择来说，就很难也这样认为了，自然选择使自然界的整个部分都经受了磨难。佩利曾经试图化小动物经受苦难的程度，但是，许多人开始相信，不可能轻易地忽视这些罪恶，而且人们开始怀疑造物主是仁慈的。格雷试图占据有利的地位，他提出，自然选择至少解释了所有这些苦难的目的。本质上只有淘汰不适者才能确保生物的进化，才能实现上帝的目的。苦难并不是自然活动的主要基础，而是理性的造物主使他的设计物必须经历法则控制过程的可以原谅的副产品。
格雷由于提出上帝多少会影响变异的过程，因此事实上又转向一种有神论或上帝设计的进化论。其他关心保持上帝与自然联系的科学家更加明显地走的是同一条道路。查尔斯·赖尔最后转向了进化论，但是他并不赞成自然选择学说，相反，他提出一定是神的力量控制着进化的过程（Lyell，1863）。解剖学家理查德·欧文一直就怀疑奇迹的发生，而且，虽然他写过一篇充满恶意的评论批评《物种起源》（Owen，重印于Hull，1973b），但是他在他的《脊椎动物解剖学》（Owen，1866-1868）中也提出了进化论，他认为进化是神的计划的实现。埃尔加通过对当时流行出版物的研究（Elleg？rd，1958），揭示出在科学界以外，有很多人支持进化论。
中心问题是人类心智和道德属性的性质。按照传统的观点，精神世界被视为灵魂的特征，而灵魂与肉体只是暂时结合在一起。与其他宗教不同的是，基督教一直强调其他动物没有精神特征。如果承认生物的进化，那么就会取消人与动物之间的界限，人类的所有特性都将成为自然界的组成部分。为了维护我们人类的独特地位，我们既要否定进化的发生，又要提出在通向人类的进化分支中发生过一些特殊的事情。如果没有了与造物主的独特关系，就必须重新评价人类的状态，而且要从我们位于进化的前头这一点中来认识我们存在的意义。从本质上说，达尔文及其他进化论者所面临的问题是，要提出一种文化上可以被人接受的观点，来解释自然是如何产生出人类心灵所具有的高贵特性（R.J.Richards，1987）。
对于我们人类只不过是高等的猿这一观点，保守的思想家从一开始就感到害怕。从两个达尔文最密切的支持者赖尔和华莱士不赞同对于人类的起源作机械论解释这个事实，可以看出在这个问题上情感上的浓厚色彩。虽然赖尔最先在他的地质学中提出了物种起源的问题，但是他对于将来有可能将人类贬斥的与动物之间联系起来感到烦恼（Bartholomew，1973）。赖尔至少在他的《远古的人类》（Lyell，1863）一书接受了进步论者的化石记录观，并且承认了达尔文的理论是合理的，但是他坚持认为人类的起源需要发生突然的跳跃，从而使生命上升到一个全新的台阶。达尔文曾经写道，赖尔书中的这种观点使他感到不快。他看不出来使一般性的联系进化规律出现例外的理由，除非是为了捍卫传统的人类独特性观点。然而，赖尔依然对这个问题感到苦闷，后来他赞同了华莱士所宣称的人类的创生需要超自然的因素干涉进化过程的观点。
进化与人
唯一的替代方式就是认为设计不是由于神的不断作用，而是由于在生命创造之初就已经预先将上帝的设计注入到生命中。格雷就持这种思想，他认为，上帝利用自然法则来完成他的计划，就像台球运动员根据运动法则来进行击打台球一样。人们怎么能够相信在最初的生命形态中包含了用以产生以后上百万年进化史中每一种变化的足够信息呢？然而，任何将进化的细节归因于神的计划的企图，都不免要提出寄生物及其他令人不快生命类型的产生是由于造物主缘故的问题。有神论进化论者试图认为自然的这个方面微不足道，但是正是这种看法本身，使得科学界疏离了有神论进化论。
密切的体质上的相似昭示了进化上的联系，但是对此仅用化石记录还无法证实。于是赫胥黎转而利用古代的人类标本，以期发现人们所称的“缺失的环节”。他当然知道人类不可能来自现存的大型猿类。达尔文的理论只是预测人与猿有共同的祖先，该祖先可能具有一般的似猿特征；但是该祖先与任何现代的猿都不一样，因为现代的猿已经经历了适应森林生活的特化。早期人类的形态中保留了他们动物祖先性状的痕迹吗？直到最近，甚至像赖尔这样激进的地质学家都坚持认为不存在真正的古代人类化石。而这时赫胥黎至少可以利用两个化石——恩吉斯人头盖骨和尼安德特人头盖骨——进行研究，以了解人类的进化（Eiseley，1958；Leakey and Goodall，1969；Reader，1981；关于原始人资料的收集，见Leakey an d Prost，1971）。自从1833年起，就已经知道了恩吉斯人头盖骨，但是他们的真实年代有待识别。对于赫胥黎的目标不利的是，恩吉斯人头盖骨显然与现代人的头盖骨没有什么差别。他认识到，如果还是无法揭示出人类进化的真实故事，那么就得将我们的祖先追溯到更久远的年代。
初看起来，尼安德特人的头盖骨似乎更像我们祖先的头盖骨。这个头盖骨是1856年在德国发现的，很像大型猿。它有厚厚的眉弓，与猿的眉弓很相似。有些博物学家认为这是一个病理的标本，是一种变形的生物，或者是白痴，或者是野人。还有一些人则坚持认为，即使利用这个标本，也有助于阐明人类的起源，因为这种变形类型可能是返祖现象，即回复到人类历史的早期阶段。赫胥黎不承认这个标本是病理标本，后来发现的许多类似的遗迹，证实了他的观点。他发现，正是眉弓使尼安德特人的头盖骨成为他所见过的最似猿的人类头盖骨，不过他是被迫承认尼安德特人〖HTH〗已经是〖HTSS〗完全的人了。像任何现代人头盖骨一样的脑容表明，尼安德特人的脑和我们的脑一样大。他可能并不是人类与人们所假定的小脑袋动物祖先之间的联系环节；他们这些曾经生活过的种族，的确与现代人的平均特征有区别。
虽然有关进化论对宗教影响的争论很激烈，但是我们也应该看到，事实上，自然发展的基本观点从一开始就对于西方文化的许多方面都带来影响（Himmelfarb，1959；Russett，1976；Oldroyd and Langham，1983）。特别是小说家，他们很快吸收了这种新科学中的含义，许多现代的学者都引用他们的著作来证明进化论对维多利亚时代生活的影响。最初，许多虚构作品的作家，都将达尔文主义的出现描述成造成他们所处社会紧张的根源，当然，后来随着进步进化概念的逐渐流行，这种态度已经愈发稀少了（Henkin，1963）。这样，极少数的小说家成了气压计，他们记录了在19世纪后期进化论吸收了普遍进步的乐观成分的情况。更有创造力的作家则利用了进化论以不同方式所造成的张力（Beer，1983；Morton，1984）。乔治·艾略特的小说表明人们清楚地认识到达尔文将自然想象成一个复杂、不可预测的系统，而托马斯·哈代对于生物学控制着人类的命运，则表现出一种悲观的情绪。萨缪尔·巴特勒也认识到达尔文世界观的残酷方面，而且最后他公开发表文章支持新拉马克主义。
第一次从进化论的角度论述这个问题的是T·H·赫胥黎的《人在自然中的位置》（1863，重印于Huxley，1893-94，vol.VII）。赫胥黎已经与欧文就人类与猿的相似性问题上发生了争议。欧文捍卫居维叶将人和猿分成两个不同目的做法，即分成二手类和四手类。之所以认为猿是“四手”，是因为它们脚的功能很像人类的手。欧文还宣称，人脑中的有些部分在猿的脑中根本就没有。赫胥黎在这一点上不同意欧文的观点，他在《人在自然中的位置》一书中继续阐释了他的看法。他表明，居维叶和欧文都夸大了猿中脚和手的相似性。而且欧文未能发现猿脑中的某种特定结构，这主要是他依赖于人工保存的样品。总而言之，赫胥黎提出，人类的体质特征决定了他显然是和大型猿这种动物属于同一个目，今天人们将这个目叫做灵长目。
并非所有的科学家都赞同这种新唯物论，这一事实让我们认识到，在研究达尔文主义与宗教的关系时，需要采取一种灵活的态度。这种复杂的情况常常被来自科学和宗教两个方面的狂热者弄模糊了，他们坚持认为科学与宗教一定要发生冲突。的确有一个激进的唯物论团体试图充分探讨达尔文主义的反宗教含义，不过这是一种极端的立场，它并不代表许多科学家和神学家的观点（Greene，1961；Moore，1979；Durant，1985）。就如同生物学家愿意接受的自然论世界观不同一样，神学家愿意融合到他们思想中的进化论程度也不一样。只有为数不多的人顽固地坚持不与一种新理论妥协。由于相信神奇力量创造出的物种是绝对固定不变的，因此他们坚持存在只有人的心灵可以感知的神定真理这个传统的观念。少数极端保守的生物学家，包括路易斯·阿加西和J.W.道森，一直在坚持这种观点（OBrien，1971；Cornell，1983）。矛盾的是，少数虔诚的开尔文教人士却愿意完全采纳达尔文的理论，包括自然选择学说（Moore，1979）。对他们来说，一种其含义可能令人困惑的理论——认为在法则的严格作用下，并不确保进步——可以与基督教的人是堕落的生物、其救赎要依靠世界之外力量的观点相吻合。
拉马克主义所强调的协作，并不止是旨在反对具有自由竞争资本主义残酷性的政治纲领。强调协作也可以通过祛除自然选择对于斗争的依赖，将协作作为进步的真正驱动力，来直接与生物进化联系起来。这样，我们珍稀的道德价值就转化到自然中，从而使得对人类强化这种价值，并将其视为是进化的必然结果。那些彼此合作的动物通常能够更成功地生存下去，于是出于本能的合作就得到了强化，直至铭记在人类的意识中。美国人约翰·费斯克在他的《宇宙哲学大纲》（Fiske，1874）中倡导了这种观点。这本书的写作受到了斯宾塞的很大影响，书中提出了与斯宾塞多年观点类似的宇宙进步观。不过费斯克由于提出利他主义是人类进化的突出特征，从而对于原来的观点作出了重大的修改。在他看来，利他主义，即愿意为了他人而牺牲自己的行为，是物种最成功的进化策略，而且从根本上激发了人类文明的发展。亨利·德拉蒙德在他非常流行的作品《人类的上升》（Drummond，1894）中，从利他主义的论点中得出了明显的宗教信息，他认为，为了所有人的利益愿意与其他人合作这种形式，是所有进化的驱动力（Moore，1958b）。因此，人类中真正利他行为的出现并不违背自然法则，而是自然法则在推动所有生命中每一种成分发展中决定我们这个物种发展的直接结果。彼得·克鲁泡特金在其根据自己对野生生物的观察所写的一系列文章（后来于1906年收集成书，以《互助论》为名发表）中证实，自然界中存在的斗争迹象并不多。动物一般通过与其他动物的合作来改善生存的机遇，因此有理由宣称进化实际上通过增加每一代合作的水平而进行。有意义的是，克鲁泡特金也写过赞同拉马克主义的文章，他提出，动物群中成功发展出来的性状可以遗传给后代，并在后代中得到强化。如果是这样看的话，这种理论就会变成一种形式的达尔文主义，这种形式的达尔文主义认为，在生存斗争中，成功的群体会淘汰那些合作程度差的群体。
华莱士的观点表明，不止是保守的思想家不愿面对人类起源的自然论解释中的含义。不过，到了19世纪末期，他们这种不情愿便逐渐克服了。正如我们即将看到的那样，之所以可能发生这样的事情，是因为人们强调了自然发展中的进步特性，这样的话就可以将人类的种族看成是具有道德目的的必然终产物。随着人们普遍接受了这种前提下的人类进化观，有必要确立一种科学的观点将人类与动物界联系起来。自从18世纪以来，人们愈加清楚地认识到，在体质上与我们最接近的是大型的猿（第四章），而这时进化论者当然对于强调这种联系的密切性感兴趣了。最有力的证据就是能够显示出从猿到人直接联系的化石。如果还没有得到这种“缺失的环节”，进化论者就可能从比较现代的猿与人之间的异同入手。
但是上帝是如何将他的意愿施加到进化过程中的呢？有没有可能提出一种理论，其中既保留了上帝设计的思想，又仍然是科学的理论呢？早期的有神论进化观，比如钱伯斯在《自然创造史的痕迹》中所表达的观点，由于提出“法则控制着创生”而将事情搞混了，因为法则控制着创生只是隐含了一系列奇迹，后达尔文时代的争论表明不可能阐明这个问题。一种明显的研究方向是探讨唯心论的因果观。阿盖尔提出，必须从两个层次来理解法则和因果的概念。科学家运用经验主义的方法，将因果等同于一个事件及其结果之间的固定联系。然而，在哲学的层次，还要必须补充上唯心论的需要意愿的作用力才能导致变化的观点。阿盖尔显然是在暗示，如果自然的法则依赖于上帝的意愿，那么我们能够看到他是如何指导进化过程的。但是即使我们承认法则表达的是上帝的意愿，法则仍然以纯粹确定的方式起作用，科学家还是能够研究法则的。为了使上帝设计的思想融入到符合阿盖尔要求的认识中，法则就一定要能预示未来的目标，并且指导着自然向着这些目标发展，于是有些事情就很难符合科学家根据经验得出来的因果是基于过去控制现在的思想。
对于今天复活了《圣经》原教旨主义的世界看来，令人奇怪的是，那时很少有人因为达尔文主义向《圣经·创世纪》中的创世故事发出了挑战而反对这个理论。19世纪初期地质学和古生物学中的大争论，已经使几乎所有人都相信必要从宗教的角度来理解《创世纪》，这样才能去设想地球以及地球上的生物已经经历了很长时间的变化。自然论的科学所带来的挑战远比这深刻得多，并导致19世纪的思想向着更加世俗化的方向发展（Young，1970b；又见Mandelbaum，1971；Chadwick，1975）。达尔文主义恰好在一个微妙的时刻引起了争论，当时维多利亚时代的教会正面临着大量的内部问题（Chadwick，1966；Symondson，1970）。福音教运动要求回到心的宗教，而牛津运动在约翰·亨利·纽曼的领导下，则关注古代的传统，至少是要恢复罗马的传统。更令人烦心的是，D.F.斯特劳斯的《耶酥传》1845年英译本激起了“高层批评”。许多人发现，出路在于将《圣经》视为历史文献，而不是视为引起争论的上帝的话语。当《论述与评论》在1860年发表了英国人按照这种思路的一些观点时，激起了激烈的争论（Willy，1956；Brock and MacLeod，1976）。从当时就神学教科书中关于神的起源是否保证了一定的有关精神真理的知识能够当作真理接受的争论中，达尔文主义获得收益。
在19世纪，随着时间的推移，人们越来越将拉马克的获得性遗传机制作为解决这个问题的方法，按照获得性遗传的观点，个体动物的选择可以决定整个物种的适应目标。对于许多宗教思想家来说，一种由生命指导其自己发展方向的普遍进化系统，似乎是拯救上帝设计论点的最好方式。这种浪漫主义的进化观被称作“达尔文主义论”，以区别密切追随自然选择精神的“达尔文主义”（Peckham，1959）。达尔文的名字的确常常与任何形式的进化论联系在一起，但是进化论这个词的内涵太含混，多数采纳拉马克主义观点的科学家清楚地认识到，他们与达尔文主义者之间存在着重大的分歧。有神论进化观和拉马克主义可以恰当地代表随着有意识的反达尔文主义哲学的出现而经历的一个连贯的阶段，其意图是要维护神的意志在自然中的作用。在许多方面，这种哲学是已经在钱伯斯的《自然创造史的痕迹》中勾勒出的发展观点的直接延续。
最终，科学家由于考虑到这些问题，因此确信有神论进化论是一种没有意义的妥协。到了19世纪末，只有很少的保守人士，比如阿盖尔，还在倡导这种方式。职业科学家至少已经认识到寻找上帝设计的证据不是他们的工作，并且认识到任何重新引入目的论的企图都会妨害对他们理论的接受。然而，选择学说所造成的道德问题依然故我，人们提出了许多科学上说的过去的替代理论，以便在进化中可以看见目的。最有希望的就是拉马克的获得性遗传机制。这个机制避免了自然选择中的残酷含义，因为按照获得性遗传机制，可以认为每一个个体通过自己的努力就会使自己适应新的环境，并不需要淘汰不适者。可以将拉马克主义看成这种机制：由于仁慈上帝的选择确保了在不断变化的世界存在着适宜生命。同时可以认为，由于必须对变化作出反映，于是必然激发了心智功能，从而确保了整个的进步。美国的博物学家在利用拉马克主义将进化与宗教结合方面走在了前面（Pfeifer，1965；又见Moore，1979，以及第九章）。英国的巴特勒也表达了类似的观点，而且这种观点在19世纪末广泛流行开来。
设计的问题
按照传统的特创论，是上帝引入了新的物种，而且是上帝设计了物种的所有性状。这时，许多博物学家开始赞同，大量这类的创造似乎不可能有什么发展的前景。钱伯斯在《自然创造史的痕迹》中已经提出，只要我们设想神通过法则的过程创造了生命，我们就可以得出一个高贵的关于神的概念。巴登·鲍威尔（Powell，1855）也认为，通过法则不断的作用，而不是通过单独的奇迹，可以更清楚地证明上帝的力量。这时，进化论已经获得了广泛的接受，而且自然神学比较自由的追随者已经打算接受法则控制创生的观点。钱伯斯的进化论利用了设计的概念，19世纪40年代，当《自然创造史的痕迹》出版时，人们已经驳斥过这个概念，而这时则已经被当作联系上帝和自然的唯一方式。
最后，格雷显然承认不可能根据自然选择这种自私和代价太大的机制来证明仁慈上帝的存在。在他的一篇文章中，他提到达尔文未能说明变异的起源问题，并且提出，可能是造物主按照对物种有利的原则指导着新性状的出现。达尔文在许多书信中，在他的《动植物在家养下的变异》（Darwin，1868）一书的结论部分，坚持认为这，时的格雷已经走过了头。如果变异沿着有利的路线进行，选择就是多余的；变异本身就会指导进化的进程。在一些情况中，我们可以发现多数变异是无意义的。是上帝使养鸽者具有了可以演变成扇状尾这种奇异品种的变异吗？这样提是利用归谬法来解决上帝设计的问题。如果有充足的变异，选择就可以导致进化，而无需任何额外的帮助。提出“定向”变异只不过是重新承认超自然干涉的可能性，并且使博物学家再次丧失真正科学的进化论。
人们之所以对达尔文影响程度的看法出现混淆，是因为唯物论者及其反对者尽管意图不同、但都以相同的方式修正了达尔文的进化理论。几乎所有的维多利亚时代有影响的思想家都只能容忍进化是一种本质上进步的系统：进化一定要有一个目的，其中人类的出现起到了关键的作用，而无论是否可以将这个目的追溯到超自然的造物主那里。许多激进的思想家，比如斯宾塞，否定道德价值有任何先验的来源，而是坚持认为应该遵从自然本身的法则。这样不仅可以确保个人的幸福，而且可以确保种族的进步；进步之所以可以确保，是因为事实上自然进化本身是进步的。赫胥黎之所以批评斯宾塞的进化伦理学，主要是因为，在赫胥黎看来，真正的达尔文式宇宙中并不确保一定会发生进步，因此没有必要提出要遵从自然残酷的方式。斯宾塞通过倡导个人必须关心他自己利益的自由竞争系统，从而充分代表了维多利亚时代资本主义最糟糕的方面。赫胥黎则提出道德价值必须由人的意识来确定，而不是由自然来决定，他的思想更接近传统的伦理学渊薮，虽然他无法确定人的意识是否反映出神的道德引导。
是一种特殊的法则与达尔文的自然选择机制之间的联系，使得人们可以延续上帝设计的概念吗？多数宗教思想家认为，自然选择的概念动摇了上帝设计论点的所有方面，他们探讨其他类型的进化。但是人们至少已经作出了一项重要的努力，提出不一定非要坚持无神论才能继续达尔文的研究。达尔文的思想当然摧毁了佩利原先观点的逻辑，佩利认为，适应证明了上帝的设计；但是由于认为进化的过程有目的，人们仍然可以提出是一个仁慈的造物主启动了进化的过程。虽然已经无法〖HTH〗证明〖HTSS〗所有适应情况都归因于上帝，但是依然可以〖HTH〗相信〖HTSS〗上帝是间接的原因。那些努力将达尔文主义与神学协调起来的领导人物，比如美国植物学家阿沙·格雷，就持这种立场。虽然格雷在美国是支持达尔文的领袖，但他是有着深深宗教情怀的人，他感到有必要表明虽然他接受进化论，但是这并不影响他的信仰。他发表了一系列无需援引无神论而捍卫达尔文主义的文章，后来在1876年结集以《达尔文主义》为名出版（Gray ，重印于1963；见Dupree，1959，关于美国的神学反应的一般论述，见Persons，1956）。
达尔文知道他的理论中所蕴含的关于人类的认识会成为最有争议的部分。他确信这个理论必须将人类和其他动物包含在一起，这样就对基督教的基本假定发出了挑战。人们对于钱伯斯的《自然创造史的痕迹》所作出的反应已经证实，公众在这个问题上感性色彩浓厚，并且证实了人们都知道人类进化论中的唯物论含义。达尔文决定在《物种起源》中不涉及人，以免造成明显的对峙局面，但是他又感到隐瞒他的信念是不诚实的。他采取了一种折衷的方法，加上了一句话：这将有助于阐明人类的起源。这样，即使达尔文直到在他的《人类的由来》（Darwin，1871）中才讨论这个问题，但也足以使得整个人类的问题从一开始就成为争论的问题之一。
人们常将赫胥黎与威尔伯福斯之间在英国协会组办的牛津会议上的争论看成是达尔文主义与宗教之间的冲突。迪斯累里著名的评论给了将人看成是猿或将人看成天使的人一个机会，他提出的“与天使同在一边”这一看法点到了保守思想最恐惧的要害之处。流行书刊中大量的卡通画使人们认识到，将人仅仅看成是一种改善的猿，有严重的不协调。然而应该从更广的角度来看待由于人的进化起源观所带来的问题。大多数人最终接受了进化论和人类是进化来的观点。单纯这个问题还不是进化论造成的，因为心理学家也倾向于从唯物论的角度来解释脑的功能（Young，1970a）。这时确定人类在自然中的地位已经成了中心的工作（Yo ung，1973）。探讨人类是什么自然系统中的产物这个问题比以往更令人关注。确切地说，导致生命发展的法则是如何运作的？这样的法则能使人们有希望看到人类的心灵是自然活动的必然目的吗？将进化论与传统的神学和上帝设计的概念结合起来，成了那些试图接受达尔文理论的宗教思想家的主要目的。
格雷提出，达尔文的理论并不比牛顿的物理学更具无神论色彩：达尔文的理论仅仅表明宇宙是如何运行的，而且在宇宙运行的启动是否是由于神启动的看法上，持一种中立的态度。有神论者即使接受这个理论，也可以保留他的信仰。科学家只是描述了自然的规则，而宗教思想家可以从神的目的角度去探讨对这种规则的解释。比如在自然选择的案例中，自然法则控制着过程，这个过程是有目的的，使得生物适应了变化的环境，而且不断地促进生物向着更高的状态发展。这种观点当然符合宇宙具有造物主赋予的目的这一信仰。有人可能会提出，万能的造物主能够预见所有由他的法则导致的事件，因此，可以拟人化地控制这些事件的发生。格雷将进化与台球游戏作了类比，并追问台球运行的轨迹是否是由于必然性或设计决定的。显然是由二者决定的：打台球的人在击打台球时，已经根据物理学法则在他内心确定了击打方案。同样，造物主可能在确定最终目的时使用了自然的法则。
多数科学家和神学家试图找到一条中间道路，他们修改了达尔文主义的结构，这样就可以将进化看成是本质上进步的过程。达尔文自己的理论起源于佩利和马尔萨斯的功利主义神学，按照这种神学，即使是罪恶也是以符合上帝设计的方式对最后的善有所帮助的。这时，达尔文本人发现，很难将自然选择与上帝设计的观点协调起来，而多数人则发现，自然选择的机制太残酷，也太自私，无法将其视为仁慈的上帝造物时所选择的方式。只有在选择被能够体现造物主意图的进步所取代的情况下，进化才能被接受为造物的机制。在早期关于《物种起源》的争论中，许多科学家和神学家选择了一种妥协的立场，认为在某些超自然力量的引导下，导致了向着适应和进步的进化。然而，这种有神论的进化概念对科学并不利，因为这种概念依然妨碍着生物学家对于自然现象作出完全自然的解释。
从最极端的角度看，对于传统思想的挑战，并不是由于达尔文理论的细节，而是一种更广义的世界观，甚至一些更激进的思想家也接受了这种世界观。达尔文主义成了一种新的价值观的标志，这种价值观更多的是来自赫伯特·斯宾塞的进化哲学。人们将普遍的进步看作自然法则机械运作的必然结果。人是进化过程的产物，而且由于缺乏道德价值的任何转变根源，人不得不创立一种在自然本身引导下的新伦理（Greene，1981）。科学的力量在产生出一种关于宇宙的完整解释方面信心的增强是这种新唯物论的重要组成部分，约翰·廷德耳在他1874年的“贝尔法斯特演说”中表达了这种看法（重印于Tyndall，1902）。当然，尽管达尔文的一些紧密追随者不愿意接受这种唯物论的纲领，但是达尔文式进化对于增强这种信心起到了一定的作用。科学家像许多其他的思想家一样，通常发现，如果完全拓展进化的自然论，就会给生活带来麻烦（Turner，1974）。例如，华莱士后来就相信人类进化的最后阶段是在超自然力量的指导下进行的，而赫胥黎最后则成了进化伦理学的激烈批评者。
