首开女禁引起了当局的极度不安。1920年4月，教育部致函北大，老调重弹：“国立学校为社会视听所系，所有女生旁听办法，务须格外慎重。”为此向蔡元培提出了“告诫”。
教育部在一年前给北大公函中即称，“国立大学校为社会视听所系，所有女生旁听办法，务须格外慎重，以免发生弊端。”
徐新六还待再说，蔡元培忙举手拦住说，好意心领，就不劳烦费心了。却不想这徐新六也是个倔强之人。一是他敬重蔡元培的为人，二是同情他的生活清苦，再者，提亲之事乃是受人之托，成人之美亦是善举。几日之后，徐新六再约蔡元培，谈的还是老话题。蔡元培也非常感激徐先生的仁义之心，便应了他的要求，但同时提出了三个条件：“第一，本人要具备相当的文化素养；第二，年龄略大；第三，熟谙英语而能成为研究助手者。”
1917年1月4日，隆冬的北京，大雪纷飞，一辆四轮马车驶进北大的校门，这时，早有两排工友恭恭敬敬地站在两侧，向这位刚刚被任命为北大校长的蔡元培鞠躬致敬。他缓缓地走下马车，摘下礼帽，向这些工友们鞠躬回礼。在场的人都惊呆了：这在北大是前所未有过的事情。北大是一所等级森严的官办大学，校长是内阁大臣的待遇，从来就不把工友放在眼里。今天的新校长怎么了？
王昭是旧社会的妇女，在蔡元培面前，总是恭敬地称他为“老爷”。为此，参与百日维新的蔡元培还时不时地嗔怪她：“你以后可不要再叫我什么‘老爷’，也不要再称自己什么‘奴家’了，听了多别扭啊？”而王昭总是很温顺地说：“唉，奴家都叫习惯了，总是改不过来呢。”
蔡元培总是这样，你有什么要求，他立刻满足你，体现了他仁厚济困的一面。
蔡元培凭借这批英年才俊为骨干，依靠他们带动全校，共同努力把腐朽的“官僚养成所”朝向昌明学术的最高学府推进。蔡先生说：“我对于各家学说，依各国大学通例，循思想自由原则，兼容并包。无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚未达自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听他们自由发展。”在兼容并包原则下，对于确有真才实学而学术观点、政治倾向不同的守旧学者，仍延为教授，展其所长，对他们一视同仁，绝不歧视。例如辜鸿铭，留学欧洲多年，辛亥革命后，仍留蓄长辫，表示效忠清室，但他精通英、法、德及希腊语文，于英国文学深有研究，仍请他讲授《英诗》。又如刘师培，曾参与反清革命，后变节为清探，又为袁世凯称帝效力，但刘于国学造诣极深，故仍聘他讲授《中国中古文学史》。
1901年11月22日，蔡元培与黄仲玉在杭州西子湖畔举行了他一生中的第二次婚礼。这次婚礼中西合璧，蔡元培用红幛缀成“孔子”二字，代替悬挂三星画轴的传统，并且一扫以往的繁琐仪式，只举行了个小型的演说会来代替闹洞房。
1922年10月17日下午，为抗议讲义收费，数十名学生闯进会计室，对职员大肆谩骂恫吓；10月18日早晨，又有数十名学生群拥至校长室，要求蔡元培废除讲义费。蔡元培将收费决定详细解释，并说三日内不收费；但学生寸步不让，双方面越谈越僵，而且校长室外走廊上迅速聚集了几百学生，呐喊起哄，局面一片混乱。
自从徐新六做了媒人以后，周峻倒是不再接近蔡元培。婚期正在一天天临近，1923年7月10日，蔡元培和周峻最终走进了简朴而新式的婚礼，这也是蔡元培的第三次婚礼。
蔡元培辞职后，北大总务长蒋梦麟、庶务部主任沈士远、图书馆主任李大钊、出版部主任李辛白、数学系主任冯祖荀分别刊登启事，宣布“随同蔡校长辞职，即日离校”；北大全体职员也发布《暂时停止职务宣言》，《北京大学日刊》也于当日宣告“自明日起停止出版”。大家都与蔡校长共进退：为了挽留蔡元培，北大召开了教务会议和评议会紧急会议，教育部次长马叙伦也对蔡元培面劝。最后，蔡元培收回辞呈，讲义费则暂缓收取。
蔡元培反复向学生强调：“五四”运动，同学唤醒民众救国觉悟，热情可嘉；然而青年救国不可仅凭一时热情，主要应靠学识才力，要“读书不忘救国、救国不忘读书”才行。这次运动同学们不得以牺牲学业为代价，今后应发扬自主精神，蔡元培认为学生应“以研究学问为第一责任”。
当时北大学费相当低廉，每人每学期仅为十元，不到私立大学的五分之一，且学生还享受补贴，因此办学经费基本靠财政拨款，计每年七十五万元。而那时军阀混战，财税来源无保障，到1922年9月，办学经费已被拖欠五个月，蔡元培联合其他大学校长向政府屡次交涉，并以辞职为威胁，好不容易索来两个半月的经费。
1916年9月1日，蔡先生在法国收到北京教育总长来电，说“请我公担任北京大学校长一席，务祈鉴允”。他立即在10月2日离开欧洲归国。
欲开女禁的蔡元培公开表示：大学之开女禁问题，则予以为不必有所表示。因教育部所定规程，对于大学学生，本无限于男女之规定，如选举法中之选举权者。且稽诸欧美各国，无不男女并收，故予以为无开女禁与否之问题。即如北京大学明年招生时，倘有程度相适之女学生，尽可报考，如程度及格，亦可录取也。
为贯彻教育救国方针，蔡元培首先“广延积学与热心的教员，认真教授，以提起学生研究学问的兴趣”。由于旧北大文科顽固守旧者较多，故整顿工作，先从文科入手。他被任命为北大校长后，迅即访晤陈独秀，请其出任文科学长。随即聘任胡适、刘半农、周作人等为教授。他们和原在北大的钱玄同、沈尹默、沈兼士一起，致力于文科的革新，“文学革命，思想自由的风气，遂大流行”。除上述数人外，文科尚有陶孟和、顾孟余、陈大齐、杨荫庆、钱秣陵、杨昌济等教授，也热心于哲学、英文、德文诸门的改革。理科教授，也都是饱学之士。法科方面，虽尚无人讲授比较法之类的课程，但已有马寅初、高一涵等专任的教授。他们绝大多数，都年在30岁左右。其中，胡适、刘半农年仅27岁，最小的年仅24岁。
徐新六设宴，却只有他们两个人。蔡元培觉得甚是奇怪，想这徐先生定有别事。酒过三巡之后，徐新六终于直奔主题。他笑问：“黄夫人仙逝之后，威廉（蔡元培的女儿）亦将另有生活，而夫人所留两个公子一定无人照料，不知先生清寂几年之后可有续娶之意？”蔡元培有些惊讶，继而伤感地笑了一下说道，他已至暮年，何谈嫁娶！人生早算是灰冷过了，只盼过一段隐居的生活，远离红尘才好。
正当蔡元培忍着丧偶的悲痛，孤寂地在欧洲大陆考察教育时，国内的政治局势开始发生变化。1921年蔡元培考察归来，一踏入上海，各界名流纷纷前来拜访，但蔡元培却无心涉入这混乱的政局，并做好再度留洋、潜心治学的打算。此时，昔日故友浙江兴业银行的总经理徐新六致电邀请他赴宴，蔡元培欣然前往。
“天足、改嫁、离婚”，这些骇世惊俗的字眼竟出自翰林之手。消息传开，一时间闹得沸沸扬扬。他这种离经叛道、混淆纲常的做法无异于在向封建陋俗开战，昔日的媒人们一个个吓得退避三舍。蔡元培的这份“征婚启事”无疑是向社会表示他要为自己做主，求得一个如意自由的婚姻。
蔡元培先生主持北大期间，胡适称之为“北京大学的蔡元培时代”。正如吴玉章所说：“蔡先生被任为北京大学校长……罗致进步人士为北大教授，如我党出色人物李大钊同志及主张白话文、大倡文学革命的胡适等，起了新文化运动的革命作用。一时新思潮勃兴，学术思想为之大变，尤其是我半殖民地半封建的国家，受了十月革命的影响。社会主义的思潮，汹涌于一般人士，特别是青年脑筋中，使中国苦闷而没有出路的革命知识分子得到了新生命，获得了新武器，因而就有冲破旧桎梏而创造新文学、新文化的勇气，因而就有反帝反封建轰轰烈烈的五四运动。这就为中国历史开一新纪元。虽然这是时代所产生的必然的结果，而蔡先生领导之功，自不可没。”
鲽泳鹣飞常互且，相期各自有千秋。
留取心痕永不磨。
王昭是浙江会稽人，大蔡元培一岁，婚后两人的生活，并非如鼓琴之瑟，相敬如宾。由于王昭素有洁癖，什么都要弄得干干净净，凡坐席、食器、衣巾等都禁止人触摸。每次睡觉前必须要求先脱去外衣，然后脱去衣裙之类，再用毛巾擦拭头发等等，而且王昭花钱也极为节省；而作为丈夫的蔡元培却生性豪放、不拘小节，他非常讨厌王昭的一切繁琐之事，因此两人婚后经常会为一些很琐碎的小事而发生口角。
刘开渠是1927年11月向蔡元培提出要求的。这月底，林风眠等人由北京来到南京，蔡元培为他们成立了艺术教育委员会。林风眠让刘开渠到委员会作办事员。刘开渠事不多，经常出去画画。林风眠想办个美术学校，找到蔡元培，蔡元培听了非常高兴，他说：“西湖是个风景优美的地方，去看看那里有没有房子，如有，就在那里办。”林风眠看好了房子，美术学校很快就办起来了。1928年4月开学，刘开渠任助教。开学典礼上，蔡元培讲了话。刘开渠找了个机会，又向他提起想去法国学雕塑的事，蔡元培笑着说：“你的事，我一直记着，有机会就让你去！”
蔡元培在《我在北京大学的经历》中写道：“我对于学生运动，素有一种成见，以为学生在学校里面，应以求学为第一目的，不应有何等政治的组织。其年有在20岁以上者，对于组织有特殊兴趣者，可以个人资格参加政治团体，不必牵涉学校。所以民国七年夏间，北京各校学生，曾为外交问题，结队游行，向总统府请愿。当北大学生出发时，我曾阻止他们，他们一定要参与。我因此引咎辞职，经慰留而罢。”
“五四”运动使蔡元培及北大的学生看到了发动民众的重要性。因此运动后同学们以比从前更大的热情举办平民夜校、星期日演讲会，出版通俗刊物等。蔡元培不仅赞许此举，而且还从学校角度予以财力、物力上的支持。
这个决定应该说还是很厚道，但“讲义要收钱啦”的消息传出，一贯免费享有的东西现在要出钱，顿时在学生中激起了强烈反响。
1917年11月俄国十月革命的胜利，马克思列宁主义传入了中国，社会主义也成了当时世界一股强大的社会思潮，被聘为北大图书馆馆长的李大钊在中国最早接受和传播马克思主义。1920年3月，在蔡元培的支持下，北大又成立了马克思学说研究会，随后马克思主义在全国广泛传播。北大在中国革命的历史上产生了不可磨灭的影响，诚如后来曾担任北大校长的周培源所说：“这些均与蔡先生作校长分不开，要是没有蔡先生这样民主，对待革命事业、对待新思想这样竭尽全力支持的校长，那么北大也就不会有这么大的贡献。”著名的哲学家冯友兰说：“蔡先生是中国近代的大教育家，这是人们所公认的。我在大字上又加了一个最字，因为一直到现在我还没有看见第二个像蔡先生那样的大教育家。”
蔡元培对这一现实极为不满。1919年3月15日，他在北京青年会作了《贫民院与贫儿教育关系》的讲演，认为：男女社交公开，尊重女权已是世界潮流，“我们国里还能严守从前男女的界限，逆这世界大潮流么？”此次讲演中他产生了试验大学男女同校的想法。
婚后十天，蔡元培携周峻及子女离沪奔赴比利时首都布鲁塞尔，夫人和女儿都进了国立美术学院，而他则开始潜心编写《哲学纲要》。每临黄昏，布鲁塞尔的林间小道上，总能见到一对老夫少妻结伴而游，吟诗赏月。名震海内、叱咤风云的蔡元培，终于过上了恬静祥和的家庭生活。
蔡元培心想这下可以把他唬回去了。没想到徐新六一脸灿然地满口答应下来：“没问题，没问题，并且我还可以给您增补几个条件：第四是贤惠且极赋爱心；第五，相貌可人，亲切，勤勉；第六……”徐新六的这几个条件还没说完，蔡元培一下子就想起了近日一直伺候在身边的自己的女学生周峻，此时他的思绪仿佛又回到无尽的往事之中。周峻虽是自己的学生，却也是个女子，三十好几的人了，一直待字闺中，倒不知她究竟是怎样的心思？看她的眼神形态，对自己颇是有意的，但言语之间从未表露，或恐是羞于启齿吧；儿女们若能得到周峻照料，也算是一种福分；这周小姐不仅聪明贤惠，而且更是才貌双佳之人，且等一等再说吧……想到这里，蔡元培就笑着说：“还是算了吧，我已是54岁的老人，不能再拖累别人，但我蔡某还是感谢您的这番美意！承蒙关爱呀！”蔡元培的心情非常复杂，但还是欣然接受下来。
蔡元培（1868.1.11—1940.3.5），字鹤卿，又字孑民，乳名阿培，浙江绍兴山阴县（今绍兴县）人。革命家、教育家、政治家。中华民国首任教育总长，1916年至1927年任北京大学校长，革新北大，开“学术”与“自由”之风；数度赴德国和法国留学、考察，研究哲学、文学、美学、心理学和文化史，为他致力于改革封建教育奠定思想理论基础。曾任教育总长、北京大学校长、人学院院长、中央研究院院长等职。他为发展中国新文化教育事业，建立中国资产阶级民主制度做出了重大贡献，堪称“学界泰斗，人世楷模”。
在蔡元培任北大校长前，他的许多知心朋友就劝他别去担任此职务，当时的北大太腐朽，如治理不好会毁掉他的名声，但孙中山却认为：“北方当有革命思想的传播，像蔡元培这样的老同志，应当去那历代帝王和官僚气氛笼罩下的北京，主持全国性教育。”最终蔡元培还是进了北大。
蔡元培从小接受的是旧式的文人教育。光绪年间，他先中了举人，后点了翰林。1889年，也就是中举人的这一年，他奉父母之命媒妁之言，迎娶了第一位夫人王昭。当时的婚礼完全是按照中国传统的旧式结婚礼仪进行的。和大多数人一样，蔡元培在婚礼之前，从未与王昭见过面。
蔡元培的这种做法，实际上就是从“我”做起，以“我”为例，改革社会风气，冲破封建的陋俗，提倡男女平权，打破中国传统在婚姻问题上对妇女的束缚。而且这种做法不仅标志着蔡元培思想上的进步，也反映出当时中国中西文化碰撞下的新思想和新思潮的兴起。
1920年2月，江苏籍女生王兰提出入学请求，因已过考期，遂入校旁听，成为北大第一女学生。随后又有奚浈、查晓园入学旁听，至3月11日，北大《日刊》“本校女生”栏介绍已有9人旁听。1920年秋季，北大则正式招收了9名本科女生。
蔡先生还不拘一格选拔与培养人才，24岁的梁漱溟，中学毕业后自修哲学，蔡先生看到他所撰《究元决疑论》一文，认为是一家之言，即聘为北大讲师，讲授《印度哲学》。和梁同龄的毛泽东，刚毕业于湖南第一师范，到北京襄办留法勤工俭学，急需就业，蔡先生就通知图书馆主任李大钊，让他当上图书馆助理员，得以博览北大藏书，“迅速地朝着马克思主义的方向发展”。对于学术水平低下、教学态度恶劣的原有中、外教员，一律按约解聘。一个被辞退的法国教员向法庭控告，但有合同为凭，他的无理要求全遭驳斥。英国教员克德莱等被黜退后，鼓动英国驻华公使朱尔典亲自到校，要求续聘，也遭拒绝。
这个时候，为了节约经费，校评议会（与教授会并立的权力机构）成员联合向校长蔡元培提出：学校每年耗费在印刷讲义上的费用高达一万多元，而在购买图书上的开支却捉襟见肘；如果把花在讲义上的这笔钱向学生收取，节约下讲义费来补充图书，对学校、对学生都有好处。
到了法国，蔡元培有时给刘开渠写信。有一次信里说：“我不在大学院了，你的工资我已嘱大学院照寄。”有时，他太忙的话，就让许寿裳（蔡先生好友兼秘书）给他写信。
1916年12月26日蔡元培被正式任命为北京大学的校长，1917年1月4日蔡元培在北大正式就职，开始了一生最具建树的高教改革。他根据多年在国内办教育的经验与两次游学德、法取得的认识，将二者有机地给合起来，从北大的实践出发，从根本上推行了多方面改革。顾颉刚回忆说：“1917年初，蔡元培先生来北大，逐步使北大发生了巨大的、质的变化”，并“着手采用西方资本主义国家大学的教育方针和制度，来代替北京大学那一套封建主义的腐朽东西”。
事实上也是如此，蔡元培与王昭也维持过一段幸福的婚姻，蔡元培还告诉好友：“伉俪之爱，视新婚有加焉。”可惜好景不长，由于奔波劳碌，身体虚弱的王昭在这一年因病离开了人世。刚刚尝到婚姻甜头的夫妻自此阴阳两隔。蔡元培悲痛不已，作联哀挽：“自由主义君始与闻，而未能免俗，天足将完，鬼车渐破，俄焉属纩，不堪遗恨竟终身。”“天足将完，鬼车渐破”，指王夫人理解《公约》后，开始解放缠脚，破除鬼神迷信，不料却遽然去世，使蔡先生不胜悼亡之恸。
1940年3月5日，也就是周峻50岁生日的前两天，蔡元培在香港因病逝世。一代宗师就这样静静地魂息香港。周峻把对蔡元培的一生之爱倾于一尊作品——蔡元培半身像中，其上刻有蔡元培所题之诗：
蔡元培认为：大学者，囊括大典网罗众家之学府也。他的“囊括大典”就是大学是包括各种学问的机关，无论何种学派，苟其言之成理，持之有故，尚不达自然淘汰之命运，即使彼此相反，也听他们自由发展。他的这种做法使新思想、新文化冲进北大，在与原来的旧思想、旧文化的较量中壮大，并得以传播。当时的北大成为一批激进的资产阶级民主派活动的舞台，成为新文化运动的中心，思想上各派并存，形成百家争鸣的局面，学术思想空前的繁荣，白话文与文言文、唯物主义与唯心主义等争论不停，在守旧派与革新派的论战中，蔡元培支持革新派，表现了他鲜明的立场。
在最初的几年里，蔡元培似乎难以接受自己的妻子，就更别提爱她了，婚姻的契约只让他义务性地待在妻子身边。就这样一晃过了七个年头，直到王昭为他陆续生下了两个儿子，他们才慢慢找到了夫妻生活的感觉。
王昭去世时，蔡元培刚满32岁。这时的蔡元培在江浙一带的知识界已颇有名气了，故王昭去世以后，前来给他说亲的人络绎不绝。蔡元培虽与王昭不甚和谐，但故人已去，夫妻之恩却不敢点滴忘怀。为防媒人扰其清净，面对纷至沓来的媒人，他磨浓墨、铺素笺、挥羊毫，写下了一份奇特的征婚启事，张贴于自家的墙壁之上。
唯卿第一能知我，
到5月，刘开渠就接到了大学院的委任书，委任为驻外“著作员”，委任书上还清楚写明，月薪八十元。刘开渠喜出望外。蔡元培地位那样高，可他对自己的事一直挂在心上，并能很快给他解决了。刘开渠万分感激。可他马上又想到另外一个困难，到法国去很远，一个穷学生，哪里有钱买船票？刘开渠到南京找到蔡元培，蔡元培又笑一笑说：“我已经给你想好了，你先提前支半年的工资，接着再预支半年的工资，是一年的了。我还可以给你写封信给中法联谊会，转请法国轮船公司，票价可以打个折扣，这不就解决了？”蔡元培非常忙，仍然为刘开渠想得如此周到，使刘开渠大为感动。
1920年1月18日，北大平民夜校开学，共招男女合班生350人。蔡元培亲临法科礼堂参加开学典礼并发表演说，称这一天是“北京大学准许平民进去的第一日”。他说：从前这个地方是不许人进去的，现在这个地方人人都可以进去。从前马神庙北京大学挂着一块牌，写着“学堂重地，闲人免入”，以为全国最高的学府，只有大学学生同教员可以去，旁人是不能进去的。这种思想，在北京大学附近的人尤其如此。现在这块牌已经没有了。许多旁听生可以堂而皇之地涌入北大课堂听课了，北大呈现出一派自由、开放的现代大学景象。
1900年前后，西方民主与科学思潮开始越来越多地渗入古老的中国血脉。这促使身在文化前沿的蔡元培开始对婚姻和家庭进行反思。也正是在这一年，他结合自身经历写出了奠定其后来女权思想基础的《夫妻公约》，详细地说明男女关系分目交、体交与心交，特重心交。所谓心交，指夫妇同心，两情融合。蔡元培决定重新调整与妻子王昭的关系，修复情感裂痕，让大家更和睦地生活在一起。
蔡元培就是用这样的文字，记下了他的第三次新婚。
1901年，蔡元培只身离开绍兴，到余杭办学，受友人之邀，去叶君府上做客。在叶君的撮合下，蔡元培结识了黄仲玉，并大胆追求，两人你情我愿，结婚的事情自然提上了日程。蔡元培要结婚的消息不胫而走，一下子忙坏了远近的亲朋好友。但蔡元培与黄仲玉商定，不在婚事上铺张，而且一定要免俗。
刘开渠是我国著名的雕刻家，曾任中央美院副院长、中国美术馆馆长。他与蔡元培非亲非故，他能学上雕塑，完全靠的是蔡元培的培养。可以这样说，没有蔡元培的帮助，他不仅不能搞上雕塑，很可能连美术这个专业都失掉了。他在北京美术学校学习了十年，毕业后找不到工作，无以为生，在朋友的帮助下，辗转到南京，在大学院谋到了一个职业，当书记员，一天到晚就是抄抄写写，完全丢掉了自己的专业。
这时一般青年要从军从政的，都来见蔡元培，从早到晚络绎不绝，蔡元培一一接见。有求写介绍信的，则有求必应，请在客厅稍坐，立刻就写，毫不推诿。他写信很快，两三分钟就写好一封，而且都是亲笔，从不假手于人。
蔡元培将北大当作自己的孩子来看待，北大是他生命的一部分，北大是他的一个辉煌的文化理想。
忘年新结闺中契，劝学将为海外游。
1904年，蔡元培组织成立了反清革命团体“光复会”。1905年，他又加入了孙中山成立的“同盟会”。1907年，已近不惑之年的蔡元培开始了他四年海外留学的生活。其间，他编著了《中国伦理学史》，书中主张男女平等、婚姻自由。蔡元培从最初具有大男子主义思想的翰林学士转变成为寻求妇女平等权利的斗士，他的第二位夫人黄仲玉可谓功不可没。1920年底，蔡元培由北京大学派遣去欧洲考察。在他出发之前，黄仲玉已经有病，但她力劝丈夫如期出发。可就在蔡元培到达瑞士的时候，传来了夫人去世的噩耗。蔡元培悲痛欲绝，含着满腔的泪水，写下了那篇不朽的祭文《祭亡妻黄仲玉》：“呜呼仲玉，竟舍我而先逝耶！自汝与我结婚以来，才二十年，累汝以儿女，累汝以家计，累汝以国内、国外之奔走，累汝以贫困，累汝以忧患，使汝善书、善画、善为美术之天才，竟不能无限之发展，而且积劳成疾，以不能尽汝之天年。呜呼，我之负汝何如耶……”
北大原是文、理、法、商、工五科并立，没有重点，蔡元培大胆改革北大学制。他根据教育部关于大学专设文、理两科，法、医、农、工、商等科分别成为独立的大学之新规定，对北大各科做了整顿，例如扩充文、理两科专业，工科并入北洋大学、商科并入法科等。
蔡元培对此很有同感，他还考虑到：因为学校将讲义印好下发到学生手中，学生上课就不用功，到考试时再“恶补”讲义内容，成了一大弊端。于是他当即决定：以后收取讲义费充做图书经费；购买讲义与否，由学生自行决定，如上课能认真听讲做笔记，讲义尽可不购。
有一天晚上，十点多钟了，有一青年画家求见。身边的人禀告蔡元培说有人想见他，是否请来人明天再来。蔡元培说，请他进来好了。那人带了几张他自己画的人物花卉之类，给他看，请蔡元培为他介绍工作。蔡元培问他能否画宣传品，他说可以。于是蔡元培就替他写信介绍给白崇禧的东路军前敌总指挥总政治主任潘宜之，请求录用。过了几天，蔡元培还问年轻人怎么样了，蔡元培为人写介绍信，不是敷衍了事，而是诚心诚意地关怀青年。
蔡元培在北大期间，学生运动开始萌芽。蔡元培本人并不支持学生运动，从一开始，他就对群众运动的负面作用有清醒的认识，对过度参与政治活动伤害学术研究和大学独立有清醒的认识。
蔡元培又急又怒，一下站起身来，捋起袖口，向学生吼道：“我跟你们决斗！”然后满脸青筋地步步进逼。包围着他的学生害怕了，步步后退，逐渐散去。蔡元培对这场风潮深感恼火和痛心，他当天就写下辞职呈文离开北大，文中说：“……该生等威迫狂号，秩序荡然。此种越轨举动，出于全国最高学府学生，殊可惋惜。废置讲义费事小，而破坏学校纪律之事实大。涓涓之水，将成江河，风气所至，恐使全国学校共受其祸……”
这次婚礼完全是现代文明式的。当时蔡元培到周峻下榻的宾馆迎接周峻，之后两人一起到苏州留园，拍摄了结婚照片。当时蔡元培西装革履，周峻身披白色婚纱。在婚礼的宴席上，蔡元培还向大家讲述了他和周峻的恋爱经过。
第一，是不缠足的（女性），天足；第二，是识字的；第三，是男子不得娶妾，不能娶姨太太；第四，丈夫死了，妻子可以改嫁；第五，意见不合，可以离婚。
“五四”运动之前，尽管封建礼教已受到了很大冲击，但“男女授受不亲”、“男女七岁不同席”等旧传统仍根深蒂固。虽然有专为女子设立的高等学校如北京协和女大、南京金陵女大、福州华南女大、北京女高师府等，但是大学男女同校，接受平等教育的事还未曾有过。
当时的一名北大学生曹建对“五四”时蔡元培的言行有生动的回忆：学生被捕之后，大家聚集在三院礼堂里，束手无策。突然听见脚步声从外面传来，众人仰首张望，原来是蔡元培校长。一些学生害怕受到蔡元培的斥责，另一些学生则欢呼，有些甚至放声大哭。蔡元培从容走上讲台，怡言温词地对大家说：“你们今天所做的事情我全知道了。我寄以相当的同情。”还没有说完，全场呼声雷动。蔡元培接着说：“我是全校之主，我自当尽营救学生之责。关于善后处理事宜也由我办理，只希望你们听我一句话就好了。”这句话就是“从明天起照常上课”。
上任伊始，蔡元培就强调在学校内重学术研究。蔡先生第一次向全校师生演说，即指明：“大学学生当以研究学术为天职，不当以大学为升官发财的阶梯。”他要求学生“抱定宗旨，为求学而来，入法科者，非为做官；入商科者，非为致富。宗旨既定，自趋正轨”。他倡导教育救国论，号召学生们踏踏实实地研究学问，不要追求当官。在学校内，他则大力扶植各种学术政治社团，培养学术研究、思想辩论的风气。此外，在学校领导体制、学制及课程上也进行了卓有成效的改革。这些使北大向现代化迈出了最坚实有力的一大步。
替他代笔的，只是偶尔有人请他吃饭、讲演，因时间冲突不能去，他在帖子上批个“致谢”二字。而那些请蔡元培写介绍信的也不一定是北大毕业的。
《中国新报》在1920年元旦的新年号上刊登了这段话。蔡元培实际上已巧妙地绕开教育部的制约，作了破女禁的宣言。
有一次在大学院里，他向蔡元培提出了一个要求，希望他能帮助自己到法国去学习雕塑。蔡元培微笑着说：“想到法国去学雕塑是好事情，我们中国还没有派过专人去学，我记着这件事。”
1927年2月北伐军攻下浙江，蔡元培等从上海到杭州。
像蔡元培这样地位崇高的人向身份卑微的工友行礼，在当时的北大乃至中国都是罕见的现象。这不是一件小事，蔡元培希望通过这一行为开风气之先，使得这所古板的国立大学焕发生机。以后，他每天进学校时，都要向站在大门旁边的工友们鞠躬致敬。久而久之，这成了他的习惯。他的这一行为，是对北大官气的一个挑战，他以自己的言行树起了一面如何做人的旗帜。
