普军直到１０月５日才统一作战方案，其计划是：主力集结于埃森纳赫、戈塔、爱尔富特一线，并向西南前进；左侧由霍恩洛厄军团掩护，费迪南亲王指挥的前卫从耶拿向南进到萨尔费尔德，陶恩齐恩的萨克森师则向霍夫挺进；吕歇尔军于右翼牵制法军。
１３日上午９时，苏尔特、奥热罗、内伊、拉纳四军奉命集兵耶拿，准备渡过萨勒河，前去攻击正集中在魏玛和爱尔富特之间的普军主力。同时，拿破仑命贝尔纳多特军和达武军听到耶拿炮声后，立即攻击普军左翼。
拿破仑被战争的胜利捧到了不可一世的地位，自我意志无限扩张，谋求新的胜利、新的荣誉、新的权力、新的空间已成为他生命中不可缺少的一部分。他决定要给英国以致命的打击，１８０６年１１月２２日，拿破仑在柏林颁布了着名的“大陆封锁令"，强迫整个大陆屈从自己的意志，同英国在经济上打一场殊死战。
负责指如右路法军的第四军军长苏尔特，在这个迂回普军左翼的计划中处于举足轻重的位置。为了使他对自己的战略计划有着精确的了解，拿破仑不厌其烦地向他详细解释自己的意图。１０月５日，他特意写了一封信给苏尔特，信中道：“我要分三路侵入萨克森，……当你到达霍夫时，其他各纵队也都会到达与你平行的位置。我通常将在中央纵队的头部。以如此巨大优势的兵力集中在狭窄的正面上，你应能认清我是不允许敌人有任何机会的。不管敌人怎样部署，我都要以两倍于他的兵力向他进攻。""我相信骑兵是普鲁士陆军中最可怕的部分，但以你所有的步兵，若能构成方阵，则也就没什么可怕了。不过，在战争中任何预防措施都是不可疏忽的。在你的各师中务必携带３０００到５０００挖拙工具，以便必要时可以构筑防御阵地，甚至一条壕沟也都是有用的。""假如你所遭遇的敌军兵力少于３００００人，你可以与内伊会合后，再向其作集中攻击；但假使敌人已据有良好的防御阵地，则行动必须慎重。到达霍夫之后，你的首要任务是与罗本斯坦、艾贝斯多夫和希莱兹建立联系。那时我将在艾贝斯多夫。当你离开霍夫时所获得的情报可以决定你的下一次行动，或者向中央靠拢，或者再向疲劳恩前进。依照我今天所获的报告，敌人似乎是趋向我的左翼，因为其主力似乎是在爱尔富特。”“我必须坚持对于你一路所发现的任何事情都应该经常向我报告，以便让我了解敌情的变化。你也可能会想到运用这样一个２０万人的营方阵是一种卓越的成就，那必须有相当的技巧和许多行动。”
就在这时，贝尔蒂埃派去给贝尔纳多特下命令的信使被哥萨克骑兵抓获了，拿破仑的作战计划暴露无遗，本尼格森立即意识到自己的处境十分危险，于是，当机立断，迅速率领部队朝东北方向哥尼斯堡撤退。拿破仑见敌军想溜，立即下令部队向北追击。贝尔纳多特因未接到拿破仑的命令，留在原地没有行动。
普军的调动十分缓慢，因为当时期鲁士人尚未采用军的编制，总司令的命令必须分传给１４个师。与此相反，拿破仑的命令只须传给６位军长，每个军团接到命令后，立刻起程，一路上马不停蹄，昼夜行军。６个军所组成的营方阵如同压路机一样迅速地向前滚动。
下午４时，法军成纵队追击普军的残兵败将。他们如秋风扫落叶一般横扫着一切，不抓俘虏，不听求饶，见普军就杀，溃逃的普军大都成为法军的刀下之鬼。夜幕降临时，追至魏玛的法军在一片胜利的欢呼声中得意地返回了耶拿城。到此时之止，拿破仑仍然认为他所击败的是普军主力。
、波美拉尼亚、勃兰登堡和西里西亚四个省，其余领土均被割去。易北河以西的全部普鲁士领土都划入了新成立的威斯特法利亚王国，此王国由拿破仑的幼弟热罗姆为国王。普鲁士第二、第三次瓜分波兰所获得的绝大部分地区则组成华沙大公国，由拿破仑的附庸萨克森国王兼任大公。普鲁士的领土支离破碎，面积仅相当于萨克森王国。拿破仑在提尔西特条约第四条中还特别指出，他之所以归还上述四个省，是出于对俄国皇帝陛下的尊敬。普鲁士已失去了强国的地位，沦为德意志一个小邦。和约还责成普鲁士将军队裁减到４万人，偿付法国一亿法郎的赔款。在赔款未偿付前，法军驻扎在普鲁士境内。另外，普鲁士必须参加大陆封锁体系。
外交大臣塔列兰被召到波茨坦宫谒见皇帝，皇帝命令他立即向一切附庸国或半附庸国发出"大陆封锁令"。这一法令宣布英国各岛处于被封锁状态，禁止欧洲大陆各国同它们有任何通商往来；法国及其盟国军队不论在何处发现英国货物和臣民，将分别予以没收和监禁；任何违反此令的船只，都将作为战利品加以扣留。总之，凡是法国势力所及之处，都不得同英国有任何交往，否则都被认为是犯罪，是对拿破仑尊严的背叛。拿破仑命令元帅们尽可能逐步完全地占领北海和波罗的海沿岸地方，在那里派上法国税吏和宪兵，以杜绝和消灭走私行为。
法军已经打到俄国大门口了，亚历山大的心情比奥斯特里茨战斗之后的心情还要糟。他在沙弗里同库拉金公爵谈到：“我们损失了多得惊人的军官和士兵，我们所有的将军，特别是优秀的将军，不是受了伤就是得了病。当然，普鲁士会受到很大的痛苦，但是在某些情况下，主要应该想到保存自己，想到自身，并且只以国家的幸福这一条准则为行动归依。"不难看出，此时的亚历山大与以前那个疯狂的亚历山大判若两人，战争使他乖巧起来。为了本国利益，他可以抛弃普鲁士，甚至可以和自己的敌人站在一起。所以，当本尼格森请求亚历山大同意签订和约时，亚历山大立即应允了。
６时许，拿破仑下令攻击，法军乘雾而进。拿破仑万万没想到此时他们面对的只是担任后卫的霍恩洛厄军团，普军主力早已悄悄北退了。战斗一开始，法军就占了上风，霍恩洛厄的几个师被打得落花流水。拉纳军继续攻击前进，霍恩洛厄命２００００人排成密集的横队，向拉纳军团发起猛烈攻击。拉纳见敌众我寡，命军队采取守势。刹那间，法军不见了，只见一颗颗子弹、一串串炮火从房屋后、从果园里、从断墙边不断朝密集的普军飞来。于是，军事史上最出奇最不幸的怪事出现了：一个极为壮观的步兵阵线，在整整两个钟头内，站立在开阔地带上，任其法军无情火力的扫射，而毫无还手之力，因为他们根本找不到还击的目标。普军死伤枕藉。
拿破仑也不示弱，立即发出向东挺进的命令，他要在即将到来的冬季里给俄军以打击。他认为不能等待春天再行动，届时俄国人将会集中一支巨大的兵力，而且奥国也可能会被诱惑加入他们的阵营。然而，在严寒的冬季，与尚不知其实力与潜力的俄军交战无疑是一次艰巨而冒险的行动。法国大军团共１４万人，要前进１０００里去打一场艰苦的战役，不仅要供应军粮，而且还要重新装备过冬用具和补给冬衣，同时所经过的地区都是些森林、沼泽等人口稀少的地带。不过，这些并难不住拿破仑，耶拿战役之后，他曾发布一道命令，规定了柏林城以及其鲁士各附庸所应进贡的物品及数量。这时，各普鲁士城市奉命制造２８万件大衣和２５万双军靴，还要组成６座总医院，包括一个专门治疗性病的医院在内。柏林要制造６０００床医院床垫和９０００件医院床单。
提尔西特和约的签订，宣告了第四次反法联盟的彻底失败。在这段时间里，两位皇帝形影不离，竞相表达着自己对过去的敌人、现在的朋友的好意。７月９日，拿破仑和亚历山大一起检阅了法国和俄国的近卫部队。晚上，拿破仑的近卫军设宴招待了沙皇的卫队，席间洋溢着欢乐气氛。在这友好的晚宴结束时，每个法国士兵都跟俄国士兵交换了军装，两位皇帝目睹这一情景，十分开心。最后，两位皇帝在涅曼河边当着军队和许多人的面吻别了。
１０月１１日午夜之后，拿破仑在奥马接到缪拉的报告，至此，他才对敌军的位置获得一点线索。这时，法军又截获了一些敌方文件。从文件中分析，拿破仑估计普军主力在爱尔富特和魏玛之间。１２日凌晨４时，拿破仑向拉纳发出指示：“所有截获的文件都显示敌人已经丧失其头脑。他们昼夜高谈，但不知如何决定。你应能明了我军正在集中，我要切断他们到柏林的道路。现在就是要遇着敌人就猛攻，以求将其各个击破，而不让他们集中。”
１０月３日，拿破仑来到符兹堡，会见了侦察地形的工兵军官，布莱门上校就是其中之一。布莱门上校曾冒充萨克森军官，大摇大摆地通过普鲁士防线，他经过柯堡、耶拿、萨尔费德，最后抵达瑙姆堡，为拿破仑带回了大量重要情报和资料。拿破仑听取汇报以后，估计敌军主要展开在耶拿——埃森纳赫一线，而且左翼是暴露的，只有一支２０００人的小部队进行掩护。根据这个判断，拿破仑决定：集中法军主力于右翼，以缪拉指挥的６个骑兵师为前卫，向拜律寺和霍夫方向实施主要进攻，大胆迂回普军左翼；同时，以路易·波拿巴指挥的兵力在法兰克福方向牵制普军的行动，并充当法军的总预备队。为了实施上述计划，拿破仑将法军划分为左、中、右三路纵队，分别向前开进。左路为拉纳的第五军、奥热罗的第普军，沿科堡、鲁多尔施塔特之线开进。中路为贝尔纳多特的第一军、达武的第三军、近卫军和骑兵的大部，沿班堡、科堡、珀斯内克之线开进。拿破仑的大本营随该路行动。右路为苏尔特的第四军、内伊的第六军和巴伐利亚军，沿安贝克、拜律寺、霍夫之线开进。拿破仑大军在３０英里宽的正面上以三支平行纵队前进，各军都处在可以相互支援的距离内。
拿破仑立即对战场进行了一番勘察，他发现俄军犯了一个致命的错误：俄军急于渡河，５００００人全部集中在狭窄的阿勒河湾，而背后只有一座桥梁。于是，拿破仑一面将法军分成三路前去包围弗里德兰阵地，一面集中炮火向俄军猛射。拿破仑亲赴战场指挥战斗。俄军非常勇敢地进行自卫，俄军炮弹不断落入法军阵地。有一次，炮弹从拿破仑头上飞过，与他站在一起的一个士兵慌忙地趴在地上，拿破仑对这位惊慌失措的士兵说：“如果这颗炮弹是命定要击中你的，你就是躲到地底下１００英尺，它也会找到你的。"尽管俄军十分顽强，但指挥官的致命错误把他们全毁了。面对猛烈的炮火和前来包围的法军，俄军无路可逃，被挤压在三面环水的口袋里。数千门大炮隆隆吼叫，惊天动地，俄军唯一的生路——大桥被轰断了，拿破仑站在前沿激动地大喊：“就这样再坚持两个小时，这里站的全是法国士兵了！"俄军困兽犹斗，拚命顽抗，拿破仑命令老近卫军精锐部队朝敌人开火。法军愈攻愈猛，俄军精疲力竭，无法继续抵抗，只得跳入阿勒河中，溺死者无数，幸存者向北仓皇逃去。
与此同时，俄军也在加紧补充兵力和物资。亚历山大一世为了在将来的战斗中更有把握取胜，他在集中俄国人民的物质力量的同时，还准备集中俄国人民的一切精神力量。他向东正教的领袖们发出了求援信，牧师们立即起来响应，他们宣布拿破仑是恶魔的先驱，是基督教信仰的凶恶敌人，因为他顶礼膜拜穆罕默德，拒绝信奉基督教。他发动对俄战争，目的就是要摧毁东正教。牧师们号召俄国人民行动起来，同反基督教的恶魔进行圣战。可是，亚历山大一世还没来得及把人民的宗教情绪煽动起来，一场大会战已悄悄地拉开了序幕。
６月１２日，法军转入追击。拿破仑决心在敌人进入哥尼斯堡要塞之前，拿下这个普鲁士的最后据点。双方军队都在冒着大雨行军，为抢先到达目的地进行了一场意志和耐力的竞争。
法俄两国还签订了攻守同盟条约。两国保证在各个地方，在一切战争中，对一切国家都采取一致行动；并保证为此而动用自己的全部兵力；保证不单独进行媾和谈判。条约规定：
处于绝境的普鲁士国王想起一条美人计来，他写信叫如花似玉的路易莎王后前来提尔西特，他希望拿破仑在同美人会谈时能减轻对自己的愤怒。当然，人们也知道拿破仑极少受女人影响，即使是他所迷恋的女人。所以，有人提醒这位美人不要胃口太大，所提的要求要适可而止，哪怕只归还马格德堡也好。于是，婀娜多姿的王后来到提尔西特，她不放弃女性的任何一个娇媚动作来引诱征服她丈夫的人。两位皇帝都被花容月貌的王后吸引住了，竞相向她献殷勤。有一天，拿破仑赠给王后一朵漂亮的玫瑰花，王后犹豫片刻后接过花朵，带着迷人的微笑说道：“至少应该同时赠给我马格德堡。”拿破仑爽快地答应与王后商谈此事。拿破仑与路易莎王后在宫中单独会谈了很久，普王威廉三世在外面忐忑不安地等待着。最后，在群臣的注视下，威廉三世再也忍受不住自己的这种可耻境地，他壮着胆子走了进去，皇帝和王后的亲密谈话被打断了，而路易莎王后还未取得预期的结果。后来拿破仑与自己的元帅们开玩笑说：“假如普鲁士国王再迟一点走进房间，我就会不得不让出马格德堡。”
战斗进行了一整天，双方损失极其惨重，拿破仑与本尼格森都有些吃不住劲了，士兵们也已达到了精疲力竭的地步。正在这关键时刻，达武军克服风雪阻挠，成功地迂回到敌军左翼。俄军受到夹击，防线开始动摇。夜幕低垂时，本尼格森终于坚持不住了，率领全军向哥尼斯堡撤退。
亚历山大呆在沙弗里，忐忑不安地等待着洛巴诺夫公爵的消息。在沙皇周围，聚集着许多宫廷人员，他们个个都像秋天里的树叶似的瑟瑟发抖，生怕拿破仑的先头部队会攻来。不久，洛巴诺夫公爵带回了消息：拿破仑同意停战和签订和约。整个宫廷欣喜若狂。亚历山大马上命人告诉法国皇帝：他热切地希望同拿破仑订立亲密的联盟，并且只有法俄联盟才能给全世界带来幸福与和平。最后，他还通知说，他想亲自会见法国皇帝。
在礼炮的轰鸣声中，两国皇帝同时出现在岸边。霎时，热情的欢呼声和叫喊声震耳欲聋。两国皇帝同时上船，但拿破仑抢先一步进入房间，他打开房间的另一扇门，站在木筏边，迎接亚历山大皇帝。
１８０７年７月２７日，拿破仑回到了巴黎。８月１５日，拿破仑为庆祝凯旋和欢迎大军举行了盛大的庆祝活动。法国人民以为大陆和平从此有了保障，个个欣喜若狂。人们发自内心欢迎着这位带来和平的拿破仑，称他为"大帝"，而拿破仑则像每次凯旋一样，得意洋洋地接受了民众狂热的欢呼。当然，此时的拿破仑是不会就此满足的，他那爱慕荣誉、爱慕权力的心理促使他去进行更大的赌博。
战斗过后，双方都在吹嘘自己的胜利。１０月２９日，拿破仑给皇后约瑟芬写信道：
同时，他又给缪拉下命令说：“午前我将赶到吉拉。你知道我还在包围敌人，但我必须有关于其意图的情报。在柴兹的邮政局也许可以向你提供若干情报。在前进时，要勇敢地攻击一切敌人。达武元帅正在把他所有的骑兵直接送往瑙姆堡。凭着你的骑兵你应能横扫整个莱比锡平原。”
这时，一个意外事件打破了拿破仑的冬营计划。内伊的第６军宿营在沃斯特鲁达地区，由于此地人烟稀少，难以满足部队就地补给的需要，内伊擅作决定，派出一支部队向北面较为富饶的地区进行一次突袭，以取得更多的给养。内伊的鲁莽行动给本尼格森造成一种错觉，以为法军又开始了作战行动，于是，他立即率领６３０００人向西前进，企图将内伊赶过维斯瓦河。１月２５日，俄军迅速反攻到莫龙格地区。这一突如其来的反击，严重威胁到法军左翼和托伦这个前进补给基地的安全。１月２５日，贝尔纳多特的第一军向莫仑格开进，挡住了俄军的进攻。
这时，就在奥尔斯塔特附近的贝尔纳多特军明知达武处境危险，却见死不救。贝尔纳多特素与达武关系不和，他觉得去协助达武作战有失尊严。幸好普军仍拘泥于横队密集型的"线式战术"，呆板的方阵很快就受到法军灵活机动的火力杀伤。普军总司令布伦瑞克见法军顽强抵抗，亲率一团榴弹兵冲锋，不想被弹丸击中双眼，造成致命重伤，被抬出战场。普军群龙无首，各师各自为战，很快就处于不利地位，普王只得下令向魏玛方向撤退，准备与霍恩洛厄和吕歇尔两军会合，明日再战。
缪拉奉命率６６０００人前去占领华沙和普罗次克之间的维斯瓦河一线。面对法军的推进，俄军前卫指挥本尼格森放弃华沙，向北撤退到纳雷夫河上，以待后续部队开来。１２月１９日，拿破仑把他的大本营由波兹南迁到华沙。２３日，将法军分成左、中、右三路，开始渡过维斯瓦河，向俄军发起全面进攻。
法国派往各国的间谍很快将英俄谈判的情况报告给了拿破仑皇帝。拿破仑一面实施大陆封锁的各种措施，一面征召军队，准备将俄国军队消灭在西进途中。
海尔斯堡深沟高垒，是普鲁士多年经营的重点要塞之一。６月１０日，双方在海尔斯堡展开了一场激烈的战斗。法军连续攻打一天，未能取胜，而且伤亡惨重。俄军经过一天的顽强抵抗后，也已精疲力尽。正在这关键时刻，法第三、四两军从俄军右翼向其侧后迂回，准备切断要塞守军与哥尼斯堡的联系。要塞中的俄军惊慌失措，主动放弃海尔斯堡，朝哥尼斯堡退却。
１０月１０日，拉纳元帅逼近萨尔弗尔德城，霍恩洛厄军团前卫费迪南亲王率领的９０００人正驻扎在此地。费迪南亲王年轻有为，精力充沛，但缺少实战经验，又刚愎自用。他不顾一切向法军发起进攻，双方展开一场激战。由于费迪南亲王兵力有限，很快就被法军打垮。但费迪南亲王仍不服输，亲自参加肉搏战，一位法军下级军官大声喝道：“上校，投降吧，否则就叫你去见上帝。"亲王一声不吭，举刀便向这位军官砍去，这位军官举刀回敬，刀尖刺进亲王上身，亲王当场倒毙。
１１月２１日，普王在奥斯泰罗德召开御前会议，讨论和约之事。会上意见分歧极大，斯坦因、福克斯和贝米等重臣坚决反对这些丧权辱国的条件，而主和派豪格维茨等则主张忍让。正在争论之时，传来消息说英国已说服俄国帮助普鲁士对付法国，俄国军队已在西进之中。普王精神为之一振，决定拿起武器再战，以雪亡国之耻。
耶拿之战１８０６年１月２６日，拿破仑离开维也纳回到巴黎，受到无数狂欢民众的欢迎。几天后，一个令人兴奋的消息传来：拿破仑的死敌、英国首相威廉·皮特去世，英国要求与法国签订和约。威廉·皮特是第三次反法同盟的创立者和鼓吹者，他希望这个耗费了几百万黄金建立起来的联盟能够阻止法国向英国进攻。然而，奥斯特里茨一战使得这一联盟土崩瓦解。
英法两国在谈判桌上讨价还价，互不相让。这时传来一个意外消息：外交大臣福克斯去世了。福克斯是英国唯一竭力主张与法国议和的人，随着他的去世，英法谈判也宣告结束，俄皇也就拒绝批准法俄和约。
１０月１１日，苏尔特的右翼纵队已经到达疲劳恩，贝尔纳多特的中央纵队在奥马之北，左翼的拉纳已进入萨尔费尔德。苏尔特在９日夜间送回一个情报，说敌军正在从疲劳恩退向吉拉，拿破仑断定敌军主力会集中在此地，并准备在此地进行大会战。可不久，缪拉又报告说，他的骑兵已通过吉拉，并未发现敌人踪影，萨克森部队似乎已向西通过罗达退往耶拿。拿破仑不得不推翻先前的判断。现在法军的三支纵队已相当集中，可拿破仑对敌人的部署还是一无所知。
这几个月强制性的军事上的沉寂，是拿破仑活动最紧张的时期。他以其旺盛的精力和坚强的意志解决了许许多多各式各样的问题。几乎每隔三四天，就有来自巴黎、阿姆斯特丹、米兰、那不勒斯和柏林的信使们求见。他们带来大臣们的奏折及元帅和地方长官的战斗报告，请求拿破仑过目，然后，再带走拿破仑作出的最后决定。拿破仑有时住在谷仓里，有时住在农舍中，不知疲倦地阅读文件、口述命令和决定。在一天当中，他草拟了关于加强税关检查的命令；签署和修改了为军官儿女设立学校的章程；申斥了自己的弟弟、荷兰国王路易；命令了巴伐利亚国王加强在提罗尔的监督。他还注意到了文学，他对《法兰西水星》杂志上的文学观点十分生气，命人立即改变这个杂志的全部文学见解，顺便挑选新的编辑，让新的编辑放聪明些。他也熟悉里昂丝业的生产情况，也知道巴黎国家剧院的演员们为什么彼此勾心斗角。他命令把斯塔埃尔夫人赶出巴黎，因为她具有自由主义的思想方式。他审查财政部的报表，发现了其中的错误和不准确的地方。他任免了意大利的官吏，发出关于密切注意奥地利及其军事准备活动的指令，还规定要在普鲁士城市和乡村进行人口调查。
原想狠狠教训一下科西嘉穷小子的普鲁士国王，在战斗打响后一周就遭到了彻底失败。
俄国的本尼格森在给亚历山大的报告中也吹嘘说，他在普乌土斯克将拿破仑打伤了。不管双方如何吹嘘，他们心里都明白：自己的对手是强大的，是不容易对付的。
俄军退到了纳雷夫河上游的沃姆日阿及其以北地区。由于卡门斯基年老体弱，力不从心，在前次作战中远远落在战场后面，沙皇只好免去了他的职务，命令本尼格森接任俄军总司令。本尼格森见法军停止军事行动，也让俄军宿营过冬。
大批法军远离本国几千里，既缺乏粮食，也没有过冬装备，伤病员充满医院，还需要补充新兵。拿破仑骑着马，踏着泥泞的道路，到医院里慰问伤病员，到部队中和士兵谈话，他总是尽最大努力解决一切困难。为了激励艰苦环境中的士兵，拿破仑没有到奢华的华沙宫去舒舒服服地过冬，而是留在前线与士兵同甘共苦。他写信给哥哥约瑟夫说：“在１５天中，我没有脱过一次鞋。我们生活在雪和污秽之中，没有葡萄酒，没有烧酒，没有面包，我们吃马铃薯和肉。长途行军和后撤，没有一点舒服的地方。作战通常是进行血刃战，或者冒着枪林弹雨，受伤的人被放在敞篷的雪橇里，运到５０里路之外……我们尽全力作战，也受尽战争的折磨。”
俄皇亚历山大一世直到最后一分钟还不相信自己的失败。早在６月１２日，俄军惨败于海尔斯堡的消息传来后，俄国宫廷的意见就发生了分歧。沙皇的弟弟康斯坦丁·巴夫洛维奇用尖锐的措词劝说亚历山大与拿破仑休战，他大叫道：“陛下，如果你不希望和平，那么，最好给每个俄国士兵一支实弹手枪，命令他们全体自杀。当前这次新的战斗将带给您同样的结果，这次新的战斗必然会为法军打开您的帝国大门。"１５日早晨，涅曼河边的提尔西特到处都在流传着一个悲惨消息：俄军的三分之一在弗里德兰被消灭了，总司令本尼格森惊慌失措，幸存的士兵已不愿再战。亚历山大起先不相信，但这一流言很快就被无情的事实所证明，俄国上下一片恐惧，似乎世界的末日即将来临。
经过两个星期的会谈，拿破仑于１８０７年７月７日和７月９日分别同俄国和普鲁士签订了《提尔西特和约》。和约对普鲁士极其苛刻。根据和约，普鲁士仅仅留下了"旧普鲁士”
如果英国不接受俄国的调停，或者在１８０７年１１月１日前不同意在承认海上自由和退还它在１８０５年后所夺取的土地的基础上签订和约，则俄国应断绝同英国的外交关系，并参加大陆封锁体系。此外，俄国有义务建议奥地利、瑞典、葡萄牙、丹麦四国加入对英战争。
１０月８日，缪拉的前卫在霍夫遇上陶恩齐恩的萨克森师。法国旗兵如旋风一般向敌人卷去，萨克森士兵哪见过如此强大的阵势，没战多久便仓皇北退。刚退到希莱兹，又碰上贝尔纳多特的前卫。萨克森师腹背受敌，损失惨重。
普鲁士的军官们热血沸腾，磨刀霍霍，决意要为祖国所遭受的侮辱、欺骗讨个公道，要对拿破仑的飞扬跋扈进行报复。路易莎王后和费迪南亲王成为这一派的首领。普鲁士的军队开始行动起来，一个个团队高唱着爱国歌曲经过柏林和马格德堡，向西方开去。国王和王后骑在马上检阅了集中在马格德堡及其西部地区的军队。
１２月１日，普王下诏整顿军队，严惩失职将领。什切青、马格德堡等要塞守将，因不战而降，被撤职查办；作战不力而降、临阵脱逃者也处以严刑；英格尔里本因弃守库斯特林而被处死。普鲁士军民激于覆军亡国之痛，也都愿意武装再战。
普鲁士国王、路易莎王后以及他们的小朝廷极可怜地在其他地方流浪之后，躲藏到普鲁士王国边境小城美默尔城。普王没料到他的各邦在这么短的时间里都落入拿破仑之手，很后悔发动这场战争。他致书拿破仑请求休战，拿破仑回答说：“太晚了！但是不要紧，我希望停止继续流血，准备听取不至于损害这个国家的荣誉和利益的任何条件。"他召来了迪罗克将军，告诉他：“代表我看望每一个伤兵，发给他们需要的一切慰问品。然后去找普鲁士国王，如果他提出合理的建议就报告我。”
这是一场名副其实的血战。由于气候恶劣，双方打的是一场硬拚仗，往来厮杀，急剧搏斗，尸横遍野。这时，拿破仑意识到要使士兵在俄军猛烈炮火下奋勇作战，毫不退却，他本人的行动将是关键。于是，在洛迪桥和阿尔科拉桥战斗中所出现的那一幕又重现了：拿破仑在连续好几个小时的激烈战斗中，始终站在战斗的最前沿，俄军炮弹打断的树枝不断地落在他的头上，有次他竟差点被落在附近的炮弹炸死，但他毫不畏惧。贝尔蒂埃多次下令备马，让他尽快撤离这个死神的王国，都被他拒绝。他站在那里一动不动，冷静地发出一道又一道新的命令，还不时地发出"好勇敢呀"的叫喊声。他身边的近卫军换了一批又一批，脚下躺满了军官和士兵的尸体，他始终在那没有移动位置。拿破仑的勇气鼓舞着他的大军，英勇的奥普尔将军策马奔至皇帝面前，大声说道：“陛下，等着看我的刀吧，砍敌人的脑袋就像切奶酪一样快！"他率领一个团队冒着敌军的炮火，勇猛地插入敌军阵地，哥萨克士兵开枪扫射，把他们打得血肉横飞，死里逃生只有１８人。被迫挥师后撤的奥普尔将军不甘失败，又向敌人发起两次冲锋。第三次，他一边冲向敌军，一边吼道：“胸甲骑兵们，以上帝的名义冲啊！勇敢的胸甲骑兵们，冲啊！"可是，敌人无情的扫射又使大批勇士倒下，跟着将军冲上去的只有寥寥数人。很快，这几个人也被敌军击毙，奥普尔将军身中数弹，当场阵亡。法军一批批地倒下，新的军队又不断补充上去，拿破仑依然站在他们中间巍然不动，与敌人展开殊死的搏斗。
欧洲以沉默的、恐惧的顺从态度接受了封锁法令。这一法令暂时斩断了英国和欧洲的联系，这对一直用别人的手发动一次又一次反法联盟的英国是一次极为沉重的打击。英国还从来没有同如此强大的对手较量过，它的英镑暂时失去了作用，它唆使别人为自己火中取栗的政策暂时失去了活动场所，英国第一次面临着整个欧洲大陆的挑战。这是一次殊死的搏斗，英国为了摆脱困境，又一次去找它的盟友俄国，告诉亚历山大，如果他再恢复同拿破仑的斗争以拯救普鲁士，英国将给予他财政上的支持。英国也去找了奥国，但奥国仍对奥斯特里茨战役中的惨败心有余悸，而且奥国也极愿意看到普鲁士的毁灭，因为普鲁士在１８０５年没有参加第三次反法联盟。尽管奥国在犹豫不决，但在彼得堡，英国如愿以偿了。
艾劳之战后，医院里住满了伤员。在战场四周好几公里以内的空气中，充满着尸体腐烂的臭味，病菌也在迅速地传播开来，拿破仑决定离开这个地方，他将法军向西南撤了几十公里，准备在帕萨格河西岸休整、补充，宿营过冬。
拿破仑对内伊的鲁莽行动极为恼怒。此时开战，对法军非常不利。可事情既已如此，拿破仑只得迅速作出反应。１月２９日，他命贝尔纳多特军实施机动防御，采取诱敌深入的方法，且战且退，把俄军诱到维斯瓦河一线，其余兵力则向敌侧后实施大迂回，切断敌军退路，然后加以合围歼灭。贝尔蒂埃立即派人将皇帝的命令送往各军。法军开始顶着鹅毛大雪飞速行军，拿破仑的大本营也以惊人的速度搬迁着，１月３０日上午６时从华沙出发，３１日中午就到达威仑堡，一天多行程８０英里。２月３日，各军都到达了预定的集结位置，准备对俄军发起攻击。
这时，霍恩洛厄还抱着最后一丝希望，就是援军马上到来，使溃散的部队躲在援军后面，以免全军覆没。不过，吕歇尔将军可没有他那样焦急。他接到求援信后，不慌不忙地将１５０００人排列整齐，缓缓而行。直到下午２时，吕歇尔的先头部队才与法军遭遇。普军排着整齐的队形，迈着稳健的方步，刚刚靠近法军，还没来得及排开战斗架式，就被蜂涌而至的法军打得无法招架。１５分钟内，损失兵力一半以上，幸存的普军纷纷掉转头来，朝着魏玛方向猛逃。在法军旗兵的追击之下，吕歇尔身负重伤，差点丧命。
实际上，此时的普军仍未有明确的作战计划。９月２４日和２５日，普军诸将会于瑙姆堡，商议作战计划。霍恩洛厄的意见是：布伦瑞克主力军团迂回图林根山，由法兰克福方向前进，以一部守备该山；自己率军越过法兰肯森林，经拜律寺、班堡前进；吕歇尔军在右翼游动，取守势。总司令布伦瑞克则认为：以霍恩洛厄军的一个师对付、牵制拜律寺方向的法军；其余的师均与主力会合，越过图林根山，经爱尔富特至维尔茨堡取攻势，切断法军交通线，奇袭其营地；吕歇尔军则向法兰克福大道前进，牵制东进的法军。两种方案引起了激烈争论，两位将军各执己见，互不相让。普王见此情景，只好将两种方案来个折衷，以主力越图林根山，霍恩洛尼越法兰肯山，同时进入南德。然而，双方仍不满意。这时，又有人提出了第四种方案、第五种方案。命议连续开了１０天，仍然没有得出结果，只好暂时休会。
布吕歇尔带着１４０００人冲出城去。傍晚时分，在卢卑克近郊的平原上，布吕歇尔及其队伍被法军团团围住，只得放下武器投降了。
为了准备来年春天的战争，拿破仑撤销了在艾劳战役中损失严重的第普军，提前征召了１８０８年度的８００００名新兵，把其中２５０００人补充到前线各军。同时，积极采取外交手腕，诱使土耳其对俄国采取更有力的进攻行动，迫使沙皇亚历山大一世不得不把更多的部队调到同土耳普军队作战的前线。拿破仑还向波斯派去一个使团，希望波斯国王能在俄国东部各省区给俄军以打击。西班牙也接到了拿破仑的一份文件，文件要求西班牙支援法军１５０００人，西班牙国王不敢稍有迟疑，立即将１５０００人送到拿破仑军中。拿破仑还签订了不少条约，根据这些条约，法军中又补充了不少德国人、意大利人和荷兰人。
莱茵同盟的成立及占领区各重要官员的任命使得普鲁士极为不安。普鲁士看到拿破仑的权力已深入到德意志的心脏，直接威胁着普鲁士的领土完整，反法情绪日益高涨。１８０６年４月８日，普鲁士向法国发出最后通牒，要求法军立刻从德意志土地上撤出。拿破仑根本不予理睬。６月，拿破仑公开向立法院宣布，他有４５万军队，而且有足够的经费来维持，不用借贷，也不会发生赤字。同时他将２０万军队集中到莱茵河两岸的阿尔萨斯、洛林和莱茵同盟各国。拿破仑的所作所为激起了普鲁士主战派的狂热情绪，他们咒骂国王是胆小鬼，不敢去碰一碰科西嘉岛的小矮子，同时谴责主和派首领豪格维茨是祖国的叛徒。软弱无能的国王正逐渐受到主战派的控制。
普王撤退途中，正好与耶拿战场上的残兵败将迎头相撞，他不禁仰天长叹道：一切都完了。两股败军合在一起，形成一股混乱的人流，没命地向魏玛方向逃跑。法军旗兵在后面紧紧追赶，战刀在败兵耳边呼呼作响，人人惊恐万状。路易莎王后，这位不久前还在疆场上鼓舞士气的巾帼英雄，这时也骑着马落荒而逃。两名法国旗兵举着马刀紧跟其后，王后吓得魂不附体。好不容易来到魏玛城门前，一支强大的法国龙骑兵又向她疾驰而来。王后见势不妙，不顾一切地冲进城去。城门关上了，王后终于捡了一条性命。
就在霍恩洛厄投降的前一天，拿破仑随同４位元帅、骑兵掷弹兵、近卫轻骑兵得意洋洋地进入柏林。柏林市长毕恭毕敬地把首都钥匙交给了拿破仑，请求他赦免柏林。拿破仑下令商店继续营业，生活照常进行。柏林市民怀着恐惧和尊敬的心情迎接了拿破仑，表现出绝对的服从。拿破仑来到柏林市中心广场，这里竖着腓特烈大帝的半身塑像。拿破仑压低剑头，率先脱帽向腓特烈大帝致敬，军官们纷纷效仿。在普鲁士王宫里，拿破仑找到了腓特烈大帝的宝剑、他的颈甲以及勋位绶带和闹钟，他让人把这些东西带回巴黎，交荣军院保存，他说：“在缴获的普鲁士国王的珍宝中间，我最喜欢的就是这些战利品。我要把这些东西送给参加过汉诺威战役的老兵，他们将会把这些东西作为伟大军队的胜利和罗斯巴赫战役失败后所进行的复仇的象征珍藏起来。"同一天，拿破仑还命令把腓特烈大帝为纪念法国人在罗斯巴赫的失败而建立起来的纪念圆柱运回首都去。
５月初，随着天气的变暖，拿破仑命令前线各军开始集中，充分做好战斗准备。６月５日，俄军巴格拉季昂部首先发起进攻，直逼内伊的第六军，因为此军离俄军驻地最近。由于众寡悬殊，内伊且战且退。拿破仑本打算６月１０日向俄军展开进攻。现在，敌人突然进攻，拿破仑也不慌张，他立即草拟了一个新的计划，命第一、三、四、八军和第五军迅速发动反攻，俄军在来势凶猛的法军打击下，被迫退进海尔斯堡要塞。
１８０７年６月２５日下午两点钟，两国皇帝举行了第一次会见。为了使亚历山大皇帝不必走到法军所占领的涅曼河岸，而拿破仑也不必走到俄国的涅曼河岸，拿破仑下令在河中央安置了一排大木筏，木筏上构筑了一间装饰华丽的房屋，两边各有一门通向室内。屋顶上高踞两只风信鸡，其一只代表俄罗斯之鹰，另一只代表法兰西之鹰。在法军占领的岸边，排列着拿破仑的全部近卫军；在俄国岸边，站立着亚历山大为数不多的侍从人员。
法军集兵耶拿后，即作准备攻击。１０月１４日拂晓，天气异常寒冷，晨雾越来越浓，拿破仑由一群侍卫簇拥着，骑着马来到部队中间，检查战斗前的准备情况。他们打着火把行进，有意大声喧哗。拿破仑不时地同士兵和军官们交谈，激励他们的斗志，他一再宣称：今天气鲁士军队的处境，就和一年前奥地利军队在乌尔姆的处境一样。拿破仑走到哪里，哪里就是一片欢呼声。欢呼声穿过浓雾，传到了普军兵营，普军个个心惊胆颤，预感到厄运的来临。
面对恶劣的天气及各种必需品奇缺的状况，法国部队已不像往常那样热情高涨，而是口出怨言，意气沮丧。当拿破仑骑马经过部队时，再也听不到"皇帝万岁"的欢呼声，听到的只是长途行军后的痛苦呻吟声。北方的严冬、路面的泥泞以及士气低落使得拿破仑认为继续作战已不可能，他决定让军队就地宿营过冬，以待来年春季采取行动。
特别是１０月１４日这一天，法军一下子取得了耶拿和奥尔斯塔特两大战役的胜利，普军几乎全军覆没。拿破仑对部下的英勇作战非常满意，对达武以２００００人的劣势兵力打败５００００人的普军主力更是称赞不已。但有一人使拿破仑很不高兴，那就是贝尔纳多特。他对贝尔纳多特不去援救达武非常恼怒。他在瑙姆堡当着一批军官的面说：“我要是把他提交军事法庭，他准会被枪决。我不对他说这些，但是他不至于不明白我对他的行为是怎么想的。他有很强的荣誉感，自己不会不知道他的行为是可耻的。"因贝尔纳多特的妻子是拿破仑过去的恋人，是约瑟夫妻子的姨妹，凭着裙带关系，贝尔纳多特没受重罚。
６月１４日凌晨３时，法军第五军赶到弗里德兰。这时，俄军也已到达这里，正准备利用阿勒河上的唯一一座桥梁渡河。拉纳立即命令已到达的部队就地展开，抢占有利地形，架好火炮，进行射击，以阻止敌军渡河行动。拉纳以１００００人的兵力顽强地抗击着俄军５００００人，俄军欲进无路，欲罢不能。战斗从凌晨一直打到下午５时，每个法军都在咬紧牙关，坚持到生命的最后一分钟。就在这时，拿破仑率领着第六、第八、第一军和近卫军赶到了，疲惫不堪的拉纳军欢呼雀跃起来。这一天正好是马伦哥会战七周年的纪念日，拿破仑向欢呼的士兵高声说：今天是大吉大利的日子，是马伦哥大捷的纪念日，俄军将在这一天重蹈奥军的覆辙。法军士气更加激昂。
普军在继续溃退，拿破仑估计普军的自然退却方向为马格德堡，于是，１０月１５日，法军兵分三路，开始了战史上着名的大追击。普军在溃退过程中，人数一天比一天地减少，绝望的惊恐心情一天比一天地加重。１６日清晨，普军败退部队指挥官美伦多夫在爱尔富特率军万人向缪拉投降。普王害怕法军右路部队的追击，不敢回柏林，而是东向俄国求救。１０月２０日，霍恩洛厄避开法军，将各军团近４００００多名残兵聚集起来，守御马格德堡。这些残兵个个赤手空拳，垂头丧气，霍恩洛厄料想这支队伍难以力敌，自率２４０００人分三路退往斯德丁堡。１０月２８日，霍恩洛厄在普伦茨劳被缪拉军团团团围住，不得不率军万人、马１８００匹、炮６４门投降。
拿破仑进驻柏林后，命令部队继续追击普军的最后残余。这时，布吕歇尔和魏玛公爵又从四散逃命的败兵中集合了２００００多人，向北逃去。一路上受到贝尔纳多特、苏尔特和缪拉三位元帅的猛烈追击。布吕歇尔进入了靠近丹麦国境的卢卑克。丹麦国王出于对拿破仑的恐惧，坚决不准布吕歇尔入境。１１月７日，三位元帅进入卢卑克，一场激烈的巷战开始了。布吕歇尔的这群乌合之众哪是法军对手，不多一会，就有６０００士兵被击毙或俘获。
两国皇帝进行了热情地拥抱。随后，屏退左右，进入房间，开始了长谈。拿破仑问：
１３日夜间，普王和布伦瑞克率领普军主力从爱尔富特和魏玛向北撤退，途经耶拿西北２０多公里的奥尔斯塔特，普王决定在此地宿营，这时，已占领了瑙姆堡的达武军接到拿破仑的命令，叫他选择最短路线，尽快抵达耶拿以北的阿波尔达，威胁敌军左翼。达武军立即行动。１４日６时，达武先头部队抵达奥尔斯塔特东北的汉森豪森村，浓雾之中，正好遇上普军主力的前卫施美陶的步兵师和布吕歇尔的骑兵师。达武先头部队立即构成方阵，集中火力射击，打退了普军旗兵的４次冲击。施美陶的步兵师因受火力阻拦，难以继续前进，便与法军形成对峙。１０时许，达武军后续两师先后赶到，但普军的后续部队也于此时赶到。普军５００００多人从左右两翼猛烈攻击达武的２００００多人，达武处境十分危险。
同时，拿破仑积极展开外交活动。首先，他利用波兰人民的独立情绪建立了一支波兰军队。波兰在１７９５年第三次被奥地利、普鲁士和俄国瓜分以后，人民一直渴望摆脱被压迫的困境，结束被瓜分的局面。拿破仑为了取得波兰人的支持，保障未来作战中后方交通线的安全，同时也想在与沙俄的冲突中争取建立一个中间缓冲国，敏锐地抓住了有利的时机和条件，积极支持波兰人实现独立的愿望。他号召波兰人拿起武器，与法军并肩战斗，把瓜分者彻底打垮。波兰人积极响应了拿破仑的号召，迅速组织起一支３００００人的部队，支持法军的行动。
２月７日，由缪拉的骑兵和苏尔特的第４军组成的前卫在艾劳城追上了俄军后卫。苏尔特军迅速迂回到俄军后卫的左翼，俄军后卫见势不妙，乘黑夜放弃艾劳，退回到主力所据守的阵地——艾劳东面的山脊上。这时，拿破仑的大军都已赶到此地。
议员们开始指责威廉·皮特，反对党要他下野，皮特经受不住精神上的震动，就此一病不起，过了几个星期便一命呜呼。格兰维尔继任为英国首相，他任命了同情法国大革命的福克斯为外交大臣。福克斯一贯反对皮特的对外政策，他真诚希望法国和英国能和平相处。于是，福克斯派亚尔默思勋爵去巴黎进行和谈。
与此同时，拿破仑开始在被占领地区给身边的高官重臣、兄弟亲戚封王封爵。缪拉元帅为克累弗和贝格大公爵，贝尔蒂埃为纳夏泰尔大公，路易·波拿巴为荷兰国王，塔列兰为贝涅维特大公，贝尔纳多特为本特·科尔诺大公，康巴塞雷斯为巴马公爵，勒布伦为起亚琴察公爵，这些人是拿破仑在这些地区的全权代理人。
面对来势汹汹的法国三路大军，年老的俄军总司令卡门斯基感到有被切断退路的危险，决定继续向东北方向撤退，但他手下的两员大将本尼格森和霍夫顿拒绝撤退，他们坚持要以纳雷夫河为依托，阻止法军东进。于是，俄军在维希库夫、普乌土斯克和戈维明一线展开，以待法军来攻。
在处理完繁忙的军务之后，拿破仑总忘不了给皇后约瑟芬写信，这是他历来的习惯。１０月１３日凌晨２时，他给约瑟芬写信道：“我的事务进行得颇为顺利，一切都恰如我所希望的。……我的健康极佳，尽管每天气马或乘车要走４５英里到６０英里，但体重反而增加。我８时入睡而午夜起床。”
拿破仑之所以对自己的战略计划作如此详细的解释，是因为他把这种"营方阵"即２０万人的３支平行纵队以３０英里宽的正面前进看成是战胜普军的关键所在。一旦在正面上碰到敌人，他可以用一个纵队迎敌而用品他两个纵队来迂回；如果敌人在侧面上出现，两军可以立即左右展开迎敌，而其余兵力则为支援。
---------------------------①系指西西里岛的巴勒摩人民于１２８２年３月３０日夜掀起的反法运动。当时人们以晚祷的钟声为号，群起反抗法国人的专横，这一运动波及全岛。
和约对沙俄却是极其宽容的。俄国不仅没有失去领土，还得到前盟国旗鲁士的波兰领土比亚威斯托克地区，并获得在瑞典和土耳其行动的权力。根据和约，亚历山大一世承认莱茵同盟；承认拿破仑的兄弟约瑟夫为那不勒斯国王，路易为荷兰国王，热罗姆为威斯特法利亚国王；承认拿破仑对爱奥尼亚群岛的七个岛屿的主权。
霍恩洛厄见情势危急，急派人向在魏玛的吕歇尔军求援。吕歇尔军距此地仅１０公里，但迟迟不至。萨克森师也未能及时投入战斗。与此同时，法军却是援兵迭至：苏尔特军团的二个师已进至拉纳军团的右翼；内伊军团精兵一部也已参战；奥热罗军团第二师进至普军右翼萨克森附近；骑兵军团五个师亦将集于战场。１０时左右，浓雾消散了，和煦的阳光照耀着威武雄壮的法国部队，显得那样精神抖擞，士气高昂。普军在法军的打击下，已奄奄一息。霍恩洛厄见形势不妙，终于不顾一切，把所有预备队都投入了战斗，企图坚持到吕歇尔援军的到来。
１０月７日，拿破仑接到普鲁士国王的最后通牒：要求所有法军撤出日耳曼领土，否则，"西西里岛晚钟事件"①将会重演。这是拿破仑开始战争的最好借口。法军开始通过人口稀少的图林根地区向北进发，每人携带４天口粮。在符兹堡、班堡和弗赫汉还准备了１０天的补给量。
６月２２日，亚历山大派洛巴诺夫公爵去见拿破仑，拿破仑在提尔西特的行宫里接见了这位公爵。在同洛巴诺夫谈话时，拿破仑走到一张地图前，指着维斯瓦河说：“这就是两个帝国的边界，在边界的一边应该由你的君主统治，另一边则由我统治。"洛巴诺夫立刻心领神会：拿破仑已打算把普鲁士消灭掉，而且还要瓜分波兰。
由于损失严重和天气恶劣，法军已无力量实施有力的追击，只是在第二天由缪拉率领少数骑兵象征性地追赶一段。艾劳一战是拿破仑自指挥作战以来流血最多的一次战役。８００００法军参加战斗，损失了１５０００人。俄军损失更为严重，７３０００人中损失了１８０００人。虽然法军最终成为战场的主人，但拿破仑心里很清楚：本尼格森并没有真正被打败，他还保持着威力强大的、十分善战的军队。
“亲爱的，我只能告诉你一句话，我现在正住在一间破谷仓里，我已击败了俄国人，并夺获了３０门炮和他们的辎重，俘获了６０００人。但天气极坏，不断地下雨，而且泥深过膝。”
１３日下午３时，拉纳送来报告，说法军已经占领耶拿城，并将１２０００人的敌军赶向魏玛。另外，法军还发现有３００００敌军驻在耶拿以西３英里的魏玛大道上。拿破仑兴奋不已，他断言一场与其军主力的大会战即将开始，普军是兔子尾巴长不了了。１小时后，拿破仑赶到耶拿，他徒步登上耶拿城西北１英里半的兰德拉芬高地，仔细观察了敌军前哨所扼守的阵地。他命拉纳守住这块高地，以掩护耶拿附近萨勒河上的渡口。
１２月２６日，法军右翼拉纳军对普乌土斯克的本尼格森阵地发起勇猛攻击，没想到俄军炮火十分猛烈，拉纳几次冲锋均被击退，损失惨重。拿破仑又集中苏尔特、达武、奥热罗三个军向坚守戈维明阵地的霍夫顿发起进攻，霍夫顿军同样进行了顽强的抵抗。经过一天的激战，俄军被迫放弃阵地，向东北方向撤退。这天的天气十分恶劣，时而下雨，时而飘雪，纳雷夫河谷变成了沼泽地，泥泞满路，有些地方竟至人陷过膝，马陷及腹，车陷过轴，俄军放弃了一切火炮，有秩序地撤走了。法军因损失较大以及道路难行，无法继续追击俄军。
拿破仑此时对胜利充满信心，他写信给塔列兰说：“情况发展完全和我两月前在巴黎所算计的一样；我从来没有错过，一切都使我深信普鲁士人绝无幸免的机会。他们的将领完全是白痴。”
７月２４日，普、俄就同法国作战问题达成秘密协定。根据协定：一旦普法战争爆发，俄国则用武力援助普鲁士。这时期鲁士与英国的关系十分微妙，尽管两国表面上因汉诺威问题处于剑拔弩张的紧张状态，而实际上，英国正极力怂恿普鲁士对法作战，并保证提供大量英镑支援。这样，以俄普为中心、由英国提供经费的第四次反法联盟又开始形成。
弗里德兰一战，俄军损失１５０００人，其惨状丝毫不亚于奥斯特里茨的情景。俄军已经丧失了再战的信心，６月１９日傍晚，在涅曼河南岸的法军前哨阵上，俄军巴格拉季昂部的一位军官举着白旗，送来了总司令本尼格森请求休战的公函。拿破仑立即表示同意。
拿破仑从来没有像现在这样得意过。以弗里德里希大王的尚武精神培养起来的普鲁士军队，自诩为欧洲最强大的军队，被他打得落花流水。在短短的一个月以内，作为欧洲四大国之一的普鲁士消失了，整个欧洲为之震惊，德意志各小国更是惊恐万状，他们赶忙派人到波茨坦宫向拿破仑表示归顺。他们跪拜在他的面前，祈求宽恕和庇护；他们向他阿谀奉承，保证自己对他的忠诚之心。拿破仑陶醉在胜利之中，似乎整个世界已踩在他的脚下。
１８０７年５月２６日，但泽的普鲁士守军经过长期的围困后，终于向法军投降，法军不仅拔除了侧后的这颗钉子，而且还在那里发现了大量粮食和各种物资。粮食问题在春天明显好转起来。
波兰战役俄国急于报奥斯特里茨失败之仇，１５万人的军队开进波兰，气势汹汹地朝法军旗去。
普鲁士军队曾在菲特烈大帝时威震一时，一些宫廷长官、军事将领以及路易莎王后至今仍对其军队的威力深信不疑。他们认为，只要普鲁士军队给拿破仑以勇敢的一击，拿破仑的大军就会一败涂地，保王党就可以在后方举行暴动，拿破仑的政权会因此被推翻，波旁王朝可以轻而易举地复辟。然而，这些自信的人却忽略了一个事实，那就是如今不是菲特烈大帝时代，普军的后勤、武器装备大多停留在５０年前菲特烈大帝时代的水平，其战术思想仍固守传统的"线式战术"那一套，僵硬的队形、迟缓的动作和有顺序的排枪仍被认为是战无不胜的，而对法军宽松的队形和比较放任的射击纪律不屑一顾。普军对于法国革命后法军所发展的机动性和战术弹性简直毫无所知。普军的将军亦多年老保守者，年轻有才干的人很难有机会破格提升。这些年老保守者一味以菲特烈时的老将自居，妄自骄矜，对新情况，新战术漠不关心，且又重视排场、形式而不重实效。更为严重的是普将之间互不服气，指挥难以统一，这必将导致行动迟缓，各行其事。所有这些，已预先决定了这场大战的胜负。
普军的初期失败，使得布伦瑞克大为惊慌。尤其是费迪南亲王的阵亡，给整个大军罩上了一片愁云。这时布伦瑞克猛然发现了自己犯了一个严重错误：向符兹堡前进恰好使自己的左面和后方暴露在法国优势兵力之下。于是，他决定立即退到马格德堡和易北河谷，以便掩护其与柏林之间的交通线。右边的吕歇尔军也奉命退回魏玛，霍恩洛厄军则奉命将兵力集中在耶拿以西的高原上以保护左翼。
在法军的严厉打击下，普鲁士到处笼罩着绝望和沮丧，许多强大的城堡不加任何抵抗，就惊恐万状地投降了。马格德堡是普鲁士最后一个尚未投降的要塞，１１月８日，克莱斯特将军带领全部守军向法军投降，这个号称第一流的强大要塞落入法军手中。至此，普鲁士战役全部结束，几乎所有普鲁士城市都在法国当局的控制之下。
拿破仑向亚尔默思勋爵表示：如果英国在他的条件下签订和约，他愿把汉诺威还给英王。消息传到普鲁士，整个宫廷大为震怒。普鲁士曾用了两个侯国交换了汉诺威，只是由于英国因此要对其宣战，才让拿破仑的军队继续驻扎该地。如今拿破仑又将汉诺威作为与英国和谈的筹码，普鲁士政府感到自己受了极大的欺骗。特别是那些在１８０５年曾极力主张加入反法联盟的人对此更是愤慨，他们断言，如果当时毅然决然地加入反法联盟，便会预防奥斯特里茨的失败，也不致使普鲁士今天在同拿破仑面对面的斗争中陷入孤立无援的境地。
军事会议在大本营开了９小时，久议不决。在军情紧急之际开如此冗长的会议，丧失了宝贵的战机和时间，法军得以更多地集兵，形成对耶拿的包围之势。１３日，普军得知要地瑙姆堡被达武军所占，顿时震骇。布伦瑞克早无决战之意，便同意主力转进北方。普军临阵退却，无异于怯敌逃跑，这使本来就不甚明确、统一的作战计划更加混乱，士气极为低落。
拿破仑回到耶拿城时，第三军一个明托布里安的上尉已在那等候多时。这位上尉向拿破仑报告说：第三军在奥尔斯塔特击败了由布伦瑞克指挥的普军主力５００００人，普鲁士国王和他的大本营也包括在内。拿破仑简直不相信自己的耳朵，他大声地对托布里安说：“你们元帅把一个人当成了两个人吧！"可事实的确如此，托布里安的报告千真万确。
如此众多纷繁复杂的事情，都被拿破仑迅速而明确地解决了。人们对他的工作狂热态度感到惊讶，他可以几天不睡觉，毫不倦怠地拟订着各种政策和计划，有人曾这样评价他：他的毅力远比他的智力更可怕。
“卑下的国王，卑下的民族，卑下的军队，这个国家欺骗所有的人，它不值得存在下去。"拿破仑曾如此尖刻地对亚历山大谈其他的朋友普鲁士，亚历山大对这些咒骂却报以亲热的、文雅的微笑。当然，微笑之后，他还是小心翼翼地请求法国皇帝多少给普鲁士留下一点东西，尽管它有这些应该受到惩罚的毛病。
“皇帝，我们该为什么打仗呢？”亚历山大答道：“我和你一样痛恨英国人，你对他采取各种措施时，我是陛下的一名助手。""这样，一切都容易解决了，和平已经确立。"拿破仑高兴地说。接着，他又说：“我们直接会谈，不通过我们的部长，这样我们会更好地相互了解。我们一小时的活动会比他们几天的谈判所取得的进展还要大，我们两个人，不要有第三人。"随后，两国皇帝相互恭维。分手时，双方都表现出亲善和信任的表情，人们已看不出这两人曾是多年针锋相对的敌人和对手，人们觉得他们倒像是游乐会上相逢的老朋友。亚历山大事后对人说：“我对任何人从来没有像对他这样有过那么多的偏见，但是，经过三刻钟的谈话，这些偏见有如梦幻，完全消失了。要是我早一点见到他就好了！隔阂已经消除，误解已成过去。"拿破仑对亚历山大也有较高的评价，他说：“刚刚见过亚历山大皇帝，我对他很满意。他的智力比一般人所说的要高。”
１３日夜间，大雾笼罩着萨勒河谷及其四周的高地，法军借助着这浓雾，神不知鬼不觉地整夜沿着狭窄弯曲的小路调动兵力。
拿破仑与亚历山大长达两小时的会晤急坏了等在涅曼河岸边的一个人，那就是普鲁士国王弗里德里希·威廉。战斗已停，国土被占，威廉显得万分伤感，他唯一的希望寄托在战胜者的宽宏大度上。他等在岸边，希望拿破仑也召他去，可是一直没有。直到第二天，拿破仑才允许同他会见，而且是以十分鄙视的态度对侍他。分别的时候，拿破仑邀请亚历山大共进午餐，却没有邀请他，只是对他勉勉强强地点了一下头，然后就转过身去。此后，拿破仑与亚历山大几乎天天见面，他们轮番举行着豪华宴会，他们一起骑马巡游和狩猎，根本不去理睬普鲁士国王。即使有几次拿破仑允许普鲁士王来见，也不谈正事，而是申斥和痛骂威廉。
１８０６年７月１２日，德意志各国君主根据拿破仑的命令签订了相应的条约，莱茵同盟正式形成。参加同盟的有巴伐利亚、符登堡、巴登等１６个西部和南部的德意志国家。这个同盟选举拿破仑为自己的保护人。为了对皇帝的"保护"表示感谢，同盟有义务在发生战争的情况下为拿破仑提供６３０００名士兵。许多以前服从奥地利哈布斯堡王朝皇帝们的独立小国，现在都要受到莱茵同盟各国君主的管辖，他们的领土也都划入莱茵同盟各国。整整存在了１０００年的"神圣罗马帝国"名存实亡。１８０６年８月，奥地利皇帝根据拿破仑的建议，取消了"神圣罗马帝国"，废除了“德意志皇帝"的称号。
７月６日，俄国外交官乌布里来到巴黎，名义上是来谈判，实际上是来探听英法之间的和平究竟有多大可能。两个星期后，塔列兰与乌布里签订了法俄和约的初约。不过，俄皇亚历山大并不急于批准这项和约，他要看法国与亚尔默思勋爵谈判的结果如何。
拿破仑还煽动了俄国边境的土耳其和波斯的反俄情绪，这两个国家在俄国南部边界制造了不少麻烦。他们出兵侵入了多瑙河下游，在高加索占领了沙俄的领土，迫使俄国派出一部分军队越过普鲁特河，去征服土耳其和波斯。这样，当拿破仑在波兰扎扎实实地进行战争准备工作时，沙皇却分散了精力，陷入了拿破仑为他准备的两面作战的圈套。
于是，普法双方开始谈判。拿破仑提出：将易北河以西的地方全部割让给法国；普鲁士赔偿军费１亿法郎；承认萨克森及易北河以西的德意志诸邦加入"莱茵同盟"；普鲁士将华沙、波森交还给法国等。后来又提出将但泽等９个要塞让与法国。尽管条件很苛刻，但因普军已溃散，普王只好在１１月６日暂时承诺了这些条件。
如果其中一国拒绝，则俄国将对该国宣战。拿破仑也向俄国保证：一旦土耳其拒绝停战或满三个月后俄土谈判没有取得满意的结果，法国将和俄国一起对土耳其采取共同行动。
对于普鲁士的孜孜备战，拿破仑早已得到情报。８月份，拿破仑在德意志南部集中了１９．２万人的大军。８月９日，普鲁士国王宣布总动员。８月２５日，普鲁士召开了第一次军事会议，会上决定成立两个军团，由布伦瑞克公爵和霍恩洛厄亲王指挥。另建立一支独立军，由吕歇尔将军指挥。７１岁的布伦瑞克任总司令。此后，普军及其盟国萨克森军开始向南推进。９月底，他们集结在一条宽７０英里的正面上，中路是布伦瑞克指挥的第一军团７万余人，左路是霍恩洛厄指挥的第二军团５．５万人，包括萨克森士兵在内。右路是吕歇尔将军指挥的独立军５万人，其中包括两个萨克森师。
拿破仑以惊人的旺盛精力和广泛的活动才能完成了这一系列的准备工作之后，立即开始了他的军事行动。１８０６年１１月，法军开进波兰，受到波兰人民的热烈欢迎。１１月末，拿破仑得到消息说，俄军的先头部队已经进入华沙，他命令缪拉和达武立即前往迎敌。
拿破仑的大本营设在波兹南，波兰贵族纷纷派代表团来到这里，恳求拿破仑立即重建独立的波兰王国。拿破仑出于多方考虑，虽表示支持波兰人的独立，但没有提出任何重建波兰独立国家的实质性措施。他知道一旦他立即采取行动重建波兰独立国家，奥国会因失去波兰这样一个富庶而重要的省区而重上战场，俄国人也将因失去波兰领土而作殊死的战斗，这与俄国仅仅为履行作为普国的盟国的义务而作战是不同的。那时，法军面临的敌人将是强大的。他对他的后任秘书拉普说：“我喜欢波兰人，他们的热忱性格令我高兴，我愿意使他们成为独立的民族，但那是谈何容易的事，这蛋糕分到手的人太多了，奥地利、俄罗斯、普鲁士各得一块，而且，火头一经点燃，谁知道大火烧到何处为止。我首要责任是对法国的，我不能为了波兰而牺牲法国的利益。总之，我们得把这事交给宇宙的主宰——时间，不知时间告知我们该怎么办。”
这时，拿破仑为了巩固自己对德意志西部和中部部分地区的统治，决定建立莱茵同盟。
中午１２时左右，拿破仑意识到发起最后攻击的时刻到了，立即将预备队、近卫军、骑兵军全部投入战斗，向已动摇的普军猛扑过去。普军抵挡不住，沿着山坡溃逃，法军穷追猛打，普军死伤者无数。与此同时，扼守魏玛公路的三个萨克森师全被围歼。
正如拿破仑所料，普军１３日之前在魏玛、耶拿一带集结兵力达１８万人，数量对法军处绝对优势。此时若能积极迎战，尚可与法军抗衡。然而，大战即将来临，普军的战守之策仍存分歧。一种意见认为普军应转进北方，另一种意见则认为应趁法军渡河之机发动进攻。
９月２５日，拿破仑离开巴黎。３天后，抵达梅因兹。至此，他对敌人的行动、实力及作战计划不甚了解，他所知道的仅为萨克森和普鲁士缔结了同盟，他必须对付他们的联合兵力。法国陆军对这个新战场很不熟悉，因此，拿破仑坚持在尚未发动作战之前应尽量搜集一切有关地形的情报，他派工兵军官前去侦察从图林根森林通往普鲁士和萨克森的道路。１０月１日，拿破仑写信给贝尔蒂埃说：“我希望你把曾作道路侦察的工兵军官留在符兹堡，因为我要亲自询问他们有关地形性质的问题。……在班堡要建立一个面包制造厂，能供给８万人４天的口粮。班堡为一切军事行动的中心。假使我们被岂不得不如此，则我想能在１０日前发动进攻。”
与此同时，苏尔特元帅率军朝哥尼斯堡加速前进，很快就成了哥尼斯堡的主人。溃败的俄军再也不能进入哥尼斯堡，只得继续逃跑，犹如决堤的河水，一泻不可阻遏。他们渡过普雷格河，还是一步不停地向北败逃，直到跨过涅曼河为止。
２月８日清晨，炮声隆隆，战斗打响了。奥热罗率军勇猛地向敌军阵地冲去，突然间风雪大作，法军士兵几乎睁不开眼睛，根本找不到射击的目标。而此时的俄军处于顺风位置，他们把火炮架在山岗上，居高临下地对风雪中迷失方向的法军实施猛烈轰击。法军士兵一批批地倒下，奥热罗也受了轻伤，这支部队不得不败下阵来，俄军的哥萨克骑兵团乘势收复了艾劳城。拿破仑见此情景，亲自率领军队向敌人展开进攻。
