当然，遗憾是永远存在的。在生命的最后阶段，乾隆最大的遗憾是陷入了一场没能取胜的战争。那就是平定白莲教起义之战。
他规定，退位之后，他仍称朕，他的旨意称“敕旨”，文武大臣进京陛见及高级官员赴任前都要请示他的恩训……
在退位之前，他就明确宣布，自己只将那些接待、开会、祭祀、礼仪之类的日常工作交给皇帝，至于“军国大事及用人行政诸大端”，他“岂能置之不问，仍当躬亲指教，嗣皇帝朝夕听我训导，将来知所遵循，不至错误，岂非天下之福哉”。
大批移民的出现，说明了乾隆中叶人口压力的严重程度。当时尚残留的山区本不宜耕种，因为这些深山老林地势险峻，土地贫瘠，且无法保持水土，地力耗损很快，劳动与收获不成比例。在老林中生活是极为艰难的：“伐木支椽，上覆茅草，仅蔽风雨。借杂粮数石作种，数年有收，典当山地，方渐次筑土屋数板，否则仍徙他处，故统谓之棚民。”
一句话，虽然退了位，他还是处处昭示自己仍然是一国之主。
因果报应，分毫不爽。乾隆刚刚完成禅位大典，宣布自己成为了“千古完人”，嘉庆元年（1796年）正月初七，就爆发了白莲教起义。起义在陕西四川湖北的交界处爆发，迅速蔓延到川、陕、鄂、豫、甘五省，共涉及府、州、县、厅、卫等二百零四个。
流民杂居之地，向来是民间宗教的温床。在其他地方被乾隆严厉打击的白莲教迅速在这里滋生起来。“习教之人，入彼党伙，不携货粮，穿衣吃饭，不分尔我。”这种廉价的乌托邦，对于缺衣乏食的穷苦移民，有着巨大的吸引力。
进入嘉庆三年（1798年）以来，太上皇的身体并未见有什么异常。嘉庆三年腊月底，八十九岁的太上皇得了轻微的感冒。新年将至，朝野上下，谁也没有在意。嘉庆四年（1799年）正月初一，皇帝和诸王贝勒及二品以上大臣依惯例来给太上皇拜年，上皇还能如常御座受礼。不料，初二，病情转剧，身体各器官出现衰竭征兆，陷入昏迷。
嘉庆四年（1799年）正月初三上午七时，太上皇帝走完了他八十九年漫长的人生旅途。
虽然在退位前花费巨资修建了宁寿宫，可是真正退位之后，他并没有从象征着皇权的养心殿搬出来，用他的话说：“予即位以来，居养心殿六十余载，最为安吉。今既训政如常，自当仍居养心殿，诸事咸宜也。”
握了一辈子权柄的老皇帝对权力爱如自己的眼睛，防卫过度，眷恋到了近乎失态的程度。
太上皇有意无意间，会把和砷叫过来，问问他皇帝的心情怎么样，有没有因为妻子去世而耽误国事？听过和砷的汇报，太上皇闭上眼睛，微微地点点头。
陕西四川湖北的交界处，有一片著名的原始森林，称南巴老林。此地山高林密，“高山长林绵亘千数百里，弥望蓊郁，竟日不见人烟”。（《三省边防备览》）本非宜人类所居。但是，乾隆中叶起，大批流民涌入这片森林，伐树造屋，开荒种地。这些流民来源极广，不但有四川陕西湖北三省，还有广东湖南安徽江西之人。“携带家室，认地开荒，络绎不绝。”对这些移民的估计，保守的是十余万，有人说有百余万。（《三省边防备览》）
在去世前一天，他还做了“望捷”一诗，期盼平定白莲教的捷报早日到来。在遗诏中，他仍然念念不忘这最后的未了之事：“近因剿捕川省教匪，筹笔勤劳，日殷盼捷，已将起事首逆紧要各犯，骈连就获，其奔窜伙党，亦可计日成擒，蒇功在即。”
虽然已经准备了六十年，但是在禅让大典举行之际，乾隆心中还是不免时时浮现出隐忧：“禅让”之名虽然如此风光盛大，但毕竟不是没有风险。自古及今，还没有一个太上皇是幸福的：唐高祖李渊还没当够皇帝，就被儿子李世民用刀逼下了皇位，当了九年寂寞的太上皇之后，悄无声息地死去。唐玄宗成了太上皇后，日日在儿子的猜忌中胆战心惊地生活，身边的大臣和朋友一个个被流放，最终自己被儿子软禁，郁郁而终。中国历史上的另几个太上皇，比如宋徽宗、宋高宗、明英宗，也无一不是悲剧人物，下场都十分悲惨。
因此，在举行禅让大典的同时，乾隆皇帝已经为了保证自己不落入囚徒境地，做了无数准备：
人们常说，老年意味着智慧和达练，老年其实更意味着身体和精神上的不可逆转的退化。不论多么英明伟大的人，都不能避免老化给自己的智力和人格带来的伤害。乾隆皇帝一生刚毅精明，到了晚年，却像任何一个平庸的老人一样，分外怕死。或者说，他比一般的老人更怕死。年轻时的好大喜功，到了暮年演变成了只喜欢听吉祥话。他尤其畏惧与死亡有关的字眼、器物和消息，认为这些会带来晦气和不吉祥。嘉庆二年（1797年）二月，嘉庆的结发妻子、皇后喜塔腊氏病故。嘉庆帝十分悲伤。嘉庆和喜塔腊氏结婚二十多年，感情很好，一旦断绝，那种痛苦是可以想见的。
当太上皇这几年，乾隆的全部残存精力都用在了镇压起义上。仅三年时间，动用的军队已经有十万，花掉饷银已经有七千万两。虽然“犹日孜孜”，一日不停地调兵遣将，起义的烈火却越烧越旺。
儿子如此“懂事”，乾隆的心很快放了下来。他一如既往地继续着他六十年的柄政生涯，生活几乎没有任何变化。整个大清朝也很快明白，所谓“嘉庆元年”，不过就是“乾隆六十一年”。
正是在战争中，太上皇的生命一天天走向终点。
戴逸先生点评说：一个叱咤风云的英明君主，晚年对农民起义无可奈何，独自念咒，意欲制敌于死地，这种行为典型地反映出一个意志昏瞀的孤独老翁的心理状态，别人几乎不能理解。
时人记载说，国丧的七天之内，嘉庆皇上从不走乾清宫一路，以防把丧事的晦气带到太上皇日常经过的地方。皇帝去皇后灵堂时，俱出入苍震门，不走花园门。去奠酒时，他一直走到永思殿，才换上素服，一回宫，立即换回常服，随从太监也穿着天清褂子，不带一点丧气。“且皇上其能以义制情，并不过于伤感，御容一如平常。”
朝鲜使臣的记述里，把嘉庆韬光养晦的状貌描绘得跃然纸上：“（嘉庆帝）状貌和平洒落，终日宴戏，初不游目，侍坐太上皇，上皇喜则亦喜，笑则亦笑。于此亦有可知者矣。”赐宴之时，嘉庆“侍坐上皇之侧，只视上皇之动静，而一不转瞩”。《清史稿·仁宗本纪》也记道：“初逢训政，恭谨无违。”
传位之前，老皇帝担心的只有一点，那就是凡事有利必有弊。十五阿哥性格过于老实端方，似乎就缺了那么一点机智圆滑，或者说缺了一点就通的那么一点“灵犀”。比如，在当上了“皇帝”之后，是否知道如何处理与他这个“太上皇”的关系，乾隆就不是十分有把握。
事实证明，老皇帝过虑了。直到真正禅让了皇位之后，乾隆才发现他选的这个接班人其实是应该打满分的。
然而嗣皇帝十分清楚太上皇的心理。即位后，他第一次单独做了一个决定：他命令礼部，皇后的葬礼按最简单迅速的方式处理，虽处大丧，皇帝只辍朝五天，素服七日。皇帝还特别命令大臣们，因为“朕日侍圣慈（我日夜侍奉在太上皇身边）”，“朝夕承次，诸取吉祥（凡事都尽量营造吉祥氛围）”，凡在大丧的七日之内，来见太上皇的大臣们，不可着丧服，只要穿普通的素服就可以了。
掌握权力六十年来，乾隆还是头一次这样一筹莫展。野史记载，一日早朝已罢，嘉庆帝和和砷入见。“砷至，则上皇（指乾隆太上皇）南面坐，仁宗（指嘉庆帝）西向坐一小机，（每日召见臣工皆如此）。砷跪良久，上皇闭目若熟寐然，口中喃喃有所语，上（嘉庆帝）极力谛听，终不能解一字。久之，忽启目曰：‘其人何姓名？’砷应声对曰：‘高天德、苟文明（皆白莲教首领姓名）。’上皇复闭目诵不辍。移时，始麾之出，不更问一语，上大骇愕。他日，密召砷问曰：‘汝前日召对，上皇作何语？汝所对六字，又作何解？’砷对曰：‘上皇所诵者，西域秘密咒也，诵此咒则所恶之人，虽在数千里外，亦当无疾而死，或有奇祸。奴才闻上皇持此咒，知所欲咒者必为教匪悍酋，故竟以此二人名对也。’”（《春冰室野乘》）
虽然艰难如此，人们仍然乐此不疲。这说明大清王朝社会体制内的潜力挖掘到极限，仍然无法解决人口问题。又一场大规模的农民起义迫在眉睫了。
事实上，镇压这次起义最后耗费了清王朝白银二万万两，相当于当时清政府五年的财政收入；使清军损失一、二品的高级将领二十多人，副将、参将以下的军官四百多人。可以说，正是这次起义，彻底撕掉了“盛世”的最后一层面纱，宣告了乾隆盛世的结束。大清王朝在这场战争中元气丧尽，从此一蹶不振，再也没有了往日的荣光。
在退位之后接待朝鲜使臣的时候，他又明确向各国宣称：“朕虽然归政，大事还是我办。”
正当盛年、血气方刚的嗣皇帝比他想象的要聪明，十分清楚自己的地位和角色。他十分恭谨地做着大清国的皇帝，每天早睡早起，勤勤恳恳地阅读所有奏折，准时上下班，认真出席每一个他应该出席的活动，却从来不做任何决定，不发任何命令，不判断任何事情。他十分得体地把自己定位为老皇帝的贴身秘书，所有的事情，他都是一个原则：“听皇爷处分。”
