春节过后，陈寅恪仍然留在昆明西南联大，为中文系与历史系合聘教授。讲授“隋唐史研究”和“白居易研究课”。1940年3月，他到重庆出席中央研究员会议。会议的召开是因为蔡元培在这年的３月５日于香港病逝，中央研究院要开会选举新院长。当时中央研究院评议会成员大都信奉民主和自由主义，不想以政府指派的某些政客为院长。他们中的很多人包括陈寅恪在内，主张学术自由，反对政治干预学术。陈寅恪认为如果找一个搞文科的人继任，则应该为胡适。他举出的理由是，胡适对于中国的几部古典小说的研究和考证的文章，在国内外的学术界是很有影响的。如果找一个理科的人担任，则应该找李四光，因为李四光在地质学理论方面的造诣，在当时的中国是无人可比的，而翁文灏只是偏重在地质调查方面。但是这两位得民心的人物，偏偏是政府所不感兴趣的。傅斯年说：“寅恪矢言重庆之行，只为投胡适一票”。胡适当时任驻美大使，似乎不可能回来任院长。陈先生是中央研究院评议会议成员之一，评议会举行会议时总要请他出席。但他在会上一言未发，他曾说在任何一次评议会的记录本上，决不会找得到他的一次发言。正因为如此，在推选新院长的那次评议会上，陈寅恪大概并没有把他的推选意见提出，因为他知道，一切都已经由幕后活动作出决定，提出来也不会起到任何作用。即便知道这样，他们还是要选，以“表示学界之正气、理想、不屈等义”。当政府下条子指名选顾孟余时，群情“颇为激昂”。因为顾孟余在二三十年代大多从事于政治活动，与学术界的活动已经极为疏淡，所以得不到人们的认同。结果选出的三位候选人是翁文灏、朱家骅和胡适，照规定再由政府圈选一人。但由于顾孟余未列名，政府迟不圈选，一直到10月1日，才派朱家骅为代理院长。将“独立之思想，自由之精神”和“读书不肯为人忙”始终作为自己做人与治学根本的陈寅恪对政府干预指定的顾孟余出任院长一职，心里是不能接受和愤慨的，对朱、翁都不以为意，他心目中的最佳人员依然是胡适。事后他曾经私下对傅斯年等人说：“我们总不能单举几个蒋先生的秘书。”在开会期间，翁文灏和任叔永具名请客的宴会上，“寅恪发言，大发挥其学术自由说，及院长必须在外国学界有声望，如学院之外国会员等”。
《隋唐制度渊源略论稿》为若干专题的综合研究，包括《礼仪》（附都城建筑）、《职官》、《刑律》、《音乐》、《兵制》、《财政》，加上《叙论》和《附论》，一共八章。涵盖了魏晋南北朝史、隋唐史、民族学、社会学、考古学、文化史、语言文字学等与中古史相关的诸多领域，显示了他对中国传统文化内涵、中西文化的关系、种族与文化的界定、胡化汉化的实质等问题的高标卓识。《隋唐制度渊源略论稿》本不是为西域史立论，然通观各篇，与西域史研究有关的考索和证述却比比皆是，无处不在。无论是“中学为体，西学为用”的精彩阐释，还是“在文化不在种族”的独到见地，对西域史研究来说都堪称经典。全书的主旨正如《叙论》中所言：“兹综合旧籍所载及新出遗文之有关隋唐两朝制度者，分析其因子，推论其源流，成此一书。”他精细入微考察了隋唐时期的主要制度，从礼仪开始，发其源而究其变，备述职官，刑律，音乐，兵制，财政各项制度渊源流变，分析东西南北各地域间文化输转的保存关系，提出关于“关陇集团”的概念，为后学提示了宏观把握西魏、北周、隋代至初唐历史发展基本线索的关键，具有重要的学术意义。首先点明隋唐制度的源流有三：第一是北魏北齐，二是梁陈，三是魏周。而魏齐的源流则含有东晋南朝前半期的因子，以及保存于河西凉州一带的汉文化；梁陈则为南朝文化因子的总结；魏周则系鲜卑野俗加上魏晋遗风的关陇文化。这一“三源流说”是陈寅恪的发现，也是他写作全书的理论基础。
1939年，陈寅恪已是知天命之年，这年暑假本来打算应英国牛津大学汉学教授之聘，可是由于当时的国内外局势没有去成，在同年的秋季重返昆明授课。在告别妻儿时作诗《己卯秋发香港重返昆明有作》云：
读者从故事中的内涵，能够领悟到一些深意。寅恪毕生研究，著书立说，无非阐发新义，则必然深刻感知到世上诸多违反民族文化传统的种种新义。他心中的“如来”即华夏民族历代未悖“常”道的先贤们，至于他对支愍度故事的意兴，从初至蒙自“渡江愍度饥难救”和逃离香港抵桂林时后的“江东旧义饥难救”等诗句中，都有所体现，这些也是陈寅恪对于抗战时期实况的切身感触。
尽管战火不断，导致陈寅恪十年的清华园黄金期戛然而止，但在西南联大这样充满民主自由和严谨创新的氛围中，在海纳百川，并蓄磅礴的新的环境，虽然陈寅恪身肩国仇家恨，但是在为学术而生存的理想的追逐中，他顶住了重重险阻，认真地履行着一份普通但神圣的教书育人的责任，他的人生轨迹，于时局的黑暗中划出了一片属于自己又福泽他人的绚丽的领地。陈寅恪讲学，似系考据学派，中外古今，旁征博引，论据卓越，听众如坐春风之中，敬佩其学问之渊博、熟谙各种语文之能力，与钻研不惜之精神，皆非常人所能望其项背也。其作品散见于《清华学报》，及其他著名刊物杂志中。当时历史系教授姚从吾先生有言曰：“陈寅恪先生为教授，则我们只能当一名小助教而已。”
陈寅恪在昆明的住处是青云街靛花巷的青园学舍楼上。当时西南联合大学的教室在文林街的昆华北院和北门外临时修建的简易校舍，距离陈寅恪先生住处很远。寅恪上课经常抱着用黑布包袱包着的一大包书，沉重而缓慢地走在昆华路上，之所以每次上课要带这么多的书是因为他在上课时要引证很多史料。进入教室后，即打开所携带的包袱拿出书来，他把需要的主要史料一条条一字不略地写在黑板上，供学生抄录，总是写满整个黑板，然后坐下来，开始讲解，声音不高，又往往闭目授课。如果不集中精神注意他所讲的内容，自然感觉不出其中的精彩来。但是，若能够注意讲解，领悟内容，就可以知道，闭目授课是正在凝神运思的方式或模范，对下面听讲的学生也有激发思想的作用。他经常告诫学生，有一份史料就讲一分话，没有史料就不能讲，不能空说。给学生指导论文的时候，他总是预先警告，文字务必精简，若太冗长，必有浮滥，他表示不愿意批阅类似的论文。为人师表，他身体力行，以身作则，在讲课的时候，总是凭借史料说话，在提出了充分的史料之后，他才会讲课，这形成了他多年的教书习惯。这些原则和授课方法对他的诸多弟子产生了深远的影响。
1940年的春节陈寅恪在昆明度过，大年除夕，昆明虽然“鱼龙灯火”，“仿佛承平”，但是当时“淮南米价惊心问，中统钱钞入手空”。物价飞涨，钱不值钱，虽然是佳节，他的心里却是伤感无限。
人事已穷天更远，只余未死一悲歌。
狐埋狐搰催亡国，鸡犬飞升送逝波。
群心已惯经离乱，孤注方看博死休。
自笑平生畏蜀游，无端乘兴到渝州。
时值国破家亡，百姓流离失所，前路辗转艰辛，脚下的路也不知尚有多少风雨。年近五十的陈寅恪，处于一种无奈、落寞、忧心的境地，只有拿起手中的笔托诗言情：
食蛤那知天下事，看花愁近最高楼。
袖手沉吟待天意，可堪空白五分头。
家亡国破此身留，客馆春寒却似秋。
年后父亲必须赶往学校上课；母亲则因劳顿心脏病发，体力不能支持，决定先由父亲一人取道安南去云南蒙自。当时蒙自恶性疟疾猖狂，父亲亦未幸免。母亲闻知非常焦急。
依照向来成例，在联大陈寅恪每学年都开两个课程，一是文学课程，一是史学课程，每个课程每次各两个小时。但课程名目内容，则逐年更易，就史学课程来说，是“魏晋南北朝史”与“隋唐史”交替。陈寅恪到昆明的第一年，开的是“魏晋南北朝史”，在大西门外昆华农校大楼西北角楼上与公路隔墙相对的一间教室上课。在课堂上，他安排的课程都是专题研究性质的，只讲授自己在课程范围内的研究成绩，对于一些自己已经写成论文发表了的，他一般不会再讲。在国难南渡西迁以后，于“魏晋南北朝史”课程的第一课，陈寅恪先讲述的是一个关涉东晋南渡的故事，这并不是巧合，而是他面对当时南渡西迁局面下的特意安排，所以不循往例，将自己在1933年发表的论文《支愍度学说考》，对学生讲授了一次。南渡第一课讲授这一题目，借题表达出自己忠于学术良心，不妄立新义而藉以曲学阿世或哗众取宠的思想。忠于学术良心的精神，秉持“伧道人寄语支愍度”之义，在为陈垣所著《明季滇黔佛教考》而撰写的序文中就有所表示。该序文在论宗教与政治终不能无所关涉以后，即引述支愍度南渡后伧道人寄语故事，而有下列一段：
陈寅恪在昆明西南联大授课之余，也已经开始起草《隋唐制度渊源略论稿》。虽然在逃难的路上遗失了不少宝贵的手稿资料，但是陈寅恪一丝也没有放弃深入研究的希望，他以手边幸存的眉注本《通典》为基础，于1939年完成了《隋唐制度渊源略论稿》一书。但是由于日寇横行，国运危急，书成后的印刷工作又遭遇种种困难，这一切对陈寅恪的著书事业造成了极大的破坏和打击。刚开始准备寄往上海商务印书馆印行，不幸稿子遗失。后来又交由香港商务印刷，又遭到了日寇残暴烧毁。后来我们见到的重庆商务出版的版本，并不是陈寅恪最初的定稿，它是由历史语言研究所同志根据旧稿凑成的。不管怎么样，经历了如此的波折，这部著作得以保护下来以让后来者共享，给身处苦涩中的陈寅恪带来了一丝安慰。
受命于危难之际，为生计更为理想，陈寅恪不远千里，携带家人，历尽艰险，远赴西南联大任教。这里有必要对特殊条件下产生的特殊产物——国立西南联合大学，做一个简单的介绍。
是年七夕，陈寅恪在蒙自一人度过，有诗曰：“银汉横窗照客愁，凉宵无睡思悠悠。人间从古伤离别，真信人间不自由。”客居他乡，与妻儿分居两地，逢佳节而难团聚，思亲念家之情溢于诗间，读来感人至深。
祸不单行，陈寅恪由香港独自一人南下蒙自的过程中，经过越南海防时遭窃，随身携带的两木箱中极其珍贵的书籍落入贼手，这两箱书之所以珍贵，并不是珍籍秘本，而是他曾用蝇头小楷在书眉详细记录有相关的资料以及自己一些新得的本子。据说有很多是有关蒙古史、佛教史和古代东方之书籍。这些眉注本，可说是他研究工作的“半成品”；这些书的损失，造成不可估量的损失。其中对《世说新语》，在书头上写的札记和所记别书与它有关的事项最多。他本来想将它写成为《世说新语笺注》，但这曾经批注的《世说新语》原书多册，不幸在途中就这样的失去了，这曾经使陈寅恪发生很大的伤感。这些书籍的价值如此重要，他的损失必然带来了诸多遗憾，日后很多本来可以完成的书目，没有实现，于己于人，推而广之于学术的传承，这种不可料的损失令人不禁为之扼腕。据说《世说新语笺证》、《高僧传笺证》等未能成书与这件遗失书籍的事件有直接的关系。1943年底初抵成都的时候，陈寅恪还曾经提到过关于《元史》一书的事情。在二三十年代，他刚从国外回国的时候，专心致志于元史，用力最勤。他读过好几遍《元史》，每有一点心得，就批于书眉，蝇头细楷，密密麻麻，丹铅殆遍。可惜在卢沟桥事变后，他携带南迁，花费了巨大心血批阅过好几遍的这部书，托运至重庆附近的时候，竟然毁于兵荒马乱、炮火空炸中。陈寅恪每言及此事，总有无尽的遗憾。
雨里苦愁花事尽，窗前犹噪雀声啾。
逃难以来手稿、书籍遗散得太多，加上旅途的劳累，陈寅恪初到蒙自即染上疟疾，精神几近崩溃。当时动荡混乱的时局，独自一人谋生在战火连绵的他乡，心底不免生出无限的感慨和凄凉，尝有“南渡自应思往事，北归端恐待来生”之句。流求记道：
行都灯火春寒夕，一梦迷离更白头。
长沙临时大学于一学年后，又改名“国立西南联合大学”，简称“联大”。联大文法学院初迁蒙自，再迁昆明。陈寅恪1938年春天到蒙自，在蒙自授课仅数月，因学校又归并为昆明西南联合大学，陈寅恪不得不在是年秋天随校转往昆明。在作别蒙自后他作诗到：“我昔来时落水荒，我今去时秋草长。”
吴宓注此诗中谈到，陈寅恪赴重庆，出席中央研究院会议，曾住俞大维妹夫家中。已而某公宴请中央研究院到会诸先生，寅恪于座中初次见某公，深觉其人不足有为，故有此诗第六句。蜀道难，故蜀游标出“畏”字。乘兴而来，并非无端，实因赴会。蜀中故垒，江流如昔，而英雄已尽，寄慨无穷。而渝州所见，正中此慨，故点化食蛤旧典（“不知许事，且食蛤蜊”），工部佳句（“花近高楼伤客心”），以表失望之情，则蜀游不仅可畏，更无端矣。尾句“一梦迷离”，竟至白头，陈寅恪对此忧愤之深，已和盘托出。
陈寅恪能够把敏锐的观察力与缜密的思考力相结合，利用习见的史料，在政治、社会、民族、宗教、思想、文学等许多方面，发现别人从未注意到的联系与问题，从现象深入本质，做出了新鲜而令人折服、出乎意料之外而又入乎意料之中的解释。陈寅恪善于从小见大，在魏晋南北朝史研究方面虽没有写出像《隋唐制度渊源略论稿》那样综观全局、建立框架的论著，但除了经济而外许多重要方面的大问题都接触到了。陈寅恪长于贯通和观察发展变化。如从南北时朝分别找出唐代各种制度的渊源。他的魏晋南北朝时期史研究与唐史研究是相辅相成，互相促进的。魏晋南北朝历来被认为是中国历史上的分裂时期，也是民族大融合时期。中国传统文化虽然在中原地区暂时受到战乱的影响和冲击而有所失坠，但是，在与异族文化相遇、相撞的过程中，传统学术文化依然找到了自己生存和发展的空间。在与异族文化相融、相合的过程中，不仅没有因此而失去自我，反而使之更加丰富多彩，充实深邃并得到发扬光大。作为我国中古极盛之世的隋唐两朝，其广博纷繁的文物制度正是有赖于此而形成和建立起来的。陈寅恪先生关于河西文化的论说，揭示了中古时期传统学术文化绵延一脉而传承不坠的真谛，具有开拓之功。陈寅恪关于河西文化的论说对于西域史研究的启发意义在于以他的学术眼光去观察西域地区的文化面貌，通过透视汉族传统文化在多元的西域文化中的地位以及西域对汉族文化的认同程度，有一种山重水复后，于光亮中触摸到你正在寻找的那一方土地的感觉。
这次宴会后，陈寅恪回到妹夫俞大维住宅，作诗《庚辰暮春重庆夜归作》：
陈寅恪对佛经翻译、校勘、解释，以及对音韵学、蒙古源流、李唐氏族渊源、府兵制源流、中印文化交流等课题的研究，均有重要发现。1938年日本史学权威白鸟库吉研究中亚史遇到疑难问题，向德、奥知名学者求助，未能解决，柏林大学乃推荐陈寅恪。他向陈寅恪请教后，才得到满意解答。苏联考古学家发掘一突厥文碑石，无人能辨识，请教陈寅恪，终于得到准确破译。
1939年秋天开始的学年，陈寅恪讲授“隋唐史”与“佛经翻译文学”两门课。“佛经翻译文学”这一堂课的课堂，在大西门内文林街昆华中学南院悬有“南天一柱”的大殿。听讲的人却是屈指可数，大概是因为这门课比较深刻难懂的原因。陈寅恪通晓好多已经废死的东方民族古代文字。开课之初，就说魏晋以后至唐代间各家所译佛经，若将梵文原本或藏文译本对核，即易发现其误解原文因而误译之处，好像看学童们的考卷。谈到佛经，一般知识分子，除非兼是信徒，大都茫然。唯《维摩诘经》则有其特别的通俗性。由于《维摩诘经》饶有文学兴趣，故陈寅恪即首举该经，从其中举例说明。盖佛经为阐发哲理之助，向多藉故事譬解，原具文学意味，该经出自大乘兴盛之后，较少拘束，尤便自由发挥之故。
残剩河山行旅倦，乱离骨肉病愁多。
在逃难离京到蒙自授课这段辗转的经历中，身体的劳累和困顿还在其次，最令陈寅恪心痛神伤的莫过于在路上几次遭遇的丢书事件，这对他的身心打击尤其巨大。陈寅恪喜欢在几种基本的书籍上，将自己平日阅览时的意见，或者发现其中的新问题，写在每页的书头，这样陈寅恪的很多书可以说凝聚着他学问研究的诸多心血。接连的丢书事件对他日后的学术研究工作造成了难以弥补的损失。抗战刚开始的时候，他曾经将书籍包好托人寄往长沙。由于交通不便和当时战事不断，在陈寅恪抵达长沙的时候，这批书籍还没有到达。但是，清华临时大学的校址又要迁往云南，他迫不得已顾不上长期奔波的劳累，将未能一同前往的家人安顿在香港后，独自一个人南下到蒙自。这样后来到达长沙的书籍只能慢慢的存放在亲戚的家中，战火逼近长沙的时候，亲戚忙着逃难，在一场大火中，亲戚家的房子和他的很多书籍付之一炬。
（引述伧道人致语支愍度一段略去）忆丁丑之秋，寅恪别先生于燕京，及抵长沙，而金陵瓦解。乃南驰苍梧瘴海，转徙于滇池洱海之区，亦将三岁矣。此三岁中，天下之变无穷，先生讲学著书于东北风尘之际，寅恪入城乞食于西南天地之间，南北相望，幸俱未树新义，以负如来。
千年故垒英雄尽，万里长江日夜流。
在共同的灾难面前，万千师生继续办学、教学、求学，同时将文化的种子散播到穷乡僻壤，产生出更多的力量，产生出新的文化。西南联大始于1938年，终于1946年。昆明位于云贵高原，四季如春。所谓：“四时不谢之花，八节长春之草。”当时中原学者云集，虽在战时，设备简陋，但士气甚高。短短八年的时间却培养出了无数出类拔萃的人才，它的名声响彻海内外，影响持久深远，堪称“人才摇篮、民主堡垒”。从这里走出的学子们踏进了各个领域，做出了巨大的贡献，为中国的教育史和新民主主义革命史留下了光辉而又灿烂的一页。联合大学不仅与抗战相始终，更与五四精神一脉而相承。民主与科学的精神，愈挫而弥坚。兼容并包的学气，被不断发扬广大。西南联大于斯时斯地成就如此辉煌，几可以称之为中国近代教育史上的“奇迹”。它是近代民主与科学精神的缩影与结晶。发荣于风雨如晦、颠沛流离之际，更可见其精神的珍贵。正如著名学者陈岱孙所指出的，身处逆境而正义必胜的信念、对国家民族的前途所具有的高度责任感，曾启发和支撑了抗日战争期间西南联大师生对敬业、求知的追求。这种精神在任何时代都是可贵的，是特别值得纪念的。在民族危难之际，西南联大的应运产生和发展维系并保存住了当时脉息微弱的华夏文明，更好更有力地将这份宝贵的精神财富交由到一批批优秀的堪当重任的学子中，并在未来的数十年中被不断地发扬光大。
1939年夏间，学期结束，陈寅恪到香港省亲，也在等待机会可以到英国，以应牛津之聘。
陈寅恪以中古史为专业，其中以唐史研究之成果最为丰硕。陈寅恪还认为，民族和文化问题是治中国中古史之最要关键。在这方面的论著中发挥了“有教无类”的观点，他以综合的方法研究民族融合，既着眼于社会政治，又强调文化的重要作用，为前人所未及。
尽管生活中有诸多的不如意，不能按照一些既定的计划平稳的进行，由此流失掉了一些本来可以有更好结果的机会。但是解决的办法也许只能是顺应事态的发展，搁置了一些东西，也开始了新领域的努力，纷乱的时局中也许会等到一些意料之外的机会。这一年陈寅恪在授课之余写成了《刘复愚遗文中年月及其不祀祖问题》、《读哀江南赋》、《敦煌本心王头陀及法句经跋尾》、《刘叔雅庄子补正序》几篇论文。《隋唐制度渊源略论稿》一文开始于这年冬，在次年四月才最终完稿。对隋唐政治制度文化渊源的研究、对晋唐诗人创作所作的历史笺证等等，将陈氏“史魂”独立之精神，自由之思想融入其中，这也是陈寅恪做学问的学术源泉。
这年九月，陈寅恪在昆明开始校读《新唐书》，准备写《唐代政治史述论稿》一书。他所校读的本子为中华排印本，读过一遍后，在书后自记云：“一九三九年九月三十日，读一过。”北平寄出的书毁于长沙大火，由港赴滇路上书又失窃，其中就丢失了很多以前的研究成果。这无疑增加了现在校读工作的繁杂和难度。陈寅恪校此书时，已远不如校《旧唐书》时的悠闲。流离西南，生活极不安定，现在他的眼睛视力已经大大不如以前了。其中的书眉和识语较以前校过的旧书要少一些，但是仍有很多精辟的地方，凸现了他的独特的见解和分析，从崭新的角度给人以启发。
抗战爆发，战火不断，北大、清华、南开三校辞别京城，长途跋涉，暂时建校址于衡山湘水之间，组成长沙临时大学，当时文学院设于衡山圣经书院。到1938年春间，文学院又迁至云南蒙自，蒙自为旧日法国租界，颇有些异域情调，城外又有一南湖。因此，联大学生戏称“昆明如北京，蒙自如海淀”。是年暑假过后，临时大学改成西南联合大学，文学院又搬迁至昆明西门外的昆华农业学校。三校原为久负盛名的大学，合组后的西南联大，更成为西南大后方的最高学府，其规模居于全国之首，师资阵容冠于当时。弹丸之地，却是群英荟萃。三校的暂时组合，实现精诚团结，共济时难，弘扬了科学与民主的优良传统，融入了北大的民主自由的风气，结合了清华的严谨和求实，吸纳了南开的活泼与创新，谱写出了中国教育史中一段华美动听的插曲，令人久久回味。
暂归匆别意如何，三月昏昏似梦过。
这一时期尽管生活条件十分困难，工作环境极其恶劣，又加上体弱多病，但是陈寅恪一直坚持教学和研究工作，并做出了不俗的成绩。1937年到1938年间完成的论文有：《逍遥游向郭义及支遁义探原》、《敦煌石室写经题记汇编序》、《狐臭与胡臭》、《论李怀光之叛》、《庾信哀江南赋与杜甫咏怀古迹诗》。《陈垣明季滇黔佛教考序》、《顺宗实录与续玄怪录》、《读洛阳伽蓝记书后》。还有《读通志柳元景沈攸之传书后》一篇未成。
