这种方法论，也是形而上学的。何以为形而上学呢？就是它抓着了事物的一面，而忘却了该事物的另一面，它把所抓着的一面看成死的、固定的，而不知道这一面的活动性，不知道这能够转化为另一面。承认了刺激和反应的低级现象，而放弃本能和意识等高级现象，这就是形而上学的。
我们自然不能否认：每一派的心理学家对于心理学都有其特殊的贡献，但同时，他们那片面的、形而上学的方法论使他们不能把握事物的全面，以致将结论引导到极端的危险的方面。行为派也同样提供了许多有价值的研究，同时也因为行为派的特殊的方法使它达到了很奇怪的结论，即本能的否认。
总之，要了解社会和人类的行为，必须研究人类社会特有的经济现象（是生产力和生产关系等）研究，不能用低级的动物本能作为解释的标准。自然，人类社会现象是本能现象的延长和发展，我们不能否认，人类与本能是不能分离的。但本能到了人类身上，就被更高的智慧这一种东西所包摄、所扬弃，本能生活到这里，便隐没在智慧中；更确切地说，隐没在社会生活中。因为人类智慧的活动范围是不能超出生活之外的。
使心理现象与物理化学联系起来，这是行为主义的大功绩，因为高级的（心理）现象是不能与低级的物质基础分离的，心理作用只是物质作用的一种属性，物质不存在时，便也没有心灵。从物质的研究中去获得心灵的了解，是行为主义的很大的优点。但是，行为主义一旦把握住了物质的基础，便以为这低级的基础就已经足以代表一切，于是否定了整个心理作用的特殊性，以为除了刺激和反应的过程外不更有什么。本能、意识，都可以还原为刺激和反应的现象，它本身是毫无一点意义。
人们常把蚁的群集组织与人类的社会组织相类比，这是错误。蚁的群体完全是基因于蚁的生理构造而形成的。但社会的组织是人类因应用工具实行生产而发生的互相结合，也就是所谓生产关系，蚁的群体受生理的限制，故这种群体的组织凝固不动，没有改善和变革的余地。人类则能不断地改善他的生产工具及其应用方式，使生产能力发展，而人类间的相互关系也因之改变。革命就是因生产力的发展而引起来的生产关系之变革。动物的群组织是有机体的组织，而人类的群组织是社会的组织；有机组织的变革和进化只能依赖自然淘汰，而社会的变革的原因则是社会生产力的增高和发展。人类生活与动物生活是这样不同的。
因此，要答复究竟有没有本能的问题，最好先就行为派的方法做一个批判，指出什么是正确的研究方法。把握住了正确的方法，读者便可以在研究当中下正确的判断，而不至于看见了一个奇怪的结论便莫知所措了。
依据这样的方法论，行为主义者便否认了本能的存在，而将本能也看做刺激和反应的过程之一种，这种方法论，就是我们常常听到的所谓“机械论的方法论”。把高级现象还原作低级现象，而抹杀了高级现象的特殊意义。更明白地说，机械论者认为高级的现象与低级的现象；只有复杂和简单的分别，而无性质上的差别，即只有量的差别，而无质的差别。所以，认为本能与刺激和反应的过程是同样的东西，不过刺激和反应是单纯的刺激和反应，本能则是一连串的复杂的刺激与反应而已。
人类与动物的不同，是因为能制造工具，这是汪君也提到过的。但人类能制造工具，能以工具取得所需要的物质，不必全赖爪牙和气力，这就使人类的生活比动物的生活更发展了一步，人类的生活是比动物的本能生活更高级的，更明白的说，人类的生活是智慧的生活。自然，如果以为人类的生活和动物完全不同，那也未免陷入片面的见解，最大的两种基本本能，如汪君所说的食欲和性欲，是不论人类和动物都一样的。但动物要达到这本能的目的，其方法不外是应用自己身上生来具有的器官，一切行为都受着生理上的限制，所以动物的生活是纯粹的本能生活，人类能利用工具，用外物来代替自己的器官，这使人类超出了本能生活。
人类是动物，当然也有本能。但人类与普通的动物不同，因此人类的本能也另有一种意义，现在就要讨论这一点。
但形而上学的方法，在今日，早已不成其为研究真理的方法了。举简单的例子来说，水是比氢氧二气都高级的，因为水是氢氧二气化合而成的化合物，但我们能说，水的性质与氢氧二气是一样的么？自然，要研究水的成分，必须把它分解为这两种气体，但对于水的本身性质的认识，是绝不能在两种气体的研究中得到，而须把整个的水拿来研究。我们不能因为分析出低级的氢氧二气，便否认了高级的水的特殊性，由低级的现象复合而成高级的现象时，不单只是量的转变，即不单只是量的复杂化，同时性质也有了改变，而转化为另一种的质。
行为派之所以有价值，是在于它在心理学中应用了唯物论的、彻底的实验方法。心理学到了行为派的手里，便成了完全客观的实验科学，它将心理现象也看做一种物质现象，看做一连串的刺激和反应的过程。因此行为主义者认为心理科学的研究应该是应用物质的刺激以求动物身上的物质的反应行为，刺激和反应的研究，便是心理科学的根本基础。行为主义者放弃了内省派的主观的观察法，而把心灵当做与物理化学同样的东西去处理。
前面论到一般动物有没有本能的问题。我们反对行为主义者的形而上学的研究方法，他们把低级现象（刺激和反应的过程）片面地夸大了，而忘却了高级现象（本能）的特殊意义，但反过来说，若抬高了本能的特殊意义，使它完全与刺激和反应的现象分离，而当做一种完全孤立的东西，那也同样是片面的观点。生物学上所谓“生机说”或“活力说”，就是把动物的行为看做一种特别的活力作用，不把它与低级的物质作用联系起来研究，结果动物的行为好像是有一种神秘的精灵在后面推动似的，这很容易将人的思想引导到观念论，甚至于引导到宗教迷信的方面去，也是要反对的。因此行为主义者的唯物的实验的方法，就值得我们推重。换一句话说，我们可以用批判的态度去接受行为主义者的研究，赞成本能只是连串刺激和反应的综合，而同时，既成为本能，便也有本能所特有的性质，与单纯的刺激和反应不同。我们的结论是：动物是有本能的。
所以，研究高级现象而以低级现象的分析为基础，这一点是可以首肯的，因为高级现象是由低级现象所构成的，高级现象包含着一切低级现象的缘故。但一旦构成高级现象，则低级现象的性质便隐没而成为另一种的性质，这种转变的过程，就是所谓的扬弃（Aumeben）。这样，对于行为主义者，可以很赞赏他们那唯物的、客观的、实验的研究方法，但因为应用这种方法，就要否认了动物的本能和意识，那是形而上学方法的作祟，如果打破了形而上学的观点之束缚，则尽可以承认本能的存在，至少没有否认的必要。因为本能是比单纯的刺激和反应更高级的现象，虽然也是一连串的刺激和反应所组成，但既已成了连串，性质上便不单只是刺激的反应。例如，单纯的刺激的反应只是机械的、盲目的行为，而本能则是围绕着一个中心目的而执拗地活动着的一种有目的性的行为。既然本能的目的性行为与机械的盲目行为不同，则本能的特殊意义就能成立，本能的存在便不容否认。
动物有本能是一般心理学家所承认的，但行为派的心理学者独加以反对，尤以郭任远先生来得最彻底。本能果然会因行为派的反对而失去存在的意义吗？这是很值得讨论的问题。但若要想从现在心理学各派的研究和理论中得到圆满的解决，是很难的，因为各派有各派的立场和方法，各派都执著自己的是而反对他人之非。所得到的结论，常是片面的。
汪君读完郭任远著的《行为学的基础》后，对于行为学者不承认“本能”和“意识”引起了很大怀疑，汪君认定“人是有本能的”，同时汪君也“很尊重本能说”。这到底谁是谁非呢？汪君自己不能自决，因质之我们。我们觉得这一问题的提出，虽然不免失之专门，但“本能”之说对于一般人的印象素深，能借这个机会来讨论一回，谅也不是无意义的事吧！但在解释人的“本能”前，我们应讨论动物的本能，因此我们把问题稍为扩大了一点。现在先就方法论略加讨论。
所以，人类不是没有本能，但在人类生活中，本能只有次要的意义，不能决定人类行为的根本方向。智慧是人类行为中的固有性，而本能是“附属性”。反之，在动物生活中，也并不是没有智慧的萌芽，猿类能用树枝或石子击物已是最初步的工具之应用，但这在猿类的生活中并不是主要的行为，只是偶然的行为，因此，除人类以外，动物的生活都可以说是本能的生活。
因此，如果不分清楚人类生活与动物生活，以为人类的行为也是以本能为标准。这仍是夸大了低级现象而忘却高级现象的形而上学的看法。这种错误的看法是常常有的，例如，有的历史家常以为一国的君主掠夺别国的城池，是为了争夺美女的缘故，这是以性欲本能解释历史之一例；又如，英国的马尔萨斯的人口论，以人口过剩及食物不足来解释民族与国家间的战争，这又是以食欲本能解释历史之一例。其实这些说法都是蒙蔽了真理的。
评判一个人的行为，也不是以行为之能否适合本能为标准的。恋爱或甚至犯奸的行为，虽然是本能的发挥，不一定是罪恶，但也不一定就常值得同情，如果一个人因迷于恋爱而疏忽了他在社会上所应负的责任，那还是会成为罪恶的。善恶的标准，须得要看那人的行为在社会关系上会发生什么意义，然后才能确定。
