在纤维生产方面，棉花虽然在宋元之际传入长江流域，但真正在全国普及还是在明清。明朝立国伊始，即对民户的木棉生产数量作出硬性规定，棉花迅速在黄河流域推广开来。明末徐光启说：“(棉花)宋末始入江南，今则遍及江北与中州矣。”清代中期，棉花不但是国内最重要的衣被原料，而且还有棉花和棉布运销国外。棉花的发展导致麻类种植的下降，麻织品几乎为棉织品所取代。从宋末到明代随着棉业的勃兴，蚕桑业在许多地方趋于萎缩，但南方某些地区，尤其是嘉湖地区，清代在蚕丝出口的刺激下，蚕桑业进一步繁荣，并使其邻近地区和珠江三角洲也发展为重要蚕桑产区。柞蚕丝的生产在明清也有很大发展。首先采收和利用柞蚕丝的，是先秦时代山东半岛的“莱夷”。明中叶以后，放养柞蚕成为山东农家的一项副业，形成一套比较完善的技术，并由起源地山东先后传到黄河流域下游和东北的辽宁、西南的川黔等省。
滩涂荒山是这一时期垦殖的重点之一。洞庭湖区、珠江三角洲沙田区、江河沿岸洲滩和东南沿海滩涂都获得了开发。如位处湖南湖北两省的洞庭湖区，早在宋代已有零星的围垦，但大规模“化弃地为膏腴”的开发活动是在明成化(公元1465-1487年)以后。人们在洞庭湖北修筑堤防阻挡江河之水，在洞庭湖南修圩堤围垦湖中之田，当地称之为垸田。它由北向南发展，明代修的垸田约100多处，清代增至四五百处，面积达500万亩之巨。由于长江流域第一大湖洞庭湖区的开发，两湖地区成为我国新的粮仓，“苏湖熟，天下足”的民谚明中后期起被“湖广熟、天下足”所代替。明清时代陆续有人在天津地区围垦，把大片滨海盐碱地改造为盛产水稻的良田。内地许多原来人迹罕至的山区，这时也被陆续开垦出来。深入山区的农民，住在简陋的茅棚中，为谋生而披荆斩棘，被称为“棚民”。如明中期后，大量流民冲破政府禁令进入荆襄山区，使昔日的高山峻岭，出现“居庐相望，沿流稻畦高下鳞次”(《徐霞客游记》卷一)的景象。又如清代，千百成群的破产农民陆续不断进入川、陕、楚交界地区，这里人口一度达数百万。经过几代人努力，使这里的深山老林获得开发。
滩涂荒山和边疆的垦辟使我国耕地面积比前代有很大增加。有人估计明代耕地面积比宋代增加了40%，即由5.6亿亩增加到7.84亿亩；清代又增至11-12亿亩，比明代扩大了50%。这是明清粮食总产量增长的重要因素，对民食问题的缓和起了很大作用。在新增加的耕地中，不少是“瘠卤沙冈”、“陡绝之地”，被外国人视为没有利用价值的“边际土地”。在垦辟和利用这些土地的过程中，低产田(如盐碱地、冷浸田等)的改良等土地利用技术获得发展。一些山地被垦辟后用来种植蓝靛、香菇、麻、烟、茶、漆、果树等，促进了商品经济的发展。边疆的垦殖活动不但扩大了农耕文化区，而且使中原的精耕细作技术获得传播。
据明朝人说法，玉米原产于“西番”地区，因曾进御皇帝享用，被称为“御麦”。早期玉米多称玉麦，大概是御麦的讹变。此外，玉米还有苞谷、玉蜀黍等几十种异称。以前一般认为，玉米原产美洲，1492年哥伦布发现新大陆以后才传到欧亚大陆并进入我国。近人的研究已动摇了这一结论。因为在哥伦布发现新大陆前的几十年，在《滇南本草》这本书中已有关于玉米的明确记载。我国西南民族地区种植玉米相当早。因此，玉米的起源和如何传入内地还有待进一步研究。不过，明代内地种玉米还很少，内地人对玉米形状习性不甚了了，以致李时珍在《本草纲目》中把玉米图像也画错了。清代人口陡增，民食吃紧，玉米开始受到重视。因为这种作物对土壤气候条件要求不高，种收省工方便，高产耐饥，没有完全成熟也能采食。最初，玉米主要在各地山区迅速推广，出现了“遍山漫谷皆苞谷”的局面，取代原来粟谷的地位。19世纪后，华北、东北等平原地区也开始大量种玉米，玉米遂发展为全国性的重要粮食作物。
明清垦殖活动的另一消极后果是内地宜牧的荒滩、草山减少，传统牧区和半农半牧区也大面积改牧为农，遂使在全国范围内种植业比重上升和畜牧业比重下降，形成农牧关系中畸重畸轻、比例失调的局面。耕畜不足、经营分散细碎，甚至使有些地区由牛耕退回人耕。
明清时期我国原有栽培果树的品种显著增加，又从国外引进芒果、菠萝、番木瓜、番荔枝等果树。我国北方现在的主要栽培果树西洋苹果和西洋梨，就是清末从北美洲传入的。
本时期的畜牧业，由于传统牧场的开垦和内地牧养条件的恶化，大牲畜饲养业走向衰落，但猪羊等家禽的饲养继续有所发展。我国贝类的人工养殖始见于宋代文献，明清时代有进一步发展，主要产区在福建、广东沿海，种类则有蠔、蛏〔cheng撑〕、蚶、(虫雷)〔lei雷〕等。明清时期沿海和台湾人民又在海涂凿池或筑堤养鱼，更扩大了人工养鱼的范围。
花生和烟草是我国明清时代引进的重要经济作物。据报道，浙江吴兴钱山漾和江西修水跑马岭都出土过新石器时代的花生遗存。但在以后的漫长岁月里，花生并不见于文献记载，这成为农史研究中尚未解开的一个谜。明嘉靖、万历以前，原产巴西的花生传入我国，称“香芋”。初从海路至闽广，继从闽广至江浙，清初已扩展到黄淮以北。19世纪又有大粒花生的传入，山东成为花生的重要生产基地。花生含油量大，是榨油的好原料，引进后发展很快，种植几遍全国，成为最重要的油料作物。烟草原产美洲，是明万历年间从吕宋引入福建、广东的，初音译为“淡白菰”；明末清初也有从朝鲜传入东北的。它很快传遍大江南北、长城内外，成为清代重要经济作物。
明清时期水稻种植有进一步发展。在北方的13省中，除黑龙江外均有水稻种植。清末水稻分布的北线是新疆伊犁，沿河西走廊、河套到东北的辽河流域。在南方，双季稻从岭南发展到长江流域。北方的谷子、高粱的地位，则因玉米、番薯的传播受到削弱。我国现在的主要粮食作物依次是水稻、小麦、玉米、高粱、谷子、甘薯和马铃薯。这是历史长期发展的结果，而粮食作物构成的这种格局，清代已基本形成了。
我国历史上的人口发展呈波浪形曲线上升，并形成若干梯级。先秦时代生产力水平低下，人口还很稀少，也缺乏可靠的人口记载。战国以后生产力出现飞跃，人口增长也较快。汉代开始有全国人口统计数字，从那时到五代，人口反复波动，最高人口数没有超过6000万的。宋代南方大规模开发导致人口的增长，宋代最高人口数已突破一亿，明代盛期人口约在1.2亿左右。到清代又上了新的台阶。康熙初年人口还只有9000多万，经过100多年，乾隆末年人口已猛增为三亿，至鸦片战争前夕，人口已突破四亿大关。
在明清时代的粮食生产中，玉米、甘薯和马铃薯的传入和推广，是影响深远的重大事件。它们适应了当时人口激增的形势，为我国人民征服贫瘠山区和高寒地区，缓解民食问题，做出了巨大贡献。没有它们的推广，明清时代耕地的扩大和单产的提高都会受到限制。
明清垦殖扩张的另一重点是边疆地区。这一时期大批农民陆续进入长城以北内蒙古、东北的传统牧区半牧区，使那里的农田面积大量增加。尤其是清代山东、河北、河南的汉族农民冲破清政府封锁，川流不息地进入东北(俗称闯关东)，与当地蒙、满等族人民一起，把东北开发成我国近代盛产大豆高粱的重要农业区。在新疆，尤其是清朝在此建省后，大兴屯田，兴修水利，在当地维吾尔、汉、蒙各族人民努力下，农业生产获得很大发展。西南地区的云南、贵州，古称西南夷，汉代还是以农耕为主的“土著”和以游牧为主的“行国”错杂并存的地区。以后农耕文化范围不断扩大，游牧文化范围不断缩小，并向定居放牧转化。元明清三代，中央政府在这里大兴屯田，大批汉族、回族等人民进入该区，内地先进生产技术迅速推广，农田水利也获得发展，垦殖活动逐步由平坝向山区和边地发展。沿海岛屿的垦拓也在加速进行。闽南、粤东的人民在清代几次掀起渡海移居台湾热潮，大大加快了台湾岛的开发。
图17 人力代耕架明清在农业技术继续发展的同时，农具却较少改进。明清基本上是沿用宋元的农具，有所创新的多是适应个体农户小规模经营的细小农具，如手摇小型水车——拔车，南北丘陵山区整治水田田埂的塍铲、塍刀，种双季稻整地用的匍蓘〔gun滚〕，稻谷脱粒用的稻床，北方旱地中耕用的漏锄，捕粘虫用的滑车等。明代一些地方出现过风力水车，但并没有推广。甚至王祯《农书》早有记载的一些大型高效农具，明清时反而罕见了。由于牛力不足，有的地方退回人耕。明代还有使用唐代已出现的“木牛”即人力代耕架(图17)的零星记载，这虽是一种巧妙的创造，但在使用动力上不能说是进步，而且使用并不普遍。总之，明清时代已失去两汉或唐宋那种新器迭出的蓬勃发展气象。这一方面是由于传统农具的发展已接近小农经济所能容纳的极限，同时劳动力的富余又妨碍人们进行改进农具提高效率的努力。与此相联系，明清时代在单位面积产量继续提高的同时，每个农业劳动力生产的粮食却明显下降。如据吴慧《中国历代粮食亩产研究》估计，西汉末年粮食单产折合每市亩264斤，每个劳动力生产原粮3574斤。到了清代，粮食亩产增至367斤，每个劳动力生产粮食则降至2262斤。其中最主要和最直接的原因是每人平均占有粮食耕地面积由3.76亩减少到1.7亩。以上是明清农业的不足之处，反映了人口过度增长对农业发展的制约。
自农业发生以来，辟土造田的运动始终没有中断过。秦汉时代，黄河流域已基本上被开垦出来，唐宋元时代，随着南方的进一步开发，广大内地的宜农土地已垦辟殆尽。明清时代人口的激增导致对耕地的需求空前增长，当人们垦复了王朝交替之际因战乱而抛荒的土地后，就不得不向条件更加艰苦、地区更加荒远的土地进军。因人口激增和土地兼并而丧失土地的农民，像决溢的洪水，迅速地流向一切可以提供新耕地的地方，成为明清辟地造田的主力军，而政府也在各地组织军屯、民屯和商屯。
在明清的蔬菜中，传统的葵和蔓菁身价日下，而白菜和萝卜则唱起了主角。它们的品种不断增加。尤其是明中叶培育出不同于原来散叶型的结球白菜，即今天的大白菜。它不但为我国人民所喜爱，而且也被世界各国广泛引种。这一时期引进的蔬菜有原产美洲的辣椒、番茄、菜豆、南瓜以及球茎甘蓝和结球甘蓝等，它们经过我国人民的改良，有很大发展。如我国现在已拥有世界上最丰富的辣椒品种，包括各种类型的甜椒，成为菜椒品种的输出国，北京的柿子椒引种到美国，被称为“中国巨人”。
明清(鸦片战争前)是我国传统农业发展的第四阶段，这是精耕细作农业继续发展时期。这一时期，人口的增长已引起全国性的耕地紧缺，为解决人多地少的矛盾，人们致力于提高复种指数和扩大耕地面积，土地利用率达到了传统农业的最高水平。
人类社会存在着相互制约的两种生产：物质资料的再生产和人类自身的再生产。人口与农业的关系实质上是两种生产的关系。一方面农业生产的发展为人口增长提供物质基础并规定了它的极限。农业经济的不同类型，决定了人口演变有不同规律：小农经济占统治地位的农区，人口往往能较稳定地增长；牧区人口增长则因牧业受自然条件变化巨大影响而呈现不稳定性。另一方面，在生产工具简陋的古代，劳动力对农业生产有重大意义，因而人口的消长、转移、分布极大地制约着农业生产的发展，对不同时代不同地区农业生产面貌发生深刻影响。
不过，明清垦殖活动是在人口膨胀压力下自发进行的，在封建制度下不可能作出合理的规划，它带有很大的盲目性，不少地方是用刀耕火种开路，不可避免地造成对森林资源、水资源等的破坏，引起水土流失、水面缩小、蓄水能力降低等弊病，从而加剧了水旱灾害。我国本来是一个自然条件比较严峻，自然灾害比较频繁的国家，明清时代这种情况又有所发展。与此相联系，备荒救荒越益为人们所重视，野生植物的利用和除虫治蝗等技术获得发展，这也是明清农业的显著特色之一。
清代人口的这种空前增长原因是多方面的，而农业生产的相应发展无疑是重要的前提。满族入关建立清朝后，合内地与草原为一家，结束了游牧民族和农耕民族长期军事对峙的局面，又镇压了各地的反清势力，调整了阶级关系和民族关系，国家空前统一，社会空前稳定，这种局面对农业生产发展十分有利。正是农业的发展使人口的增长有了可能。不过，人口的空前增长又反过来给农业生产带来了严峻的问题。清代中叶以前，虽然历代都出现过局部的“地不敷种”的问题，但从全国来讲，土地完全能满足劳动力的需要，人口的增长成为农业发展的必要条件和动力。清代人口的激增导致全国性耕地的紧缺，清代中期，人均粮食耕地面积只有一亩七分左右，人口的增长已成为一种沉重的压力，朝野上下都在议论“生齿日繁”的问题。这种沉重的人口膨胀的压力，若转移到别的任何国家，都足以把这个国家的农业压垮。但中国传统农业凭借其顽强生命力经受住了这次历史考验。它依靠什么办法呢？不外是三条。第一条是千方百计开辟新耕地。第二条是引进和推广新作物。这两条相互联系，我们在下面还要谈到。第三条是依靠精耕细作传统，提高土地利用率和单位面积产量。作为我国传统农艺特点之一的多熟种植，宋代以前已经萌芽，宋代有初步发展，但较大发展还是在明清。围绕着多熟种植，大量品种被培育出来；肥料需求量更大，由施用自然肥、农家肥到施用商品性的饼肥；耕作要求更高，出现特重大犁和套耕等方法；治虫受到重视；栽培管理也更精细。总之，以“粪大力勤”为特点的技术体系更加强化。这一时期土地利用技术(如低产田改造等)又有发展，意义尤为深远的突破是，堤塘综合利用的生产方式在南方某些地区形成，这成为当今所提倡的“立体农业”或“生态农业”的先驱。在以上三条中，第三条更为重要，而且作用越来越大。我国历史上由于人口发展的不均衡和土地兼并的发展，战国以来历代都有一些相对人多地少的地区，精耕细作技术一般是从这些地区首先发展起来的。明清时代由于人口激增形成全国性人口多耕地少的格局后，精耕细作更成为不可逆转的发展趋势了。
明清甘蔗生产也有发展，产量以闽广称盛。台湾是新兴蔗区，并迅速超过大陆。蓝靛也是重要经济作物，福建、江西成为蓝靛的特产区。茶叶生产继续发展，传统的官方或半官方的茶马贸易被更广泛的民间贸易所代替，同时茶叶又成为对外贸易最重要的物资之一。
甘薯和马铃薯这两种块根作物都原产于美洲。我国原产的块根块茎类粮食作物主要是薯蓣(山药)和芋头，后来都转化为蔬菜了。另一种块根作物也称甘薯或甘藷，属藷蓣科，不晚于汉代已在海南等地栽种，是黎族人民的传统作物。原产美洲的甘薯则属旋花科，又称番薯。明万历年间(16世纪末)传入我国，引进路线一是从吕宋(菲律宾)传入福建，一是从越南传入两广。都是华侨中的有心人冒着风险、冲破当地的封锁把薯种带回国的，其中有不少动人的故事。甘薯传入后，恰遇福建因台风灾害发生饥荒，甘薯被用作救荒作物种植，活人无数，人们对它开始刮目相看。明末徐光启为了解决江南灾荒，多次从福建引种甘薯，研究出甘薯在当地藏种越冬的方法，并总结了甘薯的“十三胜”，包括产量特高，食用方便，繁殖容易，种植简单，耐旱耐瘠，不怕蝗虫等。清中叶以来，随着人口激增和贫苦农民为了寻求新耕地的迁移活动，甘薯加快向北传播，在长江流域、黄河流域等地获得迅速推广。马铃薯又称土豆、洋芋等，传入我国时间大约是明末清初，先在台湾种植，然后进入大陆；也有从俄国引种到我国北方的。马铃薯生长期短，适应性强，即使在气候冷凉地区，在新垦地或瘠薄山地，均可种植，成为苦寒山区人民的重要粮食。
